Период правления Омейядов известен появлением новых административных идей и принципов, которые изменили Египет, превратив его из христианской страны с коптским языком в исламское государство с доминированием арабского. В 706 году арабский стал официальным языком, заменив коптский и греческий, так что с этого момента все копты (и другие неарабы), служившие в администрации, должны были хорошо выучить язык, иначе лишились бы своих постов. Со временем арабский вытеснил коптский язык не только в общественной, но и в частной жизни, а к XVI веку коптский сохранился только в литургии. Налоги увеличивались, а появление мусульман в качестве сборщиков податей вместо коптов вызвало волнения, а потом и восстание коптов в 725–726 годах. Бунты никогда не были достаточно мощными, чтобы угрожать господству арабов, но всегда подавлялись свирепо и безжалостно. Насилие и чрезмерный налоговый гнет вынудили часть коптов обратиться в ислам, но арабы-мусульмане не поощряли их к этому, так как массовая исламизация населения означала сокращение налоговой базы и снижение общих доходов.

Старые византийские монеты были заменены исламскими, которые чеканились в Дамаске, связанном с провинциальными центрами новой, весьма эффективной почтовой системы. Миграция арабов в Египет набирала темп, особенно в правление халифа Хишама (724–743), когда тысячи бедуинов расселились на территориях за пределами Фустата и Александрии, где они оказались первыми арабами. Исламский образ жизни постепенно утверждался в стране: были закрыты винные лавки, а виноградники уничтожены; церкви и монастыри потеряли финансовые льготы, ранее предоставленные арабами; мусульмане повсеместно сменяли христиан на постах деревенских старост.

Омейяды были энергичными завоевателями, они расширили границы своих владений вплоть до Индии и Китая на востоке, до Северной Африки, Испании и Южной Франции на западе, пока их не остановил в 732 г. в битве при Пуатье Карл Мартелл. Построив флот, они также стали осуществлять набеги на византийские пределы, дважды осаждали Константинополь (в 668–673 и 717–718 гг.), хотя и не сумели одержать решающую победу, которая сделала бы их властителями всего Средиземноморья.

Арабы не имели архитектурных традиций, но при Омейядах активно осваивали культуру покоренных народов, ассимилировали и реинтерпретировали их достижения во славу ислама. Некоторые из величайших и наиболее священных мечетей, сохранившихся до наших дней, были построены при халифах из династии Омейядов, очевидно, с использованием навыков грекоязычных христиан, живших в Сирии. Среди наиболее известных — Купол Скалы (687–691) и мечеть аль-Акса (693–705) в Иерусалиме и мечеть Омеяйдов в Дамаске (706–715, включившая в себя древний собор Святого Иоанна Крестителя), а великие мечети Мекки и Медины в ту же эпоху перестроили и заново украсили.

Все эти постройки представляли собой высшие достижения искусства Омейядов. Однако после смерти Хишама династия начала клониться к закату, в основном под бременем неустойчивой экономики, коррупции и внутренних разногласий. Восстание, возглавленное «убийцей» Аббасом аль-Саффахом (750–754), потомком дяди Мухаммеда, разразилось сначала в Персии, привело к изгнанию наместника (747), затем распространилось на запад и обернулось против халифа Марвана II (744–750). Марван бежал в Египет, но был схвачен противниками в Бусирисе и обезглавлен; его голову прислали в качестве трофея новому халифу Аббасу.

Аббасидам помогли прийти к власти многочисленные группы населения, недовольные халифатом Омейядов. Однако их никто не отблагодарил за усилия. Для начала Аббасиды окружили и уничтожили своих врагов, а затем удар пришелся по тем, кто помог им победить. Даже блестящий военачальник Абу Муслим, подготовивший решающую победу Аббасидов, был предан смерти. В результате столь свирепого кровопролития к власти пришла самая долговечная и прославленная арабская династия исламского мира. Решение брата и преемника Аббаса, Аль-Мансура (754–775) перенести столицу в Багдад (762), отдалив ее от Средиземного моря, повлияло на постепенное ослабление влияния в Египте и западных провинциях.

