Это стабилизировало ситуацию вплоть до 862 года, когда началось новое восстание среди местных арабов, взбунтовавшихся против сборщиков налогов в районе Дельты. Его подавили с большим трудом, через четыре года и только с помощью отборного турецкого войска. Население начинало осознавать свою силу, и это ослабляло позиции халифата, центр которого находился в далеком Ираке, причем был погружен в хаос внутренних интриг. Так что наместник Египта решился воспользоваться ситуацией и установить свою династию.

Турецкий воин Ахмад ибн Тулун (868–884) столь верно служил халифу Аль-Мустаину (862–866), что в 868 году получил пост наместника Египта. Вскоре проблемы в Багдаде дали ему шанс утвердиться в новой стране. Он нанял собственную, независимую от халифов армию в 66 000 греков, турок и чернокожих африканцев и, хотя признавал духовный приоритет халифата, впервые после Клеопатры заявил об автономном статусе Египта. Перестав платить подати халифу, Ибн Тулун сократил подушный налог, что мгновенно завоевало ему симпатии иудеев и христиан, вложил средства в общественные работы — например, в ремонт полуразрушенной ирригационной системы. Он также выстроил значительный военный флот и в 878 году присоединил к своим владениям Сирию.

Экономика Египта постепенно стала восстанавливаться, и новый правитель задумал грандиозные строительные проекты, которые должны были превратить его столицу в соперницу Багдада и Самарры (столицы Аббасидов с 836 по 892 г.). Одним из главных зданий стала большая мечеть Ибн Тулуна (878–880), способная вместить во время пятничной молитвы всю армию египетского правителя. Стиль постройки был месопотамским, мечеть возвели из кирпича и отделали штукатуркой, а спиралевидный минарет напоминал зиккураты Древнего Вавилона. Мечеть стояла в северной части Фустата, вокруг нее стала строиться новая столица, которую назвали Аль-Катай («административный район»): она занимала квадратную милю, на которой густо поселились представители различных национальных групп смешанной армии Египта. Там же правитель выстроил величественный дворец, ипподром, акведук и больницу, но до наших дней уцелела только мечеть, поскольку в 905 году Аббасиды, на некоторое время вернув себе контроль над Египтом, подвергли город разрушению.

После смерти Ибн Тулуна правителем Египта стал его сын Хумаравайх (884–896); ему досталась стабильная и процветающая страна, раскинувшаяся до византийских границ, имевшая в казне до десяти миллионов динаров (золотая монета того периода). К несчастью, талант Ибн Тулуна к управлению не передался потомку. Хумаравайх не имел способностей ни к военным, ни к гражданским делам, зато обладал неограниченной тягой к расточительству. Он потратил невероятные средства на украшение отцовского дворца, покрывал его залы золотом, раззолотил сады удовольствий, в которых сверкали драгоценным металлом стволы деревьев, окружавших озеро ртути, призванное отражать солнечный, лунный и звездный свет. Именно там распутный и ничтожный правитель проводил долгие часы, лежа на подушках посреди огромного, наполненного воздухом ложа, рядом с которым сидел голубоглазый лев. Правитель женился на дочери халифа, получив фантастическое приданое; кроме того, у него был многочисленный гарем прекрасных молодых женщин. Однако беспечность и излишества, а также жестокость привели Хумаравайха к гибели от рук придворных евнухов. Жажда роскоши опустошила казну, динар обесценился, и три следующих правителя не смогли удержать династию от стремительного упадка.

Аббасиды вторглись в Фустат и Аль-Катай в 905 году, сокрушая все на своем пути, в ярости от немыслимого богатства, которое они там обнаружили. За тридцать лет их правления страна буквально обнищала, опустившись ниже того уровня, который существовал к началу правления Ибн Тулуна. Наместники Аббасидов в Египте столкнулись с систематическим неповиновением, а с запада угрожали Фатимиды — шиитская династия, ведущая происхождение из Сирии, но обосновавшаяся в Тунисе, которая нашла общий язык с военачальниками местной армии. Огромные суммы налоговых сборов снова направлялись в Ирак, а расквартированным в Египте войскам платили нерегулярно, в то время как население довели до полного истощения. В итоге солдаты сами добывали себе пропитание, грабя крестьян и горожан, уничтожая людей, которых призваны были защищать.

