В обстановке поляризации общества, последовавшей за крестьянской реформой 1861 года, Н. Костомаров не желал примыкать ни к революционному, ни к консервативному лагерям, оставаясь при собственных либеральных убеждениях. Этим он восстановил против себя оба лагеря. После вызванного студенческими волнениями 1861 года закрытия Петербургского университета несколько его профессоров, в том числе и Н. Костомаров, организовали в здании городской думы систематическое чтение лекций. Однако на проявивших непослушание властям преподавателей посыпались притеснения, а затем и запрет на такого рода несанкционированные выступления.

В знак протеста Н. Костомаров в 1862 г. подал в отставку, чем вызвал гнев начальства. Больше он к преподавательской работе не возвращался. В 1863 г. Н. Костомаров получил приглашение занять кафедру в Киевском университете, в следующем аналогичный вызов пришел из Харькова, а в 1869 году его вновь пригласили в университет св. Владимира. Однако министерство народного просвещения не позволило Костомарову возобновить чтение своих курсов.

Костомаров полностью сосредоточился на исследовательской работе. С 1863 г. он принимает деятельное участие в периодическом издании томов (всего их вышло 15) собрания документов по истории Украины и Белоруссии XIV–XVII веков под общим названием «Акты, относящиеся к истории Южной и Западной России, собранные и изданные Археографической комиссией». Основными трудами его жизни стали «Богдан Хмельницкий» (первое издание вышло в 1857 году, третье, уже в 3 томах, — в 1876-м), «Руина» (1879–1880), посвященная трагическим событиям, последовавшим после смерти вождя Освободительной войны, «Мазепа» и «Мазепинцы» (1882–1884), а также фундаментальный труд «Русская история в жизнеописаниях ее важнейших деятелей» (1874–1876), где представлены критические биографии основных героев древнерусской, украинской и российской истории. Собственно истории России, кроме упоминавшейся работы о восстании Степана Разина, посвящены «Севернорусское народоправство» (1863) и «Смутное время московского государства» (1866). Особый интерес представляет его исследование «Последние годы Речи Посполитой». Эти и другие многочисленные работы, как и мужественная гражданская позиция, обеспечили Н. Костомарову уважение и признание общественности, почетное место в украинской и русской культуре.

В 1873 году разлученные судьбой много лет назад Николай Иванович и Алина Крагельская встретились вновь. Он — так и не женившийся одинокий «старик», она — вдова и мать троих детей. 9 мая 1875 года они обвенчались и десять лет, до самой смерти Костомарова, прожили вместе.

О последних годах жизни Костомарова сохранилось много воспоминаний современников. Один из близких друзей историка, В. Беренштам, всякий раз возвращаясь от Костомаровых, произносил одну и ту же фразу: «Плоть немощна, дух силен». В 1872 году от напряженной работы у Николая Ивановича начали сильно болеть глаза. Вспоминая те дни, он говорил, что пропадает от бездействия. Именно тогда у него родилась мысль написать «Русскую историю…» для популярного чтения. Точнее, не написать, а продиктовать. Так возникла «Русская история в жизнеописаниях ее главнейших деятелей» — продиктованная помощникам.

Роковым образом повлияли на здоровье Костомарова два события. Осенью 1881 года, переходя улицу на Васильевском острове, он был сбит ломовым извозчиком. Последствия травмы ощущались очень долго. А 25 января Костомарова, погруженного в размышления, опять сбил экипаж — на этот раз прямо под аркой Генерального штаба.

6 апреля 1885 года, в день памяти святых Кирилла и Мефодия, здоровье ученого резко ухудшилось. Врач давал ему несколько часов. Так и случилось: ранним утром 7 апреля он умер в своей квартире на Васильевском острове, куда много лет подряд приходила вся просвещенная общественность Петербурга.

Похоронили Николая Ивановича 11 апреля 1885 года на Волковом кладбище. Среди тех, кто пришел проводить его в последний путь, было очень много студентов.

