Особенно беспокоило Филарета опасное для духовной среды падение нравов в мирской жизни: содомский разврат, торговля людьми, особенно женщинами, пьянство, грабежи и бесчинства. Дошло до того, что некими лицами сибирякам дана была грамота, по которой им дозволялось уводить жён и девиц из других городов. Филарет приказал доставить эту грамоту в Москву для суда и следствия.

Филарет писал сибирскому архиепископу Киприану о том, что многие бесчинства в сибирских городах творятся из-за пренебрежения к вере. Иноземцы, крещённые в православную веру, крестов на себе не носят, христианских обетов и обрядов не исполняют. «Многие служилые люди, которых воеводы и приказные люди посылают в Москву и в другие города для дел, жён своих в деньги закладывают у своей братьи, у служилых же и у всяких людей на сроки, и те люди, у которых они бывают в закладе, с ними до выкупа блуд творят беззазорно, а как их к сроку не выкупят, то они их продают на воровство же и в работу всяким людям, а покупщики также с ними воруют и замуж выдают, а иных бедных вдов и девиц беспомощных для воровства к себе берут силою...»

Забота Филарета об исповедовании православия соединялась у него с борьбой за чистоту нравов. Знакомясь с делами, он начинал понимать, что беззаконие и беспорядки — это не только последствия Смуты. Ясно, что кому-то выгодно, чтобы смутные времена продолжались. Кому же?

Сколько Филарет помнил, часто вспыхивали мятежи. Иногда они ограничивались волостью, а порой охватывали ряд понизовых городов. В стране всегда была бродильная среда для недовольных. Оттого так часто бывали в ней пожары, разбои, грабежи. Меж людей легко насевалась злоба, зависть. Но паче всего не любили на Руси повиноваться властям, чем пользовались внешние недруги, навязывая русским людям свои обычаи и веру. На державу время от времени накатывались волны религиозного дурмана: создавались секты, возникали еретические учения, а на территории, захваченной противником, внедрялась уния.

Однако Филарета особенно тревожило, что на государство надвигается опасность со стороны католического Запада. В этом убеждали донесения таможенных властей и духовенства на местах. Католиками составлялся заговор против православной Руси. Но готовили этот заговор и внутренние недруги державы. Служилые люди из Польши совращали православный народ, отторгая его от веры отцов. Вот о чём докладывал князь Иван Голицын: «Русским людям служить вместе с королевскими людьми нельзя ради их прелести: одно лето побывают с ними на службе, и у нас на другое лето не останется и половины лучших русских людей, не только что боярских людей, останется кто стар или служить не захочет, а бедных людей не останется ни один человек».

Главное было в том, что в годы Смуты перестали преследовать нарушителей отцовских обычаев как изменников. Простые люди не всегда умели отличить внешние признаки веры — обряды, посты, одежду — от сути вероучения и поэтому легко попадались на удочку заезжих проповедников. Не понимали простолюдины и того, что, изменяя вере, они изменяют и отечеству. Между тем католики — и в этом было их преимущество — умело опирались на догматы веры и власть, которая помогала их внедрять. На Русь они приходили со своими обычаями и своим крестом.

В своё время это хорошо понимал Александр Невский. Когда папа Римский хотел прислать к нему двух кардиналов, чтобы на русской земле были услышаны их речи о законе Божьем, князь не пустил кардиналов, ответив: «...а от вас ученья не примем».

Но с того времени католики стали хитрее. Под предлогом соединения церквей они «изобрели» унию, означавшую признание православием главенства папы Римского. Православным разрешалось сохранять некоторые обряды, но и это зачастую запрещалось. Уния вводилась жестокими методами.

Филарета беспокоила уния, которая взяла большую силу на окраинах Руси. Уния отторгла от Русского государства Новгород-Северский, Стародуб, Козелец и другие города. Люди православной веры терпели великие притеснения от миссионеров, насильно насаждавших унию. Дело дошло до того, что даже на сейме стали выступать в защиту православных людей, ибо насильственное введение унии вредило самой же Польше. Отмечались такие факты: в больших городах церкви запечатаны, в монастырях нет монахов, там запирают скот; дети умирают без крещения; тела умерших вывозят без церковного обряда, как падаль; народ уходит из жизни без исповеди.

