В конце 1937 г. около десятка хасидов Ленинграда было арестовано и осуждено на различные сроки за «контрреволюционную пропаганду и организационную деятельность» по ст.58, пп.10 и 11 УК РСФСР. Аресты вызвали замешательство среди верующих, которые собрались, чтобы обсудить положение. Один из выступавших предложил разъехаться по городам центральной России, сбрить бороды, не появляться до времени в синагогах, словом, притаиться до лучших времен. Против «ликвидаторов» выступили «зелоты», очевидно поддержанные теми, кто устал от бездомных скитаний в бегах от НКВД. Подавляющее большинство решило остаться и бороды не брить.
Самая мощная волна арестов прокатилась в конце января — начале февраля 1938 г., сразу после вступления М.Литвина, нового начальника областного управления НКВД, на свой пост. Арестовали десятки верующих и служителей культа, среди них хасидов: Эльханана Морозова, Шмуэля Нимотина, Добера (Дубер) Кузнецова, Ицхака Раскина, Элиаху Белкинда, Моше и Хаима Сасонкиных, а также нехасидов, включая бывших деятелей ЛЕРО 70-летнего А.Гутермана и председателя правления Фейбиша Эстрина. Вместе с ними был арестован Саул Каценеленбоген, брат уже находившегося в заключении Герца. Арестованные огульно обвинялись в принадлежности к «еврейской молодежной контрреволюционной организации «Тиферес Бахурим»». В результате репрессий более двадцати человек было расстреляно и погибло в лагерях. Повальные аресты, быть может, ускорили смерть одного из старейших общинных деятелей Леона Рабиновича, последовавшую 11 марта 1938 г. Следствие по делу «Тиферес Бахурим» вел, по слухам, тот самый Нахмансон, который арестовывал раввина Шнеерсона в 1927 г. В результате в застенках НКВД оказались все те, у кого была хоть какая-то связь с общинными (синагогальными) делами. Репрессии привели к полному параличу религиозной жизни в Ленинграде.
В погромленной «двадцатке» председателем Правления (взамен арестованного Эстрина) на несколько месяцев стал рекомендованный Ленсоветом Михель Гинзбург, которому при вступлении в должность новый председатель областной Культовой комиссии Татаринцева поручила «навести порядок» в синагоге. Где-то в сентябре 1938 г. Гинзбург также был арестован НКВД, затем вскоре освобожден «за прекращением дела», но в должность не возвращен. С октября 1938 г. новым председателем Правления Ленсовет назначил Раяка. Обиженный Гинзбург в заявлении районному инспектору по делам культов перечислял свои заслуги в разгроме синагогальной жизни:
Именно я удалил из синагоги ритуалы: резку птицы, обрезание, венчание, разводы, халице и прочие атрибуты. Сейчас нет хедера, нет ешибота. Гарантирую, что за время моего пребывания не было выступлений раввинов и маггидов, а если начиналось, то немедленно запрещалось...В синагоге установлен полный порядок в полном соответствии со статьей 128 Конституции РСФСР... Моя работа проведена с государственной точки зрения.
Следует подчеркнуть, что меры ленинградских властей, направленные на полное искоренение еврейской религиозной жизни, осуществлялись в рамках общегосударственной кампании 30-х против всех религий. Так, в 1937 г. был закрыт единственный в Ленинграде буддийский храм, его служители уничтожены и расстреляны. Несколько лютеранских пасторов города и области (финнов, эстонцев, немцев) казнены по обвинению в шпионаже, а действовавшая в Ленинграде лютеранская семинария (единственная в стране) закрыта. Аналогичная картина наблюдалась по всей стране.
Однако есть основания предполагать, что местные ленинградские инициативы по отношению к иудаизму несколько опережали карательные директивы центральных органов, и поэтому жалобы верующих в Москву имели некоторый эффект, на год-полтора задерживая очередную репрессивную акцию, хотя и не могли предотвратить неминуемого конца.
В 1939 г. иудаизм был заклеймен в тематической выставке «Евреи в царской России и СССР», устроенной Государственным музеем этнографии народов СССР на базе фондов ликвидированных еврейских учреждений; один из разделов выставки красноречиво назывался «Еврейская религия на службе царизма».
