Примерно 400 000 лет назад появляются первые серьезные основания говорить о доисторическим периоде Египта. Многочисленные ручные топоры, излюбленные орудия Homo erectus, найдены на стоянка вдоль Нила, от Каира до Хартума, и это бесспорное свидетельство древнейшего человеческого присутствия в Египте. Топоры принадлежат так называемой ашельской культуре, первому периоду «массового» производства каменных орудий труда. На ашельских стоянках возле Второго порога и в оазисе Дунгул, к юго-западу от Асуана, найдены останки древних египетских жилищ, одни из старейших в мире: каменные круги и овальные ямы; вероятно, «дома» накрывали звериными шкурами или хворостом, закрепленными на рамах и прижатых к земле крупными камнями.

Глобальное изменение климата около 120 000 лет назад (оно известно как дождевой период Аббассия) превратило Египет из засушливой равнины в роскошную саванну. Обильные дожди сделали впадины озерами, на просторах паслись дикие лошади, буйволы, носороги, антилопы, жирафы и слоны. Появились и группы охотников, следовавшие ритму миграции больших стад. В засушливые сезоны они искали убежища в местах, где всегда можно было найти воду, где сохранялась растительность, кормились газели и другие животные. Одно из таких мест — Бир-Сахара, далеко в Западной пустыне, охарактеризованное археологами как «одно из наиболее уединенных и заброшенных мест на земле». Там нашли кости дикого осла — первые останки животных в Египте, связанные с человеческим поселением, а также куски скорлупы страусовых яиц, которые, возможно, использовали для переноски и хранения воды. Более мягкий климат распространился вплоть до гор и побережья Красного моря, и там, к северо-западу от Кусира, раскопки позволили обнаружить временное стойбище с костями антилопы, слона, буйвола и крокодила.

Однако время изобилия подошло к концу примерно 30 000 лет назад. Дожди прекратились, пустыня снова стала надвигаться на страну, вынуждая людей — к тому времени это была переходная форма между Homo erectus и Homo sapiens — сосредоточиться в долине Нила. За исключением нескольких оазисов посреди пустыни, узкий участок вдоль реки стал практически единственным источником пищи в регионе; существует предположение, что повышение плотности населения привело к конкуренции между двумя соперничающими группами, что в итоге обернулось скачком в развитии технологии производства инструментов. Новая техника (согласно международной классификации, она называется леваллуа) предполагала изготовление тонких отщепов камня, из которых делали острые инструменты с хорошо заточенным краем. Появился большой ассортимент специализированных орудий лучшего качества;

и для их изготовления требовалось гораздо меньше материала. Одним из величайших «ремесленных переворотов» стало производство прекрасно обработанных каменных лезвий, которые можно было прикреплять к копьям и дротикам в качестве наконечников, — колоссальное усовершенствование оружия, превосходившего старые ручные топоры и заостренные палки. Производство орудий труда продолжало развиваться, и около 50 000 лет до н. э. начались интенсивные разработки в горах с целью добывания кремня, из которого можно было делать весьма изощренные инструменты с острыми и тонкими краями. Стоянка в районе Кены окружена глубокими ямами и траншеями, покрывавшими многие квадратные мили, что отражает не только новое понимание геологии древними людьми, а также новый уровень социальной организации. В окрестностях Дендер, за рекой, найден самый древний из известных египтян — поврежденный скелет, физиологически близкий к современному ребенку, в могиле на берегу Нила.

В каменоломне возле Назлет-Хагер, поблизости от Тахта в Среднем Египте, обнаружены свидетельства существования подземных галерей, а также ям и траншей, — все это вместе можно назвать древнейшими в мире шахтами (они датируются приблизительно 30 000 гг. до н. э.). Неподалеку от этих горных разработок найдены две могилы примерно той же эпохи, в одной из них горняк захоронен вместе со своим топором, а в другой — сильно поломанный скелет, рядом с останками зародыша и скорлупой страусовых яиц. Скелеты древнейших египтян покоятся под каменными плитами, что свидетельствует о наличии погребальных ритуалов, рядом с телами размещены различные предметы — эта практика сыграла колоссальную роль тысячи лет спустя в развитии цивилизации, разработавшей особые способы обращения с умершими.

