В обстановке религиозной свободы христианство быстро распространилось по Египту. Миссионеры переходили от одного поселения к другому, неся Слово Божие, а другие, вдохновленные примером аскетов, отказавшихся от земных благ, посвящали свою жизнь Богу. Отшельники (их называли еще пустынниками, так как они действительно уходили в пустыню) и анахореты (от греческого слова, означающего «тот, кто ушел в изгнание») не были совершенно новым явлением для Египта. Там уже знавали и живших в уединении катахетов, которые существовали за счет милостыни в катакомбах Серапеума в Саккаре во II веке до н. э., а также беглецов, спасавшихся в пустыне от налогов и религиозных преследований. Распространение христианства и наставление Иисуса: «Пойди, продай имение твое и раздай нищим; и будешь иметь сокровище на небесах» (Мф 19:21) — взывали к сердцам: мужчины и женщины по всему Египту отказывались от имущества и уходили в пустыню, чтобы посвятить жизнь духовным размышлениям. Поскольку мученичество перестало быть залогом спасения души для героически настроенных христиан, благочестивые верующие могли посвятить себя Иисусу, избрав путь «умерщвления», отречения от житейских нужд и радостей, привычек питания, отказа от желаний. Отшельники и аскеты населяли пещеры в скалах и древние гробницы посреди безлюдной пустыни, в горах Египта; именно они стали отцами христианского монашества. Позднее монашество перешло в Европу, достигло самых отдаленных районов Британии и Ирландии, превратилось в форму благочестивого служения Господу, сохраняющуюся по сей день.

Первым христианским отшельником считается святой Павел Фивейский (234–347), который, насколько известно, провел девяносто лет в пещере, предаваясь молитвам. Однако официальным основателем монашества называют святого Антония (251–356). Простая жизнь, борьба с искушавшими его демонами, чудеса и подвиги воздержания сделали Антония образцовой моделью для других монахов-отшельников; само слово «монах» восходит к греческому «монахос» — «одинокий человек». Другие анахореты занимали пещеры неподалеку от кельи Антония, чтобы учиться у него мудрости, и вскоре неформальные монашеские общины появились во всем районе. Первой из этих монашеских общин стал Писпир в Среднем Египте (современный Дейр эль-Маймун), который приобрел такую популярность, что Антоний решил покинуть слишком многолюдное место и ушел в пещеру Вади-Араба в Восточной пустыне. После его смерти слава святого вышла за пределы Египта благодаря «Житию святого Антония», написанному Афанасием (ок. 293–373 гг.), патриархом Александрийским. Последователи отшельника выстроили монастырь его имени поблизости от пещеры, где он жил, эта обитель процветает до наших дней. Ученик Антония святой Макарий (ок. 300–390 гг.) организовал целый ряд новых монастырей в районе Вади-Натрун, на западе Дельты, четыре из них все еще существуют. «Речения святых отцов» — труд, вдохновлявший многие поколения монахов, был написан преимущественно отшельниками Вади-Натрун.

Замкнутые монастыри, основанные на принципе самообеспечения, были населены аскетами, носившими одинаковые одежды, делившимися продуктами коллективного труда: люди вместе питались в трапезной, совместно молились в часовне — как в современных монастырях. Основу общежитий монахов заложил святой Пахомий (ок. 292–346 гг.) в Верхнем Египте. Применив опыт солдатской службы, Пахомий установил строгую дисциплину и порядок жизни в монашеской общине, потребовав от братии пунктуально соблюдать правила монастырского распорядка. Эта популярная в Египте и весьма жизнеспособная система была привнесена в Европу святым Иеронимом, а «Устав Пахомия» послужил образцом для западных монашеских уставов последующих веков.

Одним из самых ревностных приверженцев дисциплины оказался Шенут (ок. 334/350-452/466 гг.), который управлял огромным Белым монастырем в окрестностях Сохага, служившим домом для четырех тысяч иноков (а однажды там нашли приют двадцать тысяч беженцев, искавших укрытие от нашествия блеммиев, терроризировавших регион). Нарушения распорядка сурово карались; известно, что Шенут вспылил и забил одного монаха до смерти, так как застал того с женщиной. Однако Шенута больше помнят благодаря многочисленным красноречивым посланиям, поучениям, гомилиям, полемическим сочинениям и проповедям, поднявшим коптскую литературу на новую высоту и сделавших саидический диалект, на котором писал и говорил Шенут, классическим литературным языком для коптов последующих столетий.

К моменту проникновения ислама в Египет в VII веке в стране насчитывалось свыше сотни монастырей и примерно десять тысяч монахов; путешественники отмечали, что пустыни населены гуще, чем иные города. Монашеское движение сыграло решающую роль во внедрении христианства в сельские районы Египта, и даже те, кто не стал монахом или отшельником, посещали общины в поисках духовных советов и наставлений от прославленных святых затворников. Именно из числа монахов выходили епископы и лидеры Египетской церкви. С начала V века большинство коптских патриархов занимали пост именно таким способом, а после 1525 года все они имели опыт монашеской жизни.

Стремительное распространение христианства не означало отсутствия внутренних споров. Даже в период гонений конца III века в Египте шли горячие споры о том, как относиться к христианам, скрывающим свою веру, чтобы избежать финансового краха, пыток и мученической смерти; в итоге этого спора возникла секта мелетиан. Однако гораздо более важным и запутанным был спор о природе Христа, который привел к отколу Египетской церкви от остального христианского мира.

Полемика началась, когда александрийский священник Арий (ок. 250–336 гг.) бросил вызов установившейся догме, заявив, что Бог выше Христа, который человек, а потому не может иметь единую с Ним природу. Арий полагал, что считать обоих носителями божественной природы означает верить более чем в одного Бога. Его оппоненты в свою очередь разъясняли, что утверждение человеческой природы Христа принижает Его божественность и приводит к уязвимой позиции перед теми, кто склонен видеть в Христе всего лишь особенного человека.

Константин попытался разрешить спор на Первом Вселенском соборе в Никее в 325 году, на котором постановили: Христос является «единственным Сыном Божиим, предвечно рожденным от Отца… истинным Богом от истинного Бога, рожденного, несотворенного, единосущного Отцу»; Арий оказался в положении еретика. Никейский символ веры, доработанный на последующих вселенских соборах, и сегодня считается основой вероучения, принятой и католиками, и православными, и англиканами, и представителями других основных протестантских церквей. На Первом соборе основным поборником идеи символа веры выступил еще один египетский богослов — Афанасий, чей поразительный анализ предмета полемики перед собранием более чем трехсот глав христианских общин позволил ему выиграть спор, а через три года после этого он стал патриархом Александрийским.

Однако полемика не прекратилась, и многие не согласились с решениями собора, арианами, мелетианами и самим императором Константином. Споры продолжались еще шестьдесят лет, пока император Феодосий (379–395) на Втором Вселенском соборе в Константинополе в 381 году не добился подтверждения Никейского символа веры, эффективно покончив с арианством в Египте.

Однако на том же Втором Вселенском соборе Феодосий возглавлял заседания, посвященные положению Александрийского патриарха и ситуации в Египетской церкви в целом; было решено, что епископ Константинопольский является вторым в иерархии, уступая только епископу Рима, что понижало статус патриарха Александрийского. К концу IV века Египет был в основном христианским, и патриарх Александрийский контролировал назначение епископов Египта, Ливии и Пятиградья (пяти городов Северной Африки), а также распоряжался значительной частью богатств церкви и мог поспорить в могуществе и влиянии даже с префектом.