Египет и Суэцкий канал имели стратегическую важность для Великобритании. Если бы они были потеряны, контроль над Средиземноморьем перешел бы в руки нацистов, а «черный ход» в Европу оказался бы перекрыт. Великобритания утратила бы доступ на Ближний Восток с его нефтью и ключевые линии поставок, а позиции в Азии были бы катастрофически ослаблены.

Италия вступила в войну в июне 1940 года, а 13 сентября итальянская армия вторглась в Египет из Ливии и за три дня достигла Сиди-Баррани. Генерал Арчибальд Уовелл, командующий на Ближнем Востоке, провел блестящую контратаку, захватил в плен 38 000 человек и отбросил итальянцев к Эль-Агейле, на пол пути к Ливии. Германское подкрепление под командованием генерала Эрвина Роммеля возобновило наступление стран Оси в марте 1941 года; к маю немцы уже вышли на египетскую границу. Стремительное продвижение германских бронедивизионов вызвало панику в Египте, люди спешно скупали любые товары, снимали деньги с банковских счетов. Нехватка продовольствия и резкий рост цен стали причиной бунта против британцев, которых обвиняли в том, что они кормят своих солдат египетским зерном. Толпа вышла на улицы Каира, восхваляя Роммеля.

Многим египтянам казалось, что британское ярмо сброшено, но исход переменчивых сражений в Западной пустыне оставался неизвестен еще в течение полутора лет. Генерал сэр Клод Очинлек, преемник Уовелл а, сумел остановить наступление немцев к концу 1941 года. Однако Роммель не был побежден, он получил по морю новые танки и топливо и в начале 1942 года вновь двинулся на восток. Англичане опять оказались перед угрозой потери Египта.

В Египте подняли голову сторонники Оси. В 1940 году британцы убедили короля и его окружение, исподтишка поддерживавшее итальянцев, снять с поста профашистского премьер-министра Али Махира и заменить нескольких армейских офицеров, дружески расположенных к нацистам. Поскольку Африканский корпус Роммеля надвигался на Египет, король пригрозил вернуть Али Махира; в ответ на это британский представитель сэр Майлз Лэмпсон (верховный комиссар с 1934 года, затем с 1936 года, после подписания договора, посол) предпринял жесткие действия:

4 февраля 1942 года британские танки окружили дворец Абдин, и Фаруку предъявили ультиматум: либо он назначает Наххаса во главе вафдистского правительства, либо отрекается от престола. У короля не оставалось выбора, и он подчинился.

Британцы получили антинацистское правительство в Египте, а «Вафд» пришла к власти, однако инцидент нанес непоправимый ущерб всем участникам событий. Британцы доказали условность египетского суверенитета и — что еще сильнее шокировало население — сделали это при поддержке «Вафд». Столько лет остававшаяся голосом египетского национализма, партия «Вафд» не просто смирилась с британским господством, но даже выиграла от него. Доверие к партии было подорвано, а последующие обвинения в коррупции в адрес Наххаса со стороны одного из его ближайших соратников Макрама Убайда в изданной им «Черной книге» ослабили ее влияние. Тем временем король, оскорбленный и униженный, потерял поддержку со стороны армейских офицеров, горько переживавших инцидент. Власть Фарука превратилась в фикцию, начался его моральный упадок как личности, он руководствовался исключительно эгоистическими интересами, увлекся игрой, женщинами и разнообразными излишествами.

Наступало лето 1942 года, армии союзников отступали по всем фронтам, и в Северной Африке ситуация мало чем отличалась от европейской. Очинлек откатился с войсками к линии западнее Тобрука, вскоре превращенного в пыль и руины в результате повторных атак Роммеля. 21 июня Тобрук пал, армия союзников торопливо отступала дальше на восток, вытянувшись длинной колонной. Афрканский корпус Роммеля вошел в Египет и оказался в шестидесяти милях от Александрии. Поражение казалось неизбежным. Чиновники британского посольства жгли тщательно разобранные и систематизированные папки с документами, готовились к эвакуации, а Средиземноморский флот должен был вот-вот покинуть Александрию.

