Занимая более двух третей общей площади страны, Западная пустыня простирается от западных пределов долины Нила до прямой, словно прочерченной по линейке, границы с Ливией и Суданом — оттуда безлюдные равнины тянутся на сотни миль, поскольку все это — часть гигантского пустынного пояса Северной Африки. Несмотря на практически полное отсутствие дождей, Западная пустыня содержит довольно много воды: во впадинах существуют артезианские источники и обычные колодцы. Цепочка этих впадин образует серию из пяти главных оазисов: Сива, Бахарийя, Фарафра, Дахла и Харга; они протянулись с северо-запада на юго-восток, между ними есть мелкие колодцы и источники, сделавшие этот регион доступным для людей еще в доисторические времена, а также обеспечившие миграцию между Нилом и внутренними районами пустыни.

Сама пустыня представляет собой огромное известняковое плато, медленно повышающееся к югу на 1500 футов (450 м) и там соединяющееся с другой, Нубийской платформой из песчаника. На юго-западе равнина переходит в плато Гильф-Кебир, в высшей точке достигающее 3000 футов (900 м), за которым следует еще более высокий массив — Джебел-Увейнат, уходящий на территорию Судана и Ливии. Посреди монотонного пейзажа возникают необычные геологические образования, самым примечательным из них является волнообразное, словно океан, пространство золотых песчаных дюн, охватывающее солончаки впадины Каттара и опускающиеся на 300 футов (90 м) в районе Великого Песчаного моря вдоль ливийской границы. А на север от оазиса Фарафра находится так называемая Белая пустыня — загадочное скопление кристаллов кальцита, выступающих из песка подобием диковинных скульптур, обработанных и сформированных ветром.

По другую сторону Нила находится Восточная пустыня — каменистый и гористый регион, прорезанный глубокими долинами-вади, которые остаются сухими большую часть года, но после редких ливней по ним в сторону Нила или Красного моря устремляются потоки воды. Цепь высоких гор протянулась вдоль побережья Красного моря, многие пики превышают 4000 футов, и самым высоким из них является Джебел Шайиб эль-Банат — 7175 футов (2187 м). Массив состоит из вулканических и метаморфных скал, которые с доисторических времен служат источником сырья и ценных минералов, таких как кремень, гнейс, гранит, диорит, кварцит, песчаник и порфир. Древние торговые пути тянулись по негостеприимной местности, следуя за глубоко прорезанными ущельями и горными проходами наподобие Вади Хаммамет — важнейшего связующего звена между Нилом и Красным морем.

Синайский полуостров представляет собой треугольник между Суэцким заливом и Суэцким каналом на западе и заливом Акаба и пустыней Негев на востоке; это часть той же геологической системы, что и Восточная пустыня. Южная оконечность заполнена нагромождением острых как нож пиков, включая величайшие горы Египта — гору Св. Екатерины (8668 футов или 2642 м) и гору Синай (7497 футов или 2285 м), библейские пики, на одной из которых Моисей получил скрижали с Десятью заповедями. Северная часть полуострова менее гористая, но не менее суровая, это продуваемая всеми ветрами пустынная равнина, покрытая песком и гравием, пересеченная каменистыми котлованами и пересохшими руслами водных потоков, редкими скоплениями холмов и обнажениями горных пород. Вдоль побережья тянутся песчаные дюны и соляные болота, среди которых можно обнаружить пунктирную линию колодцев со свежей водой — от Египта до Ближнего Востока. Синай — нечто большее, чем торговый коридор, он буквально пропитан историей, мифами и памятью о древних войнах. По этому пути шли израильтяне в поисках Земли Обетованной, здесь проходили христиане и мусульмане; много раз полуостров становился ареной сражений, целью которых было защитить Египет.

Климат Египта соответствует преобладанию пустыни на территории страны. В целом, погода там сухая и жаркая летом (с мая по сентябрь), прохладная и мягкая зимой (с ноября по март) и солнечная на протяжении всего года. На севере жара и засуха немного смягчаются влиянием Средиземного моря, а большая часть осадков приходится на Александрию — около 180 мм в год, дожди выпадают обычно зимой и в межсезонье. Летом жара и духота в сочетании с высокой влажностью просто невыносимы, но зимой может быть довольно холодно, сыро и ветрено.

Чем дальше на юг, тем меньше вероятность дождей, так что в Каире выпадает в среднем около 25 мм осадков в год, в Асуане — около 3 мм, а в пустыне — еще меньше. В среднем летний температурный максимум также заметно вырастает при продвижении с севера на юг: от 30 °C в Александрии до 36° в Каире и 41° в Асуане, а в самые жаркие годы столбик термометра поднимается до 50 °C. На самом деле здесь не редкость экстремальные явления природы, летом страна погружается в жару, а зимой порой случаются непредсказуемые периоды холода.

Синайские горы, пожалуй, можно назвать средоточием самых немилосердных климатических условий в стране, регион страдает зимой от снежных бурь на высокогорье и от мгновенно обрушивающихся ливней, которые случаются в любое время года. В Западной пустыне с марта по май дует свирепый ветер, который называют хамсин, обычно он приходится на период в пятьдесят дней между Пасхой и Пятидесятницей. Сухая и горячая песчаная буря скрывает солнце, сдирает краску со стен, покрывает все на своем пути сплошной серой пыльной коркой.

Когда греческий историк Геродот в V веке до н. э. писал, что египтяне верят в изначальное существование своего народа — с момента появления на земле первых людей, он всего лишь фиксировал мнение, широко распространенное в Древнем мире: история человечества началась в Египте в незапамятные времена. Странно, но современная палеонтология подтверждает старинную легенду: ведь именно в Египте, во впадине Файюм, обнаружили скелет небольшого и весьма подвижного млекопитающего Aegyptopithecus zeuxis, напоминающего лемура; его возраст тридцать три миллиона лет. Некоторые специалисты утверждают, что этот древний примат — самый ранний из известных нам предков людей и человекообразных обезьян, полемика вокруг этого ископаемого позволяет многим рассматривать данный регион как колыбель цивилизации.

Учитывая это, остается сожалеть, что не удалось сделать новых открытий, которые пролили бы свет на доисторический период жизни человечества на территории Египта, и нам приходится перепрыгивать через долгий промежуток во времени и пространстве, чтобы снова поймать конец оборвавшейся нити. Следы древнейших людей — точнее сказать, гоминидов — обнаруживаются в Восточной Африке пять миллионов лет назад. Существует мнение, что эти «австралопитеки» мигрировали к северу, пересекли Ближний Восток меньше двух миллионов лет назад, а около 700 000 лет назад расселились в Европе. И хотя до сих пор не найдено ископаемых останков, которые могли бы это подтвердить, есть все основания подозревать, что долина Нила служила коридором, по которому они совершили переход на север. Удручающая нехватка свидетельств отчасти является следствием разливов и смены русла Нила, в результате чего все следы стоянок, скелеты и артефакты были смыты водой или покрыты толстым слоем ила, надежно спрятавшим их от археологов.

Самые ранние указания на присутствие людей в Египте — это скорее инструменты, чем костные останки. Камни со следами обработки, напоминающие по форме орудия труда, которые удерживали в руке, были найдены на усыпанных галькой пустынных районах на границе с долиной Нила; они примерно датируются периодом 700 000–500 000 лет назад. Давным-давно унесенные водой, они находятся не на местах стоянок, что делает их крайне ненадежными свидетельствами; более того, существует вероятность, что эти камни вообще не являются продуктом человеческого труда.