Но мамлюки все еще оставались у власти. Предатель Хаирбек, сам мамлюк, стал пашой (наместником провинции) — оттоманы тем самым признали, что им нужен мамлюк, чтобы эффективно управлять Египтом. Незадолго до отъезда Селима из страны все уцелевшие мамлюки были помилованы. Выйдя из укрытий, черкесы смогли поступить на службу в кавалерию, которая наряду с шестью османскими подразделениями размещалась в провинции. Им мало доверяли, что не удивительно, а во главе мамлюкской кавалерии поставили османов, солдатам же приказали носить оттоманскую одежду, бриться, как было принято у новых хозяев страны, перенять оттоманские обычаи; власти рассчитывали интегрировать черкесов в свою систему, чтобы снизить риск бунта и снять напряжение. Постепенно отношение смягчилось не в последнюю очередь после участия мамлюков в осаде Родоса (1522): сын и преемник Селима, знаменитый султан Сулейман Великолепный (1520–1566) выразил недоумение, что его отец убивал и понапрасну лишался столь исключительных воинов.

После смерти Хаирбека в 1522 году быстро стало очевидно, что члены старой мамлюкской элиты по-прежнему притязают на управление Египтом. Восстание в мае 1523 года основывалось на недооценке решимости молодого султана Сулеймана и силы растущей империи, а потому было быстро подавлено. Второе восстание произошло несколько месяцев спустя, его возглавил черкасский наместник Ахмед-паша, и оно было подготовлено гораздо лучше. Шантажом, конфискациями и продвижением своих людей Ахмед занял трон, стал чеканить собственные монеты и в течение нескольких месяцев управлял страной, прежде чем его схватили и обезглавили в марте 1524 года. Его успех вдохновил в следующем году бедуинов, но великий визирь Сулеймана Ибрагим-паша подавил мятеж и ввел новую административную систему в провинции, издав эдикт «Канун-наме».

Эдикт «Канун-наме» определил положение Египта как богатейшей и важнейшей провинции империи, это был особый случай, когда использовались элементы мамлюкской системы в соединении с османским порядком имперского управления. В течение следующих шестидесяти лет формула отлично работала. Высшая власть находилась в руках паши, налоги собирали местные гарнизоны, гражданские чиновники и региональные подразделения армии, значительная часть средств направлялась в Константинополь наряду с местной продукцией. Зерно, сахар, чечевица и рис доставлялись из Египта и распространялись по всей империи, но самым прибыльным экспортным товаром с XVI века стал кофе, который занял нишу, освободившуюся после исчезновения посреднической торговли пряностями. Бобы выращивали в Йемене и поставляли через Каир европейским купцам, пытаясь удовлетворить постоянно растущий спрос. Вокруг столицы появились караван-сараи, там размещались путешествующие купцы, а городской порт Булак заполнили торговые суда.

«Доброе правление» обеспечило стабильность и процветание, однако исчезновение царского двора привело к упадку производства предметов роскоши и произведений искусства, некому было строить величественные мечети и мавзолеи, как это было при мамлюках. Впрочем, наместники и богатые жители Каира продолжали украшать столицу, вкладывая средства в новые мечети, школы, бани и фонтаны. Порт Суэц также способствовал возобновлению коммерции, даже при том что план османских властей прорыть канал через перешеек провалился.

Помимо экономической важности, Египет представлял собой ценную базу для заморских военных кампаний оттоманов. Он стал стартовой площадкой для неудачной экспедиции 1538 года, нацеленной на подрыв господства португальцев в Индийском океане. После поражения османы сосредоточились на охране торговых путей по Красному морю и священных городов Мекки и Медины от атак португальцев. Гарнизоны, расквартированные в Египте, часто привлекали для ведения боевых действий в Йемене и вдоль африканского побережья Красного моря, а также для охраны паломнических дорог в Хиджаз. В результате провинция привлекала множество иностранных наемников, пополнявших десятитысячное регулярное войско, уже размещенное в стране. Политические беженцы и невероятно богатые африканские евнухи, прежде отвечавшие за гарем султана в Константинополе, также чувствовали, что в Египте можно обрести новую, лучшую жизнь.

К 1580-м годам поток дешевого серебра из Нового Света серьезно подорвал экономику Османской империи. Последовавшая инфляция спровоцировала кризис в государстве, и солдаты, привыкшие к стабильной оплате, обнаружили, что вознаграждение стало составлять лишь часть прежнего дохода. С 1586 года бунты и волнения в армии подрывали спокойствие, с них начался долгий период политической нестабильности. Гнев был направлен прежде всего против наместника, которому оставалось либо укрыться в Цитадели, либо удовлетворить требования мятежников.

Насилие достигло пика в 1604 году, когда бунтовщики устроили засаду, захватили и казнили пашу, повесив его голову на воротах Баб аль-Зувейла. Но даже это умиротворило солдат ненадолго, поскольку они по-прежнему недополучали жалованье, а потому стали взимать с сельского населения нелегальные сборы (тульба). Новый наместник, обладавший военной поддержкой Мухаммед-паши, прибыл в страну навести порядок; но его попытки отменить тульбу вызвали масштабное восстание 1609 года, в ходе которого мятежники провозгласили своего султана и назначили министров. Паша расправился с бунтовщиками, многих выслал из страны, а еще большее число обезглавил, так что один из историков охарактеризовал эту акцию как «второе османское покорение Египта».

Укрепление позиций наместника при Мухаммед-паше продлилось недолго. За 187 лет османского правления в Египте сменилось несколько сотен наместников. Каждый паша оставался на своем посту очень недолго — как правило, не больше года, редко два-три года, — и многие из них пали жертвой интриг беев.

Беи были военными командирами высокого ранга, которые не принадлежали к подразделениям османских войск, расквартированным в гарнизонах; большинство по происхождению были черкесами и потомками прежних мамлюкских эмиров. Как и их предшественники, они имели возможность ввозить в страну и обучать новых мамлюков. Беи гораздо лучше знали местную жизнь и обычаи, нежели османы, которым приходилось полагаться на традиционную военную элиту для поддержания безопасности: например, против бедуинов, при охране караванов паломников, отправлявшихся в хадж, при сопровождении товаров и налогов, вывозимых в Константинополь, для управления египетскими частями, призванными защищать границы империи, дамбы и водные пути. К концу столетия эти задачи превратились в важнейшие административные функции, находившиеся в ведении особых ведомств, а беи получили исключительные права их возглавлять.

Беи также отвечали за экономику, они получали откуп, сражались за привилегию «снимать сливки» с того или иного района. Чиновники и обнищавшие гарнизонные командиры надеялись повысить свое нищенское жалованье за счет подобных прибылей. Введение системы откупов по всей империи служило признаком упадка; в Египте, несомненно, эта система ослабляла имперскую власть, однако отвечала местным интересам. Более того, конфликты между беями и прочими, кто притязал на откуп, продолжались вплоть до крушения империи. Мало-помалу представители Константинополя, не в последнюю очередь сам паша, оказывались во все большей изоляции, теряли реальную власть, их политическое выживание зависело от способности играть на противоречиях сторон.

В 1623 году беи и гарнизонные командиры отказались принять назначенного наместника провинции, а в 1631 году низложили главу региона с официального одобрения султана. Так был создан прецедент устранения неугодного паши, и беи с завидной регулярностью стали к нему обращаться, сделавшись истинными властителями Египта; пока они признавали власть султана и исправно посылали в Константинополь налоги, а войска получали все необходимое, османские правители не вмешивались во внутренние дела провинции.