Числом и качеством археологические раскопы в верхней части долины Нила, относящиеся к периоду позднего палеолита, намного превосходят все находки более раннего времени, что отражает взлет деятельности людей в 20 000-10 000 годах до н. э. К сожалению, в Нижнем Египте от той эпохи сохранилось чрезвычайно мало — как и в районе Дельты; считается, что сокровища прошлого либо утрачены, либо все еще лежат под многими ярдами ила.

Поздний палеолит характеризуется расцветом новых технологий, начало которому положила культура Хальфан, названная по долине Вади Хальфа в Нижней Нубии, где были найдены первые стоянки; на север эта культура распространилась в 18 000-15 000 годах до н. э. вплоть до равнины Ком-Омбо. Это были охотники и собиратели, ловившие дикий скот и рыбу, они пользовались мелкими кремниевыми инструментами. Небольшие каменные орудия и ножи, известные как микролиты, могли сочетаться с костяными и деревянными инструментами: речь идет о стрелах, дротиках, серпах и гарпунах. Использование микролитов в культуре Хальфан возникает достаточно рано, опережая аналогичную технологию на Ближнем Востоке и в Европе по меньшей мере на 6000 лет.

Еще одно важное новшество появляется в Вади Куббанийя, неподалеку от Асуана, где небольшие полуоседлые группы хранили продукты, мясо и копченую рыбу с расчетом на употребление в голодные сезоны; они переходили между стоянками среди дюн и заливных равнин, выбирая место в зависимости от времени года. Они охотились на млекопитающих, таких как антилопы-бубалы, зубры, газели, когда жара выгоняла животных из пустыни к реке. В период разлива они поднимались на возвышения и ловили рыбу, попавшую во временно образовавшиеся озера, окруженные песчаными валами, что тянулись вдоль вади. Вверху, в дюнах, зимой ставили силки на птиц, а на равнине собирали съедобные растения и клубни и толкли их в ступах, добавляя к своему рациону грубую волокнистую пищу.

В Махадме, к северу от Кены, афианская группа также оставила следы навыков в хранении продовольствия. Эти люди использовали сети, костяные рыболовные крючки и плетеные корзины для ловли рыбы в пересыхающих водоемах, когда река начинала отступать. Избыток рыбы был явно чрезмерным для ограниченного числа людей, община не могла съесть улов на месте; судя по всему, они хранили вяленую и копченую рыбу и мясо. Хранение пищи требовало фундаментальных перемен в социальной динамике общества, которое должно было действовать совместно. Более того, группа старалась как можно дольше оставаться на одном месте, чтобы максимизировать запас продуктов, что означало принципиальный разрыв с прежним кочевым образом жизни, существовавшим на протяжении сотен тысяч лет.

Каданская группа базировалась на границе Северного Судана и Южного Египта, а иснанская группа — в районе Иена, это период 13 000-10 500 годов до н. э. Эти культуры также хранили пищу и вели почти оседлый образ жизни. Однако их отличал и еще один важнейший прорыв: первые попытки заниматься сельским хозяйством. Значительное количество зернотерок и серпов, найденных при раскопках, со всей очевидностью доказывает, что они употребляли большие объемы зерновых и растительных продуктов. Наличие пыльцы предполагает, что они собирали урожай дикорастущей Gramineae (растение, близкое по типу к пшенице) и, возможно, ячменя. На иснанских стоянках найдено подозрительно мало костей рыбы и мелких млекопитающих, что означает, что эти люди полагались в основном на растительную пищу. Последняя имелась в изобилии, поскольку размеры стоянок к 10 500 году до н. э. увеличиваются раза в четыре. Анализ всех данных позволяет предположить, что у этих людей были по крайней мере основы знаний о том, как беречь, собирать и хранить некоторые виды растений в долине Нила — за тысячи лет до начала культивации зерновых на Ближнем Востоке, который традиционно считается колыбелью земледелия.