Непрерывное самообогащение двух беев не имело границ. Мурад взимал огромные суммы с европейских купцов, довел до банкротства несколько французских компаний. Французское правительство угрожало султану, а тот не желал вмешиваться, но в конце концов был вынужден это сделать: в 1786 году в Египет прибыли отборные османские части под командованием Хасан-паши, которые изгнали Мурада и Ибрагима в Верхний Египет, а шейхом аль-баладом был назначен другой мамлюк, оказавшийся ничуть не лучше прежней пары. На следующий год Хасана отозвали для участия в широкомасштабной войне с Россией, прежде чем он добил отряды Мурада и Ибрагима на юге. В 1791 году на страну вновь обрушилась эпидемия чумы, отличавшаяся особым размахом, правительство пало, а два бея вернулись к власти.

Они погрузили Египет в хаос и коррупцию, сопровождавшиеся голодом и болезнями, не простили никого из тех, кто отступился от них, душили население налогами, тиранили и грабили все слои общества. Но на сей раз попытки ограбить французских купцов не остались безнаказанными. Беи высокомерно отмахнулись от предупреждения Франции в 1795 году: французы настаивали на соблюдении коммерческих интересов иностранных партнеров, но беи не вняли предупреждению.

Когда 1 июля 1798 года Наполеон Бонапарт высадился в Александрии, прибыв туда на 400 военных кораблях с 33 000 отлично экипированными солдатами, Мурад и Ибрагим оказались совершенно не готовы к такому повороту событий. Беи поспешили собрать силы, еще не осознав, что появление Наполеона в Египте означает конец мамлюкской системы управления. Дни Египта как второстепенной провинции приходящей в упадок Османской империи были сочтены; теперь он стал ключевой картой в игре европейских сверхдержав.

Десятки лет запустения и гражданской войны к концу XVIII века низвели Александрию до состояния грязного, захудалого города с населением в несколько тысяч человек. Обветшалая крепость и осыпающиеся укрепления охраняла горстка мамлюков, в их распоряжении имелась единственная пушка, так что эти силы трудно было сравнить с 33-тысячным французским корпусом, возглавляемым 28-летним Наполеоном Бонапартом (1769–1821), восходящей звездой и героем молодой Республики. 2 июля 1798 года, на следующий день после высадки французов, в течение трех часов город пал.

Наполеон немедленно издал прокламацию, которую зачитывали по всему городу на арабском, турецком и французском языках:

Наполеон готов был сказать все, что угодно, чтобы создать империю; идея вторжения в Египет возникла у него несколькими годами ранее, и она имела отношение к освобождению египтян от ига мамлюков не больше, чем утверждение Наполеона о почитании Мухаммеда. Французы использовали жалобы небольшой общины купцов, страдавших от мамлюкских беев, лишь как повод для высадки. В новую эпоху империй уникальное стратегическое положение и экономическая ценность Египта были несомненны. При хорошем управлении он мог принести сказочные богатства, при этом был плохо защищен и находился слишком далеко от слабеющего центра Османской империи. Кроме того, Египет представлял собой отличный плацдарм для удара по британским интересам в Индии, лучший инструмент для лишения Британии ее безусловного превосходства на море. Помимо этого, колонизация экзотической страны представлялась Наполеону своего рода романтическим приключением, отвечавшим его мании величия. Он мечтал управлять восточной империей, говорил о том, чтобы «въехать в Азию верхом на слоне, с тюрбаном на голове, с рукой на Коране, который я готов использовать для собственных нужд». Он жаждал отправиться в египетский поход так же страстно, как Директория в Париже, революционное правительство, жаждала отослать честолюбивого молодого генерала подальше от Франции.

Наполеону не терпелось войти в Каир и сокрушить мамлюков. Не дав им времени для организации подкреплений, он послал войска по кошмарной июльской жаре вдоль пересохшего русла канала, связывавшего Александрию с Нилом. По маршруту колодцы были отравлены, армия страдала от жажды, люди сходили с ума при виде миражей, дрожавших на горизонте и таявших по мере приближения. Некоторые солдаты в отчаянии стрелялись, отставших убивали бедуины, которые сопровождали корпус на всем пути до Каира, так что французы оставляли за спиной «череду трупов».

Однако потери были недостаточными, чтобы подорвать колоссальное численное преимущество наполеоновской армии перед мамлюками, чьи вожди все еще не понимали, что века мамлюкских традиций сочтены. На самом деле Мурад был настроен оптимистично, узнав, что у французов практически нет кавалерии: «Я растопчу их копытами моих коней, нарежу на ломтики, словно дыни!»

Противники встретились при местечке Имбаба, на берегу Нила, напротив Каира, поблизости от пирамид; кавалерия мамлюков ринулась на врага во всем своем великолепии: инкрустированное драгоценностями оружие сверкало на солнце, яркие шелковые одеяния и цветные вымпелы развевались на легком ветерке под безоблачным небом. На полном скаку, зажав поводья в зубах, они разрядили ружья и пистолеты, бросили огнестрельное оружие на землю, предоставив подбирать его пешим слугам, бежавшим следом. Потом вскинули сабли, чтобы опустить их на головы врагов — одним ударом такая сабля отсекала голову.

Против менее подготовленного и организованного противника стремительная атака могла оказаться сокрушительной. Но против вымуштрованной, тактически и технически превосходящей армии французов это была роковая ошибка. Мгновенно выстроившись в плотные каре, солдаты Наполеона встретили мамлюков залпами, пулями и картечью. В течение часа сражение обернулось бойней. Мурад бежал на юг с немногими уцелевшими; генерал Дезо преследовал его вплоть до Верхнего Египта и дальше, до Судана, но так и не поймал — бывшего правителя Египта поразила чума, настигшая его два года спустя. Ибрагим, наблюдавший за битвой с противоположного берега Нила, спасся, бежав в Палестину.

Наполеон торжественно вступил в Каир 24 июля 1798 года. А 1 августа лорд Нельсон неожиданно напал на флот Наполеона в бухте Абукир, к востоку от Александрии, уничтожив все корабли, кроме двух. Позднее в тот же вечер британцы искусно подошли к самому берегу, позади французской оборонительной линии, и ударили по тылам из пушек; кульминационный момент наступил, когда им удалось потопить флагманский корабль французов «Ориент» — 120-пушечный фрегат, намного превосходивший по размеру прочие корабли в бухте; на борту фрегата, который взорвался, превратившись в гигантский огненный шар, находились французский адмирал и вся команда.

Потопление флота означало, что Наполеон оказался отрезан от родины, лишился как подкреплений, так и возможности покинуть страну. Более того, поражение французов вдохновило османов, уязвленных вторжением на территорию империи, на разрыв отношений с Францией и заключение союза с Великобританией и Россией. Потеря пассивной поддержки султана была для Наполеона не менее опасна, чем уничтожение боевых кораблей; за одну ночь египетская кампания оказалась проигранной.