В мае 1929 г. Президиум Леноблисполкома постановил закрыть синагогу на Малом Детскосельском проспекте. Тогда же закрыли и несколько других мелких синагог. Не всегда это поддерживалось местной администрацией. Летом 1929 г. отмечен случай, когда ЖАКТ предпочел оставить синагогу в арендуемой ею квартире на Пушкинской улице, вместо того чтобы передать жилплощадь группе партийцев и комсомольцев под общежитие-коммуну.
Главная же цель кампании пока достигнута не была. Хоральная синагога продолжала функционировать благодаря ожесточенному сопротивлению Правления ЛЕРО, которое собирало среди верующих подписи под заявлением протеста. Верующим благоприятствовало, видимо, и то, что председатель Правления Гуревич служил одновременно в московском и ленинградском отделениях Наркомата юстиции и имел, очевидно, связи «в верхах». Силу сопротивления ЛЕРО вынуждена была признать даже официальная пресса.
Канун еврейского Нового года в 1929 г. был использован властями для проведения всесоюзной кампании, громко ими названной «осенним антирелигиозным походом». «Поход» в этот раз готовился особенно тщательно еще с августа. Разнообразные агитационные мероприятия должны были завершиться, по плану организаторов, массовым воскресником 6 октября во второй день Рош-Хашана. На деньги, заработанные на воскреснике, предполагалось построить аэроплан «Биробиджан». В ходе кампании десятки синагог по всей стране были превращены в рабочие клубы и другие коммунистические культурные центры. Резко усилились и требования закрыть ленинградскую Хоральную синагогу. Однако общинные лидеры не сдавались, открыто выступая и против ликвидации синагоги, и против воскресника. Так, на собрании, на котором еврейских рабочих и ремесленников призывали выйти на воскресник, один из выступавших заявил, что чисто еврейский воскресник противоречит принципам интернационализма. Другой предложил вместо работы в еврейский праздник просто собрать деньги. В сентябре и октябре Ленинградская правда снова опубликовала две возмущенные статьи. Газета констатировала, что хотя в Ленинградском исполкоме уже давно лежат папки с требованиями о закрытии синагоги, подписанные 10 450 рабочими, единственная резолюция Ленсовета под этими требованиями гласила: «Оставить вопрос открытым до особого рассмотрения».
Дни Рош-Хашана 1929 г. в Ленинграде были отмечены двумя событиями. Одним из них был пресловутый воскресник, на который вышло гораздо меньше евреев, чем предполагали его организаторы. В те же дни в зале еврейского рабочего клуба проходил суд над руководителями религиозной общины. В принципе со вступлением в силу «Закона 8 апреля» участь ЛЕРО была предрешена, поскольку закон запретил членство одновременно в двух религиозных обществах и передачу в пользование одному обществу двух и более молитвенных зданий (в данном случае Хоральной и Кладбищенской синагог).
По делу ЛЕРО было арестовано семеро, но подсудимых (включая тех, кого не арестовали, но судили) было гораздо больше. Председатель общины Лев Гуревич формально обвинялся в том, что совмещал свою должность в синагоге с ответственным постом советского служащего, что якобы противоречило закону. В действительности обвинение против него и других синагогальных активистов строилось вокруг их еврейской общественной деятельности. На суде обвиняемые держались стойко. Они говорили, что работали во имя спасения еврейского народа, который не может сохраниться без собственной религии и культуры. Народный суд Центрального района присудил Л.Гуревича и его заместителя Л.Иоффе к принудительным работам. Другие члены Правления были оштрафованы на суммы от 25 до 300 руб. Всего было осуждено 11 активистов общины, включая Абрама Лесмана и Леона Рабиновича. Главным же результатом процесса было решение суда о ликвидации ЛЕРО, которое, по словам журналиста, было с одобрением встречено залом, битком набитым кустарями и рабочими.
Разгром ЛЕРО, казалось бы, расчистил властям путь для захвата синагоги, лишившейся законного хозяина. 17 января 1930 г. Леноблисполком постановил закрыть Хоральную синагогу и передать ее под дом культуры «для трудящихся евреев». Через две недели, 1 февраля, аналогичное постановление было принято по Хоральной синагоге в Москве.
