Склонности и антипатии Аменхотепа IV могли немало удивлять его подданных, но изъятие средств из старых культов в пользу «избранного бога» привело к закрытию ряда храмов и должно было сильно расстроить жрецов по всей стране. Неприятие Амона и мощного фиванского жречества, связанного с этим культом, невозможно стало игнорировать с тех пор, как фараон сменил имя Аменхотеп («Амон доволен») на Эхнатон («Действующий в пользу Атона»). Лишь немногие египтяне были готовы принять решение, провозглашенное фараоном на пятый год правления: оставить Фивы и построить новую административную и религиозную столицу на пустом месте, где не существует центров поклонения другим богам, чтобы сосредоточиться исключительно на культе великого Атона и царской семьи. С этой целью он выбрал местечко на Ниле в Среднем Египте, в районе современного поселения Тель-эль-Амарна (отсюда — период Амарна), расположенного в тени высоких гор. Новый город назвали Ахетатон («Окоем Атона») и отметили его границы четырнадцатью стелами, прежде чем приступить к поспешному строительству, в котором использовали маленькие блоки низкокачественного песчаника (талатат): их было легко транспортировать и из них без труда сооружали дома. Вскоре в Ахетатоне появились дворцы, административные здания, казармы, мастерские, кварталы для рабочих, храмы в честь Атона, самый большой из которых занимал почти полмили в длину и содержал около тысячи жертвенников. За несколько лет новый город был отстроен целиком, и родственникам фараона, придворным, писцам, жрецам и чиновникам, не говоря уже о тысячах лиц низшего ранга, слугах и рабочих, пришлось покинуть обжитые дома и переселиться сюда.

Утвердившись в качестве центра новой власти, идиллический город физически и духовно отличался от других поселений страны, Эхнатон торопился с осуществлением радикальной религиозной программы. Все соперничающие храмы были закрыты, культы запрещены, жрецы изгнаны. Армия последователей Эхнатона (в буквальном смысле) вычистила всю страну, сокрушая образы богов, стирая их имена из надписей. Традиционные религиозные праздники были объявлены вне закона, процессии отменены.

Культ Атона представлял собой государственную солярную религию, и Эхнатон стал его жрецом и пророком. Атона именовали высшей космической силой, творцом всего живого, омывавшим мир животворящими лучами, в то время как фараон выполнял роль его божественного воплощения на земле. Все другие боги стали лишними, их исключили из мифологии за ненадобностью. Отказавшись от веков литературы и устных преданий, рассказывавших о богах, от изображений на стенах древних храмов, фараон учредил единственный текст — «Великий гимн Атону», возможно, составленный им самим; в гимне возглашалась хвала Атону как творящей силе вселенной. Текст этот отчасти напоминает более поздний 104-й псалом Библии.

Трудно вообразить, что религия Эхнатона была по-настоящему притягательной для народа. Вокруг Атона не существовало мифологии, которая могла бы вдохновлять или поучать, у него не было телесной формы, на которую легко было бы ориентироваться, не было праздников, в ходе которых образ божества проносили бы в торжественной церемонии — из тайного храмового святилища на площадь для всеобщего поклонения. Эхнатон проезжал на колеснице по широкой парадной колоннаде своей новой столицы, так что толпа могла бросить взгляд на живого бога, но в этом патетическом самовозвеличении не хватало радостного упоения прежних религиозных праздников. Древние верования в Осириса и загробную жизнь для обычных египтян были связаны с представлениями о вечности, населенной предками. Однако Эхнатон ввел новую теологию, которая была в своем роде возвратом к идеям времен Древнего царства, когда не судья-Осирис определял индивидуальную участь каждой души, а сам божественный фараон становился единственным, кто мог даровать египтянам спасение душ. По всей стране прокатилась волна беспорядков, тут и там вспыхивали бунты, но даже после их подавления рядовые жители сохраняли веру в популярных местных богов, таких как Бэс и Таурт; вероятно, их не слишком беспокоило множество интеллектуальных концепций, составлявших комплекс новой государственной религии. Игнорировал Эхнатон эти мелкие культы по недосмотру или по необходимости, но их существование на протяжении всего его правления заставляет многих египтологов предполагать, что Египет так и не стал по-настоящему монотеистической державой, оставаясь генотеистическим центром, в котором единый бог был вознесен высоко над остальными.

