Два коротких правления в конце Двенадцатой династии, вероятно, установили стандарты для Тринадцатой династии (ок. 1773–1650 гг. до н. э.), которая представляла собой череду быстро сменяющихся фараонов, явно принадлежавших разным семьям, в то время как знать понапрасну пыталась создать устойчивую преемственность царей. Временами скорость смены правителей была так велика, что некоторые фараоны оставались на престоле лишь несколько недель или несколько дней, и можно предположить, что эта система включала «карусель», при которой цари регулярно сменяли предшественников на троне, хотя прямых доказательств тому нет. Любопытно, что аппарат Среднего царства исправно функционировал на протяжении первой половины существования Тринадцатой династии, словно на нем никак не сказывалась стремительная смена фараонов. Столица по-прежнему находилась в Иттауи, собирались налоги, армия удерживала контроль над завоеванными землями в Нубии, процветали искусства, а царские строительные работы шли по всей стране — хотя, судя по уцелевшим сооружениям, эти памятники уступали по качеству постройкам Двенадцатой династии, что, вероятно, связано с истощением ресурсов в распоряжении фараонов.

Недостаток стабильности и преемственности на пике развития дал себя знать приблизительно в середине Тринадцатой династии. Стесненные обстоятельства правления фараонов нарушили целостность границ Египта, и в последние годы XVIII века до н. э. не попавшие под прямое влияние египетской культуры азиаты стали проникать на северо-восток Дельты, особенно в районе Авариса — сегодня там находятся археологические раскопки Тель эль-Даба. Город в значительной степени населяли азиаты, которые попадали в Египет в качестве пленников, прислуживали в богатых домах, трудились на строительстве царских и общественных зданий. Сам Аварис являлся стратегическим пунктом на перекрестке дорог к Синаю и в Сирию, а значит, и центром торговли и базой для организации горных разработок. Постепенно азиаты заняли важные позиции в администрации города, стали контролировать импортные и экспортные операции с Ближним Востоком. Через некоторое время они уже взяли в руки управление городом, его окрестностями, местным населением и доходной внешней торговлей. Сначала они признавали главенство египетского фараона, но вскоре после царствования Собехотепа IV Ханаферре (ок. 1720 г. до н. э.), последнего правителя Тринадцатой династии, захватили реальную власть, и управляющий Авариса Нехеси принял решение основать собственный царский дом — это была таинственная и малоизвестная Четырнадцатая династия. Вскоре последовала череда восстаний на захваченных нубийских землях, которая привела к появлению самостоятельного правителя из местного населения, а столицей стал город Керма в стране Куш. Поскольку ни один царь не мог претендовать на управление всем государством, Среднее царство, второй этап расцвета Египта, завершилось. Наступил Второй переходный период, когда единство распалось, а в разных провинциальных центрах правили царьки, о которых почти ничего неизвестно.

Цари Четырнадцатой династии (ок. 1773–1650 гг. до н. э.) правили из Авариса, в то время как цари Тринадцатой династии сохраняли традиции Среднего царства в прежней столице Иттауи. Однако примерно в середине XVII века до н. э.

группа, известная под названием «гиксосы», захватила Аварис и Нижний Египет, основав Пятнадцатую династию (ок. 1650–1550 гг. до н. э.) и подорвав остатки власти в Иттауи; традиционная египетская администрация переместилась дальше на юг, в Фивы и другие центры Верхнего Египта, где жили фараоны Шестнадцатой (ок. 1650–1580 гг. до н. э.) и Семнадцатой (ок. 1580–1550 гг. до н. э.) династий, существовавших одновременно с гиксосами.

Название «гиксосы» является греческим искажением египетского «хекау кхасут» — «правители чужой страны», обычно так называли тех, кто говорил на западносемитских языках Ближнего Востока. Как в точности произошел переход власти от царей Авариса к гиксосам, какие отношения существовали между ними — неизвестно. Иосиф Флавий («Против Апиона») цитирует Манефона, рассказывая о полномасштабном вторжении гиксосов:

У нас крайне мало археологических свидетельств, которые могли бы сказать об уровне разрушений, упоминаемых Иосифом, гораздо вероятнее, что гиксосы поднялись к вершинам власти из азиатского населения Авариса, в котором за десятилетия иммиграции ближневосточных народов в Дельту сложилось новое общество. Вряд ли это было простое вторжение чужаков извне. С другой стороны, Мемфис действительно попал в сферу их влияния и оказался более удобной базой для управления Нижним Египтом и резиденции царя, чем Аварис. Гиксосы установили пограничный пункт в Кузе (возле современного Маллави), примерно в 250 км к югу от Мемфиса, где брали налоги со всех въезжающих в страну.

В отличие от коренных египетских царей того времени, гиксосы, кажется, наслаждались относительной стабильностью: шесть царей в целом правили 108 лет. Многое в их образе жизни в Аварисе и системе управления было заимствованным у египтян, что тоже позволяет предположить постепенный переход власти, а не внезапное нашествие. Они использовали прежние административные структуры, прежние официальные титулы, но изменили планировку города и способ постройки домов, хоронили покойников в пределах жилой зоны, что ясно свидетельствует об иноземной культуре. Что касается религии, гиксосы поклонялись богу Сету, который, видимо, на самом деле был сирийским богом грозы и бури; это показывает важность погоды для этого народа, полагавшегося на международную торговлю, в том числе и по морским путям через Средиземноморье. Они ввели в Египте много новых технологий, принесенных с Ближнего Востока, среди которых не последнее место занимали военные новшества: колесницы, составной лук, сделанный из нескольких слоев дерева и рога, что придавало большую крепость и позволяло пускать стрелы дальше, новые сплавы бронзы, позволявшие изготовлять более острое и твердое оружие, — преимущества, которые позволили Египту в эпоху Нового царства стать воинственной империей. Также гиксосы принесли гончарный круг, вертикальный ткацкий станок, новые овощи и фрукты, дополнительные виды домашнего скота, включая овец, дававших шерсть, и горбатых коров-зебу, а еще музыкальные инструменты — бубен и арфу.

Судя по всему, гиксосы с огромным почтением относились к египетской культуре, и в царствование Апопи (ок. 1555 г. до н. э.), самого влиятельного и долго жившего фараона этой династии, отдавались приказы копировать и сохранять все великие памятники египетской письменности, которые уже тогда считались древними. Среди них был поразительный медицинский трактат, восходящий к раннединастическому периоду; он известен как папирус Эдвина Смита. Этот папирус содержит точные указания, как лечить целый ряд недугов, в том числе переломы, растяжения, раны и отеки. Так называемый папирус Ринда также скопировали для последующих поколений в период правления гиксосов; сегодня он считается старейшим математическим документом в мире.

Гиксосы поддерживали отношения с нубийскими царями страны Куш, центром которой был город Керма, к югу от Третьего порога, важный пункт на торговом пути через Западные оазисы к египетской территории. Фиванские цари также сотрудничали с нубийцами, от которых получали ценные минералы и горные породы — аметист, диорит и золото. Цепь нубийских крепостей, выстроенных в эпоху Среднего царства, оказалась теперь в руках кушитов, там размещались отряды лучников, наводивших ужас на врагов. Египтянам приходилось платить за право передвижения по Нижней Нубии.