Интригующие группировки стали настоящим бедствием для мамлюкских правителей, теперь та же напасть поразила беев. На протяжении столетия, начиная с 1630-х годов, Египет разрывала на части яростная вражда между беями двух основных домов — Фикарис и Хасим. Точное происхождение этих родов неизвестно, они могли унаследовать племенное соперничество из Йемена, которое перенесли на представителей оттоманской (Фикари) и не оттоманской (Хасими) группировок внутри мамлюкской военной элиты. Очевидно, эти фракции разделяли не только солдат, но также каирских ремесленников, живущих вне городов бедуинов и другие слои египетского общества.

С 1631 по 1656 год клан Фикарис занимал привилегированное положение благодаря усилиям своего бессменного лидера Ридван-бея, который пережил бунты и попытки султана и наместников его сместить. Смерть Ридвана дала шанс клану Хасим, который получил поддержку отчаявшегося центрального правительства. За резней лидеров Фикарис в 1660 году последовала два года спустя серия убийств предводителей группировки Хасим, после чего наступило временное затишье.

Командиры подразделения янычар, элиты оттоманской пехоты, представители самого многочисленного, богатого и влиятельного подразделения гарнизонных войск заполнили вакуум власти в XVII веке. Со временем янычары установили связь с иноземными торговцами кофе и прибрали к рукам часть наиболее доходных откупов провинции; они также управляли таможнями во многих египетских портах. Однако в отсутствии единого сильного лидера конфликты продолжались не только между кланами Фикарис и Хасим, но и между более высокопоставленными и рядовыми янычарами.

В 1711 году одновременно вспыхнули мятежи внутри подразделения янычар и в группировке Фикарис, конфликты быстро переросли в небольшую гражданскую войну, в которой смешались самые разнообразные интересы и противоречия. Война выплеснулась на улицы Каира, Цитадель обстреливали из артиллерии, так что ночью было светло, как днем. Хасим получил подкрепление Азабов, второго по численности гарнизонного войска, и этому клану удалось выиграть, но любая группировка, претендовавшая на власть, немедленно подвергалась атакам со стороны остальных, и лидеров убивали снова и снова. Ситуация изменилась в 1730 году, когда произошел новый взрыв вражды, и надежды клана Хасим на власть на время сбылись. Шесть лет спустя их противники из клана Фикарис попали в ловушку, организованную пашой, и лишились десяти видных эмиров. К тому времени борьба истощила обе стороны, открыв путь наверх новому участнику игры — дому Каздаглы, который вел происхождение от янычар.

Дом Каздаглы господствовал в Египте вплоть до начала XIX века, когда Мухаммед Али покончил с мамлюкской системой. В середине XVIII века попытка взять всю провинцию под централизованный контроль одного бея, получившего титул шейх аль-балад — «глава города», позволила установить относительную стабильность и возобновить коммерцию после долгих лет насилия и междоусобиц, подорвавших моральные основы общества, истощивших ресурсы и экономику. Торговля кофе с Европой, в особенности с Францией, стремительно нарастала, колебания валюты прекратились, миновали и изнурительные вспышки чумы.

В атмосфере мира богатейшие беи уже не желали тратить деньги на войны, их больше привлекало монументальное строительство. Каир наслаждался благополучием, изобилием архитектурно-строительных проектов, появлялись новые мечети и прекрасные общественные фонтаны. Численность населения заметно увеличилась, западная часть Каира быстро расширялась, зажиточные слои горожан строили роскошные резиденции на тихих берегах озера Эзбекийя, вдали от пыльного и шумного центра. Как отмечал современник событий историк Аль-Джабарти, наконец на страну снизошло довольство и благоденствие:

Египет ослепительно прекрасен… Бедные вели сытую жизнь, малые и великие наслаждались уютом… Изобилие распространилось по всему городу, торжествовала безопасность, всюду царило процветание.