Роль Н. Костомарова в развитии украинской и русской историографии огромна. Он был первым ученым Восточной Европы, радикально изменившим подход к работе историка, поставив во главу угла не описание событий и личностей, а историю народа в его социокультурной целостности и единстве разнообразнейших сфер жизни.

«Истинная любовь историка к своему Отечеству может проявляться только в строгом уважении к правде», — повторял Николай Иванович. Этому принципу он следовал всю свою жизнь.

«Он был сыном мужика — и стал властелином в царстве духа. Он был крепостным — и стал великаном в царстве человеческой культуры. Он был самоучкой — и указал новые миры и свободные пути профессорам и книжным ученым. Десять лет он страдал под тяжестью российской солдатской муштры, а для свободы России сделал больше, чем десять победоносных армий…», — писал Иван Франко. Родился Тарас Григорьевич Шевченко в селе Моринцы Звенигородского уезда Киевской губернии (сейчас Черкасщина). За полстолетия до того, в 1768 году, окрестные города и села стали центром повстанческого крестьянского движения, воспетого позднее Шевченко в героической поэме «Гайдамаки».

Родители поэта — Григорий Иванович и Екатерина Акимовна — были крепостными, и в два года Тараса записали еще одним из 17 тысяч крепостных помещика В. В. Энгельгардта. Тарас родился в доме отца своей матери — закрепощенного казака Акима Бойко. Детство его проходило в соседнем селе Кириловке, и мальчик не раз навещал деда Акима, слушая рассказы о доблестных казацких временах.

Другой дед Тараса — Иван Андреевич Шевченко, свидетель (а может, и участник) гайдаматчины, от которого будущий поэт услышал немало интересных волнующих воспоминаний, возбудивших в его сердце романтическую любовь к легендарным героям Колиивщины. Отец поэта был человеком грамотным, читал каждое воскресенье своей семье «Жития святых». Осенью 1822-го он отдал Тараса учиться к дьячку П. Рубану. В 1824 году мальчику посчастливилось побывать с отцовской чумацкой валкой в Звенигородке, Умани, Елисаветграде и других городах, а с сестрой Екатериной — на богомолье в знаменитом Мотронинском монастыре, где гайдамаки когда-то «ножи освятили», и в Чигирине.

История семьи Шевченко — трагическая и типичная для закрепощенного украинского села — запечатлелась в строках произведений поэта: мать — «еще младой её в могилу нужда с работой положили»; отец «не вытерпел судьбы жестокой, погиб на барщине»; братья «на барщину ходили, пока им лбы не оголили»; сестры «в наймах выросли чужие»; а сам он пошел батрачить «к пьяному дьячку в науку»…

Со смертью матери в 1823 и отца в 1825 годах Шевченко долгое время скитается по чужим людям, ища возможность учиться грамоте и рисованию.

С четырнадцати лет, когда пришло время отрабатывать барщину, Тараса забирают казачком к молодому господину Павлу Энгельгардту в село Вильшану.

«Мой помещик, — писал поэт в автобиографии, — ставил мне в обязанность только молчание и недвижимость в углу прихожей, пока не прозвучит его голос, приказывая подать трубку, которая стоит здесь же рядом с ним, или — налить у него перед носом стакан воды».

«При присущей мне смелости характера, — рассказывает Шевченко дальше, — я нарушил господский приказ, напевая чуть слышным голосом гайдамацкие печальные песни и срисовывая крадучись картины суздальской школы, которые украшали господские покои…». Когда осенью 1829 года Энгельгардты отправились в Вильно, возле фамилии Шевченко значилось, что он способен к рисованию. Жена Энгельгардта Софья, пользуясь пребыванием в Вильно известного в Европе портретиста Франческо Лампи, решила послать Шевченко к нему на лекции. Выезжая в Вену, Лампи передает своего талантливого ученика известному профессору рисунка Вильненского университета Яну Рустему. Получив возможность с первых шагов учиться у выдающихся мастеров, Шевченко-художник достиг высочайшего уровня именно в жанре портрета и технике рисунка.