Волынский воевода говорил: «Скажу, что во Львове делается: кто не униат, тот в городе жить, торговать и в ремесленные цехи принят быть не может; мёртвое тело погребать, к больному с тайнами Христовыми открыто идти нельзя. В Вильне, когда хотят погрести тело благочестивого русского, то должны вывозить его в те ворота, в которые одну нечистоту вывозят. Монахов православных ловят на вольной дороге, бьют и в тюрьмы сажают».

Наконец в защиту православных людей подал голос старый приятель Филарета литовский канцлер Лев Сапега, который сам же до этого хлопотал о введении унии, а теперь не знал, как избыть недостатки, которые она вызвала. Он сослался на слова верующих, что им лучше быть в турецком подданстве, чем терпеть притеснения своей вере. Он опасался, что гнев православных, которым навязывают унию, угрожает «всеистребительным пожаром». Уже отказались повиноваться казаки, а между тем государству Польскому от них больше пользы, чем от унии. Вывод из речи Сапеги был впечатляющим: «Если бы вы посмели сделать что-нибудь подобное в Риме или в Венеции, то вас бы научили там, какое надобно иметь уважение к государству».

Сапега был прав, предупреждая о «пожаре». Через год вспыхнуло восстание в Киеве и в некоторых северских волостях. В свою очередь казаки поднялись в защиту православных людей в Турции.

Что тут было делать Московской патриархии? Церковно-государственная поддержка православных на чужой территории была невозможна. На долю Филарета приходились лишь частные беседы с православными людьми, приезжавшими в Москву. Но, будучи человеком мужественным, он верил, что Божьими судьбами всё устроится.

С рождением первой внучки, Ирины, Марфа словно бы помолодела. Лучики морщин под глазами светились добротой, движения стали более живыми, а речи приятными. С Филаретом у неё установился добрый мир, хотя порой в её словах он улавливал настороженность. Она как будто ждала от него чего-то.

Невестка Евдокия, как некогда и сама Марфа, была плодовитой и чадолюбивой, и Марфа молила Бога, чтобы он даровал её внукам долголетие. Она помнила свои муки, когда её собственные дети умирали во младенчестве. Тогда она обвиняла себя, что не умела молиться, не могла угодить Богу. А ещё больше она винила своего супруга Фёдора, ибо он помнил лишь о себе да своих делах, как и ныне.

И вдруг её внучка Пелагея тяжело захворала и умерла в раннем детстве. Марфа горевала о ней, кажется, больше, чем о кончине своих детей. Лишь рождение наследника престола Алексея — 9 марта 1629 года — понемногу смягчило её скорбь. Она вся отдалась новым волнениям и заботам, строго надзирала за действиями мамки царевича и в первые три месяца дважды меняла ему кормилицу. Куда только делись её собственные хвори! Она три раза в день поднималась на Красное крыльцо, чтобы проведать ненаглядных внуков: Ирину, которой было уже более трёх лет, и младенца Алексея.

Филарет радовался тому, что Марфа целиком ушла в заботы о внуках и совсем утихомирилась.

Но однажды царевич Алексей заболел. Марфа места себе не находила. Первые двое суток не ела, лишь молилась, а вечером её, вконец обессиленную, отнесли в царскую спальню и уложили в постель.

Царь Михаил Фёдорович позвал отца.

   — Государь-батюшка! Матушка занемогла.

Во дворце началась суета. Марфа, казалось, никого не видела и не слышала и всё порывалась подняться и уйти. Филарет перекрестил её и прочитал молитву. Марфа открыла глаза.

   — Пошто убиваешься, Марфа? Царевич выздоравливает, горя, слава богу, нет, и тебе надлежит быть в твёрдой надежде, уповая на милость Божию.