Экстремисты не успокоились, гибли сотни людей, постоянно совершались нападения на государственные объекты и персонал, на стратегические цели; известно не менее шести покушений на самого Мубарака, самая драматическая попытка состоялась в июне 1995 года в Аддис-Абебе. «Джамаа Исламийя» систематически преследовала туристов летом 1992 года, прикрываясь словами шейха Умара Абд аль-Рахмана: «Эта отрасль тесно связана с алкоголем и развратом, а потому должна быть запрещена на основании религиозных законов». Спорадические нападения на поезда, круизные суда, туристические автобусы, отели и другие объекты продолжались в течение нескольких лет, кульминацией стала атака в Луксоре 17 ноября 1997 года, в ходе которой на ступенях храма Хатшепсут были застрелены 58 иностранных туристов и четверо египтян. Жестокость нанесла колоссальный ущерб имиджу Египта за границей — при том, что доходы от туризма составляют не менее одной пятой бюджета страны.

К счастью, это массовое убийство стало последним, предсмертным вздохом «Джамаа», которая к 1996 году оказалась под серьезным давлением со стороны правительства, принимавшего энергичные меры против экстремизма. Лучшие бойцы группировки были убиты или казнены, ее лидер шейх Абд аль-Рахман получил несколько пожизненных сроков в США за участие в организации в 1993 году взрыва во Всемирном торговом центре, а чрезмерное насилие, характерное для этой организации, постепенно привело к утрате ею популярности среди населения. «Джамаа» официально объявила о самороспуске в 1999 году, но расстрел в Луксоре стал ее последним насильственным актом на территории Египта.

После поражения дома часть египетских боевиков-исламистов вышла на международную арену. Многие египтяне пользуются уважением в фундаменталистских кругах как «мыслители и интеллектуалы» исламизма, но никто не превосходил в этом отношении лидера группировки «Аль-Джихад» Аймана аль-Завахири, вставшего на путь экстремизма после пыток в тюрьме при Мубараке. Вернувшись в Афганистан, Завахири объединил усилия с саудовским миллионером Усамой бен Ладеном, вскоре стал его правой рукой и главным стратегом и идеологом организации Бен Ладена, получившей название «Аль-Кайеда» («Основа») и представляющей собой свободную сеть военизированных группировок и бригад, во многие из которых вошли египтяне из «Аль-Джихад».

В феврале 1998 года Аль-Завахири и Бен Ладен вместе объявили об основании Международного исламского фронта, направленного против евреев и «крестоносцев»; они выпустили воззвание, утверждавшее, что «каждый мусульманин, способный держать оружие, должен лично убивать американцев и их союзников, будь то гражданские или военные, в любой стране, где это только возможно». Взрывы в посольствах США в Кении и Танзании в том же году ознаменовали новый тип глобального терроризма — «зрелищного» и рассчитанного на медиа-сознание, позволяющего Бен Ладену мгновенно заявлять о себе всему миру.

Атаки 11 сентября 2001 года высветили все сложности в отношениях между Египтом и США. Шок, скорбь и сочувствие были неподдельными; вместе с тем возникало тягостное чувство, что это нападение стало местью за непопулярную американскую внешнюю политику на Ближнем Востоке. Страсти разгорелись с открытия второй палестинской интифады «Аль-Акса» за год до нападения на ВТЦ и резкой и жесткой реакции Израиля. В обстановке морального и эмоционального замешательства после атак 11 сентября быстро распространялись слухи, что всему причиной еврейский заговор, организованный «Моссад» (секретной службой Израиля), чтобы подогреть сочувствие к Израилю и обратить мировое общественное мнение против арабов и мусульман. Даже достоверные свидетельства об участии «Аль-Кайеды» в организации атак не заставили многих египтян признать участие соотечественников — таких как Завахири или бывший египетский полицейский Мухаммед Атеф, которого считают руководителем военных операций «Аль-Кайеды», или Мухаммед Атта, сын каирского юриста, который направил первый самолет на башни ВТЦ.

Опрос общественного мнения, проведенный одной из каирских газет через год после атак, показал: более половины респондентов считают, что «США это заслужили», а 39 % верят, что ответственность несет «Моссад»; еще 28 % восхищены действиями преступников. Отчасти эти мнения отражают давнее противоборство западной и исламской традиций в Египте со времен Наполеона, — противоборство, заметно обострившееся в последние годы в связи со стремлением египтян к глобальной культуре и свободному рынку при желании сохранить верность ценностям ислама.

Позиция Египта как ключевого союзника США в арабском мире подверглась испытанию в ходе «антитеррористической войны» президента Дж. Буша и сильно осложнилась из-за попыток Израиля связать глобальную войну со своей борьбой с палестинцами. Когда в апреле 2002 года насилие на оккупированных территориях достигло пика, десятки тысяч египтян вышли на улицы по всей стране, протестуя против действий Израиля, позиции США и пассивности Мубарака. Они нарушили закон, запрещающий демонстрации и уличные шествия, но напуганное правительство не рискнуло прибегнуть к силе; телевидение показывало кадры зверств в Палестине, религиозные лидеры в прямом эфире восхваляли мученичество смертников-бомбистов. Многие задавались вопросом о том, насколько разумно вновь разжигать воинственный пыл, который пытались унять на протяжении всех 1990-х годов.

Ничего удивительного, что во время вторжения в Ирак в 2003 году Мубарак уже не рисковал задеть чувства нации. Несмотря на давление США, требовавших поддержки, как во время войны в Заливе в 1991 году, когда Египет предоставил треть войск коалиции, Мубарак решительно отказался поддержать войну, открыто раскритиковал операцию и предупредил Белый дом, что вторжение и оккупация лишь создадут «сотню новых бен ладенов». В ответ Буш в инаугурационной речи 2005 года призывал «расширить демократию», говорил не только о привычной «оси зла», но и напоминал стареющим авторитарным режимам, вроде египетского, что помощь США не является безусловной. Подобные заявления вкупе с требованиями реформы избирательной системы вынудили Мубарака пойти на уступки, внести изменения в конституцию, позволившие в сентябре 2005 года впервые провести президентские выборы из нескольких кандидатов, хотя и с ограничениями, которые сделали — и в дальнейшем будут делать — проигрыш действующего президента маловероятным. Парламентские выборы прошли месяцем позже, также в обстановке беспрецедентной свободы, с широким участием оппозиционных группировок и полной прозрачностью подведения итогов. Конечно, не стоит удивляться, что НДП благополучно победила, но значительного успеха добились и «Братья-мусульмане» (точнее, независимые кандидаты, являющиеся членами этой организации, поскольку формально партия запрещена законом), что выявило новые трудности: «расширение демократии» в Египте, вероятно, приведет к победе на выборах исламистов.

С другой стороны, антитеррористическая война позволила египетскому правительству возобновить репрессии против оппонентов под флагом борьбы с воинствующим исламским терроризмом. К ужасу правозащитных организаций те самые меры, которые Египет давно использует и за которые его давно укоряют на Западе (например, суммарное судопроизводство, неопределенное по сроку интернирование, приговоры по прецеденту), стали моделью для борьбы с терроризмом после 11 сентября. Конечно, для большинства западных стран пытки представляются совершенно недопустимыми — по крайней мере, в пределах их собственных границ. Однако все чаще стали появляться сведения о практике «чрезвычайных мер», используемых западными спецслужбами, в первую очередь ЦРУ, когда подозреваемых в терроризме передают без официальной экстрадиции другой стране, например Египту, прекрасно зная, что там их ожидают пытки для получения необходимой информации или признания.