Лишенный тела Атон, солнечный диск, был неизобразим традиционными средствами — как человек или получеловек, так что Эхнатон изобрел новый, оригинальный способ художественного выражения. В честь Атона вырезали на стенах храмов и в гробницах знати само солнце, протягивающее лучи света, оканчивавшиеся ладонями, которые подают жизненную силу (анх) — знак жизни; эта благодать нисходила на членов царской семьи, греющихся в солнечном сиянии. Семья фараона — возлюбленная жена Нефертити и шесть дочерей — была представлена с беспрецедентной объективностью и интимностью. Неформальные сцены дворцовой жизни включали изображения Эхнатона и Нефертити, занимающихся любовью, держащихся за руки, прикасающихся друг к другу, целующихся; на других картинах родители держат дочерей на коленях, играют с ними, обнимают детей, обычно над ними разливается благословенное сияние Атона.

Изменилось не только царское искусство, но вся система предметов изображения. Был отвергнут принцип идеализации физического облика, обязательный для прежних царей. Эхнатон потребовал, чтобы его представляли в странноватом, почти андрогинном виде: не то мужчина, не то женщина. У его скульптур широкие бедра, выпирающие округлые ягодицы, как у рожавшей женщины, а мясистые груди и живот вовсе не похожи на плоские, мускулистые тела прекрасных фараонов прошлого. Голова Эхнатона необычно узкая и удлиненная, глаза раскосые, веки тяжелые, губы полные, подбородок выступает, а шея чересчур длинная, почти нечеловеческая, как у обитателя иного мира. Возможно, именно такого сверхъестественного эффекта он и хотел добиться, подчеркивая свою сексуальность, резко контрастирующую с бесполым и вечносущим Атоном. С другой стороны, некоторые считают, что эти портреты являлись реалистическими изображениями человека, страдавшего генетическими нарушениями, например синдромом Фрейлиха, который приводит к проявлению женских черт в мужской фигуре — именно так, как следует из иконографии Эхнатона. Однако этот синдром ведет к бесплодию, а у фараона было по крайней мере шесть, а возможно, и десять детей. Наилучшим объяснением может быть синдром Марфана, симптомы которого включают высокое, худощавое тело, выпирающую, как у голубя, грудину, чрезмерно длинные конечности, тонкие «паучьи» пальцы, необычно вытянутый череп и странную форму челюсти. Наследственные факторы определяют и слабое зрение, что, возможно, объясняет одержимость фараона солнечным диском — не исключено, что только солнце он и способен был видеть, а также наличие сердечных заболеваний, результатом чего могла быть внезапная ранняя смерть Эхнатона. Однако стиль изображений сказался и на образах Нефертити и принцесс, равно как и придворных и даже представителей низших классов общества, хотя у всех этих людей необычайные черты выражены в смягченном виде, а к концу правления Эхнатона тенденция и вовсе сглаживается. Только тело Эхнатона может дать ответ, насколько точными были его портреты, но останки этого фараона до сих пор не найдены; нет уверенности, что их вообще удастся найти: могилу могли уничтожить разгневанные толпы или грабители.

Помимо подавления восстания в Нубии, Эхнатон не проявил интереса к международным делам своей державы, предпочитая творческую разработку новой религии и искусства и счастливую семейную жизнь. Ему не хватало дипломатических талантов отца, он обманул царя Митанни, послав тому деревянную статую, покрытую золотыми пластинами, вместо золотой, а вскоре вообще прервал переписку с влиятельным соседом. Он оставался глух к мольбам вассальных государств в Сирии, которые испытывали все большее давление со стороны хеттов и ассирийцев, набиравших власть и враждебно настроенных к Египту и его сателлитам.