Добрые времена подошли к концу во время правления Али-бея (1767–1772) — мамлюка из дома Каздаглы, ставшего шейхом аль-балада после смерти господина. За чрезмерные амбиции его прозвали «ловцом облаков», Али лелеял грандиозные планы по расширению власти за границы Египта. Он мечтал о создании султаната мамлюков, о превращении Египта в империю, об отвоевании прежних владений Египта в Сирии и Хиджазе.

Первым шагом стало укрепление позиций внутри страны и нейтрализация врагов — реальных или воображаемых. Противники, союзники и даже благодетели устранялись, отправлялись в ссылку, погибали, а сам Али расставлял на ключевых административных постах доверенных мамлюков. В 1769 году он занял Верхний Египет, получив в свои руки существенные сельскохозяйственные ресурсы, и изгнал с этих территорий бедуинов. Чтобы еще больше обогатиться, он конфисковал в свою пользу крупнейшие таможни в портах, изгнал евреев, которые вели там дела, заменил их христианами-сирийцами, которые подняли налогообложение.

Когда из Константинополя пришел приказ выступить в роли посредника в династической распре в Хиджазе, Али ухватился за возможность расширить власть, а потому сообщил европейским купцам, что они могут перенести операции напрямую в Египет, в нарушение османских законов. Ввязавшись в выматывающую войну с Россией, правительство не отреагировало на самоуправство Али, который стал чеканить собственную монету и больше не отправлял налоги в Константинополь.

В 1771 году у Али появилась возможность ввести войска в Сирию. Во главе огромной армии его представитель Мухаммед-бей без труда захватил Дамаск. Однако несколько дней спустя он оставил город и вернулся в Египет, вероятно, получив значительную взятку от османских чиновников, что побудило его выступить против своего господина. Короткое независимое правление Али подошло к концу, когда второй его представитель также обратился против него, заставив Али бежать из Египта в 1772 году. В следующем году он погиб в битве от ран, пытаясь вернуть себе Каир.

Мухаммед-бей (умер в 1775 году) восстановил отношения с имперским правительством, но в то же время продолжал преследовать свои интересы в Сирии и Палестине, поддерживал торговлю с европейскими державами, в том числе с Ост-Индской компанией. На короткое время Али и Мухаммед вырвали Египет из «оттоманского болота», вернули на международную арену; это была своего рода прелюдия к той решающей роли, которую стране еще предстояло сыграть.

Но мамлюки, жадные и недальновидные, принесли традиционный беспорядок и хаос прошлых времен. Аль-Джабарти сожалел об их восхождении к власти:

Два мамлюка Мухаммеда — Ибрагим-бей и Мурад-бей — обошли соперников, но поняли, что ни один из них не обладает достаточной силой, чтобы устранить другого; поэтому они составили весьма непрочный дуумвират, который тем не менее продержался двадцать лет, до 1798 года. Побуждаемые жадностью и стремлением ни в чем не уступить конкуренту, они грабили ресурсы страны, легкомысленно расточали средства, которые должны были отсылать в Константинополь или вкладывать в гражданские службы и религиозные программы, в поддержание порядка в стране. Безудержный грабеж довел государство до отчаянного положения.

Бедуины стали нападать на паломнические и купеческие караваны. Путешественников убивали, грузы похищали, страна погружалась в беззаконие. Ибрагим обложил дополнительными налогами кофе и пряности, что подорвало международную торговлю, а поборы Мурада с крестьян стали настолько велики, что страна запустела. Отряды Мурада прошли по Дельте, выбивая налоги; поля остались необработанными, ирригационные каналы были повреждены или разрушались от небрежения, урожаи снижались, как бывало только в годы засухи, по прежде богатому зерном югу прокатилась волна бунтов, доставка продовольствия была подорвана. Страна погружалась в голод, нищету населения во много раз усугубили эпидемии, поражавшие людей и домашний скот — вымирали целые города и села.