Восстановить порядок в провинции и остановить натиск Фатимидов в третий раз за двадцать лет сумел новый наместник, тоже из числа турок, Мухаммед ибн Туджи (935–946). Ибн Туджи в качестве награды за наилучшее управление Египтом как самостоятельной территорией заслужил персидский титул аль-ихшидид — «принц». Взяв за образец Ибн Тулуна, он присоединил к своим владениям Сирию, а к 944 году, когда империя Аббасидов стала разваливаться, также занял Хиджаз, включая великие исламские города Мекку и Медину.

После Ибн Туджи на престол вступили его сыновья: сначала Унуджур (946–961), а затем Али (961–966), но реальная власть при дворе оказалась в руках чернокожего евнуха по имени Абул Миск Кафур (966–968), который имел самое низкое происхождение, родился он в Нубии, а позднее стал командующим армией Ихшидидов. Позднее он захватил трон Египта. Увечный и неуклюжий, он постоянно источал запах мускуса (миск) и камфары (кафур), откуда и взялось прозвище. Он выглядел весьма своеобразно, но его странная внешность создавала неверное впечатление, скрывая выдающиеся способности в военной и гражданской сферах. Он успешно отразил нашествие Фатимидов с запада, нубийцев — с юга, Хамданидов — в Сирии, и при том наслаждался во дворце стихами замечательного арабского поэта той эпохи Аль-Мутанабби. Тем не менее серия ужасных природных катастроф поразила страну: низкий уровень паводков привел к сокрушительному голоду (в 949, 952, 955, 963–969 годах); в 967 году по стране прокатилась эпидемия чумы; в 955 году пожар уничтожил значительную часть Фустата; страшные землетрясения произошли в том же году — подхалимы, окружавшие Кафура, заявили, что причиной тому земля, которая танцует от радости при виде величия правителя. Кафур не пользовался популярностью, он собирал большие налоги ради экстравагантных проектов и развлечений, в то время как народ умирал от истощения, а поэты наподобие Аль-Мутанабби, ранее возносившие ему хвалы, позднее сочиняли едкие диатрибы.

Поскольку Кафур не имел наследника, после его смерти неминуемо наступил кризис власти. Одиннадцатилетний сын Али, которого звали Ахмад (968–969), был последним представителем династии, слабым правителем ослабевшего Египта, который ничего не мог поделать против мощного соседа — Фатимидов.

Фатимиды, шиитская династия из Сирии, рассматривали завоевание Египта как первый шаг по избавлению исламского мира от своих соперников — суннитских халифов. Эти правители вели происхождение от дочери Пророка Фатимы, которая была женой четвертого халифа Али; они также являлись духовными лидерами, имамами исмаилитской секты, представлявшей одно из направлений шиитской ветви ислама. Создав собственный халифат в Тунисе в 909 году, они снова и снова пытались прорваться на восток, к центрам суннизма, пока наконец им не удалось в 969 году осуществить успешное вторжение в Египет. В отличие от предшественников, Фатимиды даже формально не признавали верховенство суннитского халифа Багдада; для них он был всего лишь узурпатором, в то время как сами они — праведными, богоизбранными защитниками ислама.

Апокрифическое предание рассказывает: когда фатимидский халиф Аль-Муизз (969–975) въезжал в Фустат, горожане попросили предъявить права на халифат. «Это мой род, — заявил он, подняв меч; затем вынул кошель и разбросал вокруг золотые монеты. — А вот и мое доказательство». Правда это или нет, образ меча и монет остался символом ранней эпохи правления Фатимидов. С одной стороны, они силой обрели империю, намного превосходящую по мощи суннитский халифат. В момент наивысшего расцвета она включала Северную Африку, Сицилию, Сирию, Палестину, Хиджаз, побережье Красного моря и Йемен, а в течение короткого времени имя фатимидского халифа произносили во время пятничной молитвы даже в суннитских мечетях Багдада. С другой стороны, египетский народ — состоявший в основном из суннитов в городах, при значительной части христиан в сельской местности и на юге — легко, как жители Фустата в предании, приняли шиитских повелителей, которые принесли в страну большие богатства.