После ухода британских войск в 1803 году Египет снова попал под власть османов, но те не смогли восстановить порядок. Турецкие наместники не контролировали ситуацию и не могли платить солдатам, которым приходилось грабить дома и лавки. Уцелевшие мамлюки пользовались поддержкой британцев, что еще больше накаляло обстановку, поскольку мамлюки, естественно, стремились вернуть себе былые привилегии, а большинство египтян было против этого.

Среди воинских подразделений османов в Египте имелась албанская часть, известная как своей неуправляемостью, так и доблестью в бою. Необычайно молодой командир албанцев, лишь недавно занявший пост, обладал ясным умом и сумел завоевать доверие подчиненных, а также отличался честолюбием. Его звали Мухаммед Али (1769–1849, правил с 1805 по 1848 год), и он завоевал расположение местных жителей, несмотря на то, что принадлежал к османской армии и поддерживал тактический союз с мамлюками. В 1805 году Мухаммед Али сместил наместника и убедил султана в Константинополе доверить ему управление провинцией.

Получив власть в 35 лет, этот бывший торговец табаком из маленького порта Кавалла в Македонии всеми средствами старался ее не потерять. Он подавлял заговоры и раскрывал интриги, отразил плохо организованное британское вторжение в Розетту в 1807 году и украсил улицы столицы нанизанными на пики головами солдат его величества.

Драматичнее всего обставленной оказалась расправа с мамлюками, которые представляли собой последнюю угрозу его режиму. В течение нескольких лет Мухаммед Али отсылал их в самые удаленные уголки Верхнего Египта, но в 1811 году изменил тактику и пригласил всех мамлюков в Каир: 480 мамлюкских беев заняли места рядом с великими шейхами и знатью во время пышной церемонии в Цитадели. Словно кот, играющий с добычей, Мухаммед Али «принял их радушно и почтительно», предложил кофе и деликатесы, вел вежливый разговор о политике. Затем гостей попросили принять участие в грандиозной процессии по городу. Мамлюки выстроились колонной, и в узком, извилистом проулке солдаты Мухаммеда Али внезапно закрыли ворота с обеих сторон, а на крышах домов появились стрелки с мушкетами и открыли огонь по беспомощным людям внизу. Когда осела пыль, в проулке живых не осталось. Вслед за этой расправой по всей стране прокатилась волна преследований, мамлюков убивали повсюду, погибло не менее двух тысяч человек. Там, где потерпели поражение османы и французы, Мухаммед Али преуспел, навсегда избавив Египет от мамлюков.

Резня дала Мухаммеду Али единоличную власть над Египтом, хотя формально он оставался вассалом Оттоманской империи. Мало-помалу он расширял свое влияние на экономику страны, взяв под прямой контроль сельское хозяйство: выращивание и продажу большинства зерновых объявили государственной монополией, посредников, которые препятствовали поступлению в государственную казну денежных средств от производителей, крестьян-феллахов, устранили; было расформировано погрязшее в коррупции налоговое ведомство. Мухаммед Али конфисковал значительные земельные угодья, в том числе и многочисленные земельные пожертвования, дарованные его предшественниками великим мечетям и религиозным училищам. Вскоре Египет стал, по сути, его личной собственностью, частным владением, а сам он превратился в «единовластного хозяина, землевладельца и купца».

Как и подобает истинным топ-менеджерам, Мухаммед Али постоянно искал возможности усовершенствовать свой бизнес и увеличить прибыли. Он инициировал амбициозные общественные работы, требовавшие непосильного труда. Величайшие его проекты — строительство новой мечети в пределах Цитадели (1824–1844) и ремонт древнего канала между Александрией и Нилом, теперь называвшийся Махмудийя в честь турецкого султана Махмуда II. Последний проект стимулировал возрождение Александрии, превратившейся в заурядную рыбацкую деревушку; к середине столетия город вновь стал оживленным портом. Но все имело цену: не менее 300 000 мужчин, женщин и детей насильно направили на работы, и к 1820 году, когда ремонт канала завершился, берега усеивали сотни индивидуальных и братских могил.

Среди других проектов Мухаммеда Али — восстановление пришедшей в упадок ирригационной системы, очистка старых каналов и прокладка новых, чтобы огромные территории орошались в течение всего года.

В то же время внедрение длинноволокнистого хлопка кардинально изменило египетскую экономику. Страна прославилась своим хлопком по всему миру, и острая потребность Запада в сырье в условиях индустриальной революции способствовала включению Египта в мировую торговлю. Урожаи хлопка продавались по высокой цене, и в течение первых пятнадцати лет правления Мухаммеда Али произошло шестикратное увеличение национального дохода — основная часть которого осела в казне правителя, а феллахи по-прежнему пребывали в нищете.

Осуществляя экономические реформы, Мухаммед Али не забывал о главном — о необходимости удерживать власть. Он сражался бок о бок с британцами при Абукире (очевидно, его избавил от необходимости сражаться на море и поместил на куда более надежную сушу лично сэр Сидней Смит) и своими глазами увидел, что войска османов значительно слабее хорошо обученных и экипированных европейцев, а потому вознамерился создать в Египте современную армию.

Многие реформы и новшества, инициатором которых был Мухаммед Али, представляли собой «шаги» в программе глобальных преобразований египетского общества. Строились фабрики по пошиву обуви и униформы, производству оружия и парусов, возводились военные верфи, развивалось химическое производство, кожевенные заводы и сахароварни получали новые заказы, а в Александрии появился огромный новый арсенал (лиман).

Возникла и медицинская школа под руководством французского врача Клота, готовившая медиков для армии; позднее Клот-бей, как его называли, добился реализации государственной программы вакцинации от оспы и создания карантинной службы, боровшейся с распространением эпидемий чумы и холеры, а также открытия акушерской школы и больницы для населения.

Образование, в течение столетий остававшееся прерогативой богословов, которые обучали при мечетях, стало доступным для многих египтян, поскольку было необходимо для квалифицированного труда и службы в современной армии. В стране возникали военные академии и светские школы европейского образца, причем — впервые в истории страны — преподавали в них европейцы и египтяне, вернувшиеся после обучения в технических и академических учебных заведениях за морем; начал формироваться класс профессионалов.

Издатели печатали книги для этих образовательных учреждений, а в столице открыли языковую школу для подготовки специалистов, способных перевести великие европейские произведения на арабский. Появилась государственная газета на арабском, которая поддерживала у населения интерес к политике, а также способствовала распространению знаний и грамотности.

Помимо инфраструктуры, для современной армии Мухаммеду Али требовались солдаты. Он остерегался нанимать турок и албанцев, дисциплина и покорность которых вызывали сильные сомнения, а потому направил экспедиционный корпус в Судан и взял в плен 40 000 рабов, которые должны были составить основу его новой армии. Тысячи пленников умерли по дороге от болезней, голода и дурного обращения, и тогда Мухаммед Али решил вербовать египетских крестьян. Многие сомневались, что феллахи способны стать хорошими солдатами, но первые подразделения армии продемонстрировали отличную выучку при подавлении бунтов, и это вдохновило пашу. За десять лет ряды армии пополнили 130 000 человек, обучавшихся в основном у французов (после поражения Наполеона при Ватерлоо в 1815 году не было недостатка во французских офицерах, искавших работу) и возглавляемых турецкими офицерами. Старая армия, унаследованная от османов, модернизировалась на глазах, ведь у османов была принята относительная независимость подразделений, подчинявшихся лишь непосредственным командирам, а солдаты имели право в любой момент покинуть службу.