Однако это была низшая точка падения. 1 июля неутомимый натиск Роммеля был остановлен при Эль-Аламейне, естественной преграде на пути — 30-мильной горловине ущелья в пустыне между морем и непроходимой впадиной Катара. Сражения продолжались в течение всего июля, но Роммель так и не смог прорваться; Очинлек добился успеха в первой битве при Эль-Аламейне, но ситуация стала патовой.

В августе, во время визита в Египет, Черчилль передал командование Восьмой армией генералу Бернарду Монтгомери, чьи бодрость и бьющая через край уверенность в себе зарядили энергией «доблестные, но растерянные» войска. Несколько месяцев спустя силы союзников получили серьезное подкрепление, теперь их армия превосходила по численности измотанный в боях и плохо снабжавшийся Африканский корпус в соотношении более чем два к одному.

После некоторой раскачки — Черчилль даже выразил по этому поводу недоумение: «Неужели у нас нет ни одного генерала, способного выиграть хотя бы одно сражение?» — началась вторая битва при Эль-Аламейне, продолжившаяся с 23 октября по 5 ноября 1942 года; она завершилась одной из величайших побед в этой войне. Египет был спасен, моральный дух заметно улучшился, нацисты отступили. Лишь немного преувеличив реальную ситуацию, Черчилль позднее писал: «Можно даже сказать: до Аламейна у нас не было побед. После Аламейна у нас не было поражений».

Вскоре Роммель отступил через всю Ливию на запад, и война для Египта закончилась. Силы Оси были окончательно изгнаны из Северной Африки 13 мая 1943 года.

Когда давление обстоятельств ослабело, «Вафд» утратила поддержку британцев, и король Фарук в 1944 году распустил правительство. По мере того как война близилась к завершению, новый премьер-министра Ахмад Махир, брат Али Махира, стал побуждать коллег объявить войну Германии — это был единственный способ для страны вступить в будущую Организацию Объединенных Наций. На выходе из парламента он был убит, но его преемник Махмуд Фахми аль-Нукраши два дня спустя, 26 февраля 1945 года, сделал официальное заявление. Убийство премьер-министра организовали «Братья-мусульмане», которые вступили на путь террористической деятельности. Любой политик или общественный деятель, которого считали склонным к сотрудничеству с британцами или выступающим против интересов египетского национализма, мог стать их мишенью. Так началась новая эра в политике, когда экстремисты принялись диктовать повестку дня с помощью убийств, взрывов бомб и других актов насилия.

Война послужила колоссальным стимулом для экономики, у многих египтян были свободные деньги благодаря тому, что они продавали товары и услуги сотням тысяч военных союзнической армии. Строились новые фабрики и заводы, создавались новые рабочие места, производились продукты, которые во время войны невозможно было импортировать из воюющих западных стран, более 20 000 египтян нашли работу на базах союзников. Победа принесла мир, но количество рабочих мест резко сократилось, и это положило конец экономическому буму.

Неудивительно, что египтянам не терпелось увидеть полную эвакуацию британских сил, несмотря на то, что крайне непопулярный договор 1936 года действовал уже больше десяти лет. Демонстрации протеста, организованные радикальными группировками, охватили страну в феврале 1946 года, побудив короля вернуть на пост премьер-министра сильную личность — Исмаила Сидки. Сотни студентов, журналистов, интеллектуалов и агитаторов всех политических движений были арестованы, политические организации и трудовые союзы закрыты, но подавить полностью недовольство населения не удавалось. Тогда Сидки попытался решить англо-египетскую проблему — эвакуацию войск и суверенитет Судана; для этого он вступил в переговоры с Эрнестом Бевином в Лондоне. Хотя существовало соглашение, что британские войска должны покинуть зону Суэцкого канала в 1947 году (согласно договору 1936 года), в черновике нового соглашения предусматривалась иная дата — 1946 год (в реальности пришлось дожидаться 1954 года и революции). К сожалению, камнем преткновения стал Судан, это привело к прекращению переговоров и отказу Сидки подписать новый договор. Нукраши вернулся на пост премьер-министра, но его апелляция к ООН не имела успеха.