Оставшиеся на свободе члены Правления ликвидированного ЛЕРО мужественно продолжали борьбу. В Москву отправилась большая делегация во главе с АЛесманом, которая подала во ВЦИК протест против решения Ленинградского Исполкома. Для нейтрализации усилий верующих в те же дни во ВЦИК была послана делегация «еврейских трудящихся». Реквизиция синагоги была отложена по крайней мере до конца февраля, когда, по словам Трибуны, она была закрыта и «отдана в ведение рабочих». Газета Дер Эмее поздравила еврейских рабочих с победой в тяжелой борьбе против «контрреволюционной клики». Подчеркивая важность достигнутого, редакция Трибуны поместила изображение Ленинградской синагоги на обложке журнала. Варшавская газета Хайнт оповестила своих читателей о том, что Ленинград остался без синагоги и без раввина. Большинство главных синагог СССР в Киеве, Одессе, Харькове, Житомире, Екатеринославе к тому времени были уже закрыты.
Однако последовавший вскоре маневр в государственной политике все же предотвратил, казалось бы, уже неизбежную передачу Хоральной синагоги рабочему клубу. 2 марта 1930 г. была опубликована статья Сталина «Головокружение от успехов» о «перегибах» коллективизации. Среди прочего Сталин писал и о излишнем рвении тех, кто снимает колокола с церквей, чересчур усердствуя в борьбе с религией. Резолюция 16-го съезда ВКП(б), принятая в марте 1930 г., осудила практику насильственного закрытия церквей. За резолюцией последовало несколько заседаний ВЦИК, на которых были отменены десятки принятых ранее постановлений о закрытии молитвенных зданий. В ходе этого тактического «отступления» были «помилованы» и две главные синагоги страны: сначала московская — 10 апреля, а затем и ленинградская — 15 мая 1930 г. Советская печать, разумеется, не упомянула об этом.
С ликвидацией ЛЕРО оказалась в опасности не только Хоральная синагога, но и Дом омовения (Кладбищенская синагога) на Преображенском кладбище, который, как и сам обряд погребения, находился прежде под контролем общины. На кладбище работало погребальное братство, имевшее своих представителей в составе Правления ЛЕРО. На средства общины в Доме омовения в 1928-1929 гг. проводились ремонтные работы. Оказавшись без хозяина, члены погребального братства 29 января 1930 г. обратились в Леноблисполком с просьбой образовать на кладбище отдельную «двадцатку», которая бы ведала Домом омовения. Передача Кладбищенской синагоги в руки нового органа проходила болезненно, в атмосфере антирелигиозной истерии. Дело осложнялось параллельным расследованием анонимного доноса о том, что на кладбище продолжают работать бывшие служащие ЛЕРО, которые бесконтрольно получают оплату за погребения одновременно со своими пенсиями и пособиями по безработице. Страсти успокоились не прежде, чем кладбищенских служащих исключили из профсоюза и лишили избирательного права.
Закрытие ЛЕРО, осуществленное властями параллельно с ликвидацией ОПЕ, ЕИЭО, ЛЕКОПО, Еврейского музея и библиотеки, в сущности не оставило больше места для деятельности «старой еврейской общественности» в Ленинграде.
Сохранение большой Хоральной синагоги отнюдь не исключало, а скорее подразумевало ликвидацию меньших молитвенных собраний с целью упростить контроль над религией со стороны властей. Обычно процесс ликвидации синагог инициировался областными комиссиями по вопросам культов, которые подчинялись одновременно президиумам облисполкомов и Комиссии по вопросам культов при ВЦИК, функционировавшей с 1929 г. Как правило, вначале комиссии действовали через другие учреждения — ЖАКТы, санитарные и пожарные службы, органы финансового контроля. Направляемые ими в синагогу инспекции фиксировали грязь, шум, невыполнение технических и пожарных условий, недостаточную сохранность вверенного «двадцатке» имущества и другие нарушения. Затем выводы инспекторов использовались как предлог для прекращения арендного договора с правлением синагоги. При закрытии синагоги членов «двадцатки» нередко штрафовали, а порой и привлекали к суду, как материально ответственных за утраченное имущество.