Благовещенский собор (1484–1489 гг.), домовую (семейную) церковь великого князя, строили мастера из Пскова. В XV в. псково-новгородская архитектура имела целый ряд черт, отличавших её от зодчества Северо-Восточной Руси. Однако мастера не стремились построить в Кремле собор в псковском стиле. Они применили здесь художественные приёмы различных архитектурных школ, существовавших на Руси, — древней владимирской и, конечно, близкой им псково-новгородской. Это должно было подчеркнуть общерусский характер кремлёвской архитектуры.

Для строительства нового собора зодчие использовали высокий подклёт (т. е. нижний этаж) прежней, разобранной церкви. Основной объём собора имел форму куба. С востока к нему примыкали три апсиды. Ряд лёгких декоративных полуколонок опоясывал всё здание. Закомары имели особую, килевидную, форму. Такой же формы кокошники окружали центральную главу собора. Первоначально храм венчали только три главы. Тяжесть сводов несли на себе четыре столба. Изящному, нарядному внешнему виду здания соответствовало богатое убранство его небольшого внутреннего пространства, рассчитанного только на великокняжеское семейство.

В середине XVI столетия по углам собора пристроили четыре одноглавых придела (небольшие церкви), а число его основных глав увеличили до пяти. Эта перестройка значительно изменила внешний вид храма. Девять его глав, кровля, повторяющая сложные очертания закомар, и остроконечные верхи апсид были богато вызолочены, отчего собор прозвали Златоверхим.

В какой-то мере представить первоначальный облик Благовещенского собора помогает церковь Ризположения (1484–1485 гг.) — домовая церковь митрополита, построенная теми же псковскими мастерами. Правда, она невелика и имеет только одну главу. Особую стройность ей придают высокий подклёт и обилие вертикальных линий в убранстве. Широкие лопатки делят фасады на три части, причём центральная часть шире и немного выше боковых. Килевидные закомары подчёркивают устремлённость здания вверх. По стенам тянется живописный фриз из небольших колонок-балясинок (столбиков) и декоративного орнамента. Особенно красивы апсиды, украшенные тонкими полуколонками и стягивающими их арочками, килевидными, как и закомары.

Церковь Ризположения имела особый, мемориальный, характер. Прежнее её здание было построено в память об избавлении Москвы от войск татарского царевича Мазовши в 1451 г. Тот последний налёт татар на Москву и их скорое отступление пришлись на 2 июля, когда Церковь отмечала праздник Положения Честнóй Ризы Пресвятой Богородицы (связанный со спасением христиан от нашествия язычников). Такие совпадения православным людям не казались случайностью. В произошедшем увидели заступничество Богородицы — чудо. Летописец отмечал тогда, что татар вдруг обуяли «страх и трепет» и они «побегоша гневом Божиим и молитвою Пречистыя Матере Его и великих чюдотворець молением и всех святых». Воспоминания об этих событиях были особенно уместны в год освящения церкви Ризположения (1486 г.), когда великий князь Иван III задумал большой поход на Казань. В результате похода, состоявшегося в 1487 г., Казанское ханство, осколок прежде могущественной Золотой Орды, вынуждено было признать над собой власть московского государя.

В конце 80-х гг. XV столетия в Кремле началось строительство дворца великого князя московского. Возводили его принятые на великокняжескую службу итальянские архитекторы Марк Фрязин, Пьетро Антонио Солари и Алевиз Фрязин (Новый). Из-за большого пожара, случившегося в Кремле в 1493 г., строительство дворца затянулось и закончилось уже после смерти Ивана III.

Государев дворец не был единым зданием, а представлял собой множество больших и малых, выстроенных из камня и дерева, причудливо соединённых друг с другом «палат» и «изб». Отдельные части дворца имели различную высоту, их островерхие четырёхскатные крыши придавали постройкам особую живописность. Стены дворца украшала затейливая резьба. Покои великого князя и княгини, помещения для приёма иностранных послов и переговоров с ними, залы для пиров и официальных церемоний были убраны с подобающей роскошью. Кроме того, во дворце находились различные подсобные помещения: кухни, амбары, кладовки. Переходы связывали все части дворца между собой и с Благовещенским собором. Австрийский дипломат Сигизмунд Герберштейн, посетивший Москву в начале XVI столетия, рассказывал о государевых хоромах, как о «весьма обширных и великолепно выстроенных». Составить некоторое впечатление о великокняжеском дворце конца XV — начала XVI в. помогает Грановитая палата (1487–1491 гг.). Все остальные части дворца в разное время были разобраны или попали внутрь других, более поздних построек.

Грановитая (или Большая) палата являлась тронным залом государя всея Руси, где в торжественной обстановке русские великие князья и цари принимали иностранных послов. Здесь же проходили важнейшие государственные мероприятия, заседали Земские соборы, устраивались грандиозные пиры в честь побед. С южной стороны в палату вела широкая лестница, украшенная фигурами львов. Чтобы попасть в саму палату, нужно было подняться по этой лестнице и пройти особое помещение — Святые сени. Площадь палаты достигала пятисот квадратных метров. Величественный зал перекрывался четырьмя высокими крестовыми сводами, которые опирались на единственный столб, поставленный в центре. Главный фасад здания выходил на Соборную площадь, его украшали огранённые на четыре стороны каменные плитки (русты), от них и произошло название палаты.

В последний год своей жизни, предчувствуя скорую кончину, Иван III поручил архитектору Алевизу Фрязину, недавно прибывшему из Италии, построить новый Архангельский собор — семейную усыпальницу рода великих князей (1505–1508 гг.). Как и Аристотель Фиораванти, Алевиз Новый познакомился с традициями русской архитектуры и в конструкции нового храма решил следовать им. Мощный шестистолпный храм он увенчал иятиглавием, асимметрично сдвинув его к восточной стороне здания. Однако внешнее убранство собора, своего рода «верхнее платье» здания, архитектор выполнил на итальянский лад. Фасады храма он разделил широким карнизом на две горизонтальные части, а традиционные русские лопатки заменил двумя рядами пилястр (плоских колонн), которые завершались капителями. Он использовал здесь характерную для архитектуры Возрождения ордерную систему (см. «Введение»), подчёркивающую роль несущих элементов (колонн) и опирающихся на них перекрытий. Закомары зодчий отделил от плоскости стены ещё одним карнизом и внутри них поместил белокаменные резные раковины (впоследствии этот элемент очень полюбился русским архитекторам). Таким образом, закомары (конструктивная форма, указывающая на линии сводов) стали одновременно и украшением стены.

Кроме Архангельского собора Алевиз Новый построил в Кремле ещё три церкви и собор Вознесенского девичьего монастыря. Однако ни одна из этих построек до наших дней не сохранилась.