Таким образом, некогда деятельная религиозно-общинная жизнь Петрограда-Ленинграда к концу 30-х была окончательно задушена советской властью. Основными чертами, характеризовавшими ее на протяжении первого десятилетия после Февральской революции, являлись, с одной стороны, борьба за превращение религиозной общины в национальный институт и, с другой стороны, стремление к общероссийскому лидерству. Корни первого явления лежали в традиционно слабых позициях ортодоксального иудаизма в городе и узкого юридического статуса дореволюционной Петроградской общины, в результате чего еврейская жизнь зачастую проходила вне синагогальных стен, находясь под контролем сильно развитого слоя еврейских общественных и политических деятелей. Популярные среди петроградской интеллигенции идеи сионизма и автономизма обеспечивали идеологическую основу для указанной тенденции. Причиной второго явления было положение столичного еврейства, привыкшего на протяжении десятилетий ощущать себя естественным лидером и представителем всех евреев России. Тот факт, что в Москве слой еврейской общественности был гораздо тоньше и не мог существенно вырасти в условиях советского режима, давал основания для подобных притязаний.
В 1917 г. петроградское еврейство первым подало пример перестройки религиозной общины в национально-демократическую. Однако гражданская война, отрезавшая город от остальной России, и эмиграция наиболее видных общественных деятелей подорвали влияние Петрограда на периферию, а его еврейских лидеров — на общинные дела. Вместе с тем невозможность легального функционирования политических партий заставили национальную интеллигенцию вновь устремлять свой взор на синагогу, которая, несмотря на сузившиеся права, оставалась последним официально признанным институтом, способным противостоять ускоренной ассимиляции евреев в советском обществе.
Некоторые послабления в репрессивной политике властей в период НЭПа были использованы группой оставшихся в Ленинграде еврейских общественных деятелей для объединения с религиозными ортодоксами и образования ЛЕРО, общегородской общины с расширенными полномочиями, под председательством сиониста Гуревича. Планы Правления ЛЕРО распространялись не только на координацию действий ленинградских синагог, но и на восстановление лидирующей роли города в масштабах страны. Не исключено, что некоторые лидеры ЛЕРО, получившие образование на Западе, всерьез подумывали и о реформе иудаизма, которая бы облегчила урбанизированной советской молодежи возможность связи с еврейской общиной. Национально мыслившая часть ортодоксов в руководстве ЛЕРО поддержала инициативу общественных деятелей по организации Всероссийского съезда еврейских общин, видя в нем легитимную меру по укреплению религии и восстановлению лидерства ленинградского еврейства. Против выступил лидер Хабада раввин Иосеф-Ицхак Шнеерсон, который справедливо опасался, что усиление ЛЕРО ослабит его, как председателя нелегального Раввинского комитета, влияние и контроль над поступавшей от Джойнта материальной помощью. Таким образом, в своей деятельности Правлению приходилось маневрировать между усиливавшимся нажимом властей и противодействием Хабада. Пока государство ограничивалось идеологической борьбой с религией, деятельность ЛЕРО в его глазах выглядела менее опасной, чем полуподпольная активность любавичских хасидов. Поэтому первые антирелигиозные репрессии (1927 г.) обрушились на Хабад, а не на ЛЕРО. С ужесточением антирелигиозной политики существование ЛЕРО перестало укладываться в рамки нового законодательства и идеологической атмосферы «великого перелома». Поэтому ЛЕРО было ликвидировано в 1929 г., так и не осуществив большинства своих амбициозных планов. С роспуском ЛЕРО и осуждением ее лидеров национальная интеллигенция оказалась полностью отстраненной от синагогальных дел.
К началу 30-х большинство синагог Ленинграда было закрыто, а права оставшихся систематически урезались. Почти каждая новая мера властей, будь то закрытие синагоги, ограничение на выпечку мацы или запрещение квартирного миньяна, рождало настойчивые протесты верующих, — впрочем, редко приносившие желаемые плоды. Хабад со своей корпоративностью и изоляционизмом оказался, пожалуй, более приспособленным к выживанию в условиях ужесточения режима. В то же время, отвечая изменениям в обществе, деятельность Хабада впервые распространилась на студентов и интеллигенцию, что в последующие десятилетия стало отличительной особенностью работы Хабада на Западе. Доля любавичских хасидов как среди прихожан, так и в Правлении Хоральной синагоги выросла. Террор 1937—1938 гг. смел остатки религиозно-общинной жизни в городе, не пощадив ни митнагедов, ни хасидов.