Если Омейяды проявляли склонность к архитектуре, то Аббасиды продемонстрировали жажду интеллектуальных знаний в области, весьма далекой от арабской традиции. Большое количество классических текстов и научных трактатов было переведено на арабский, благодаря чему открылись врата в мир творческой мысли и исследований. Открытия, сделанные греками (и представителями других древних цивилизаций), достижения многих столетий в области философии, астрономии, математики, медицины, астрологии, географии, истории, изобразительных искусств и литературы были усвоены и развиты арабами в течение нескольких десятилетий. Позднее этот поток знаний хлынул в Европу и стимулировал Возрождение.

Правление Харуна ар-Рашида (786–809) ознаменовало первую высшую точку во власти, богатстве и культурном развитии династии. Его двор не случайно стал фоном для преданий «Тысячи и одной ночи», записанных в середине X века и последовательно украшенных фабулами, заимствованными из многих культур, прежде чем появиться в законченном виде в Египте XV века.

Пока звезда Аббасидов высоко стояла в Багдаде при Харуне, в Египте наступило время нестабильности и народного недовольства. Халиф и его предшественники пытались выжать из местного населения все большие налоги, используя силу расквартированных в стране арабских войск (джундов), чтобы подавить бунты, вспыхивавшие последовательно в 754, 763, 784, 802 и 806 годах. Система действовала лишь до тех пор, пока джунды были довольны, но содержание войска тоже понемногу сокращалось, а исламское влияние подрывали арабские поселенцы, которые отказывались платить поземельный налог. Когда местное войско не пожелало делать грязную работу для халифа, пришлось направлять в Египет имперскую армию. Наместники Египта также зависели от доброй воли армии, как и от арабской аристократии (вуджух). В правление Харуна им явно не хватало подобной поддержки: из двадцати двух наместников этой эпохи ни один не продержался на своем посту больше года.

Скрытое, но постепенно нараставшее напряжение между местными и имперскими войсками, между набиравшей силу аристократией и новыми арабскими мигрантами взорвалось после смерти Харуна в 809 году, когда началась война за престол между его сыновьями. На фоне общего смятения контроль над Египтом перешел в руки переселенцев из Йемена на севере и недавно введенных войск Аббасидов на юге, а 15 000 мавали (мусульман неарабского происхождения), изгнанные из Испании, хлынули в Александрию и в 815 году стали хозяевами города. Давно укоренившиеся в стране арабские семьи из джундов и вуджух, управлявшие египетским обществом с момента завоевания, были отстранены от власти, в то время как мавали, новообращенные мусульмане и прочие поднялись к вершинам.

Только в 826 году в Египте восстановили власть халифов — при халифе Аль-Мамуне (813–833), использовавшем турецкое войско. Солдат-турок называли «мамлюками» (от арабского «принадлежащий») — это были рабы-немусульмане, в раннем возрасте взятые в плен в районах Кавказа и Малой Азии; их обучали военному делу, наставляли в исламе, добивались абсолютной личной верности. Во взрослом возрасте им давали свободу и позволяли занять высокие посты при дворе.

Египет оставался беспокойной провинцией, в 830 и 831 году снова вспыхивали восстания, причем в последнем мятеже участвовали объединенные силы арабов и коптов. Аль-Мамун лично наблюдал за подавлением этого восстания; визит правящего халифа в Египет был редкостью: согласно преданию, он пробил ход в Великую пирамиду в надежде найти там золото, но обнаружил только пустой саркофаг. Сегодня посетителям пирамиды показывают «дыру Мамуна» в стене. Бунтовщики-копты были казнены, их жены и дети обращены в рабство, их арабских сотоварищей вычеркнули из дивана. Египетский историк Аль-Макризи (1364–1442) писал, что «с того дня копты оставались покорными, их власть была подорвана раз и навсегда; никто не мог больше бунтовать или просто выступать против правительства, а мусульмане стали составлять большинство в деревнях».