Поэтому на созванном в сентябре 1640 г. в Софийском храме поместном соборе митрополит стремился провести собственное понимание системы и содержания основных православных догматов, разработанных с использованием католического опыта, при решительном непринятии их кальвинистских трактовок.

После горячих дебатов, в ходе которых звучали и упреки в католических отклонениях от святоотческой традиции, собор в Киеве принял в основных моментах концептуальные позиции обновленного православного богословия П. Могилы. Представленный митрополитом «Катехизис», или «Православное исповедование веры», было решено отослать в Константинополь, и в марте 1643 г. его положения были утверждены патриархами Константинопольским, Александрийским, Антиохийским и Иерусалимским. Из Киева вышел догматический текст, в обновленном виде представлявший православную веру соответственно духовным и интеллектуальным запросам начала Нового времени.

П. Могила не только был сведущ во всех тонкостях католической философско-теологической традиции, но был хорошо знаком и с протестантским богословием. Кальвинизм он решительно не принимал, но к идеям других реформационных направлений относился толерантно. Он лично венчал свою родственницу Марию Могилянку с лидером литовских протестантов князем Радзивиллом. В его произведениях видим также лояльное отношение к иудейской вере. Полемика с иудаизмом, как и с католицизмом, в отличие от православных авторов предшествующих десятилетий, у него отходит от эмоционального пристрастия и приобретает форму корректной дискуссии.

Могилянское богословие подняло Киев на уровень виднейших теологических центров христианского мира, подтверждая его метафорическое определение в качестве «Второго Иерусалима». В городе под эгидой митрополита в 30–40-х годах XVII в. образовалась новая генерация европейски образованных, знающих древние и новые европейские языки, мыслителей, имеющих достаточно серьезную философскую подготовку.

Поэтому не удивительно, что фундаментальные труды П. Могилы, как непосредственно, так и через работы продолжавших его направление киевских ученых И. Гизеля, Д. Туптало (святого Димитрия Ростовского), С. Яворского и Ф. Прокоповича, составили основу богословского образования в Украине и всей Российской империи вплоть до середины XIX в. П. Могилой были задуманы еще две грандиозные работы: «Жития святых» (написанные уже Димитрием Туптало) и общее исправление славянского текста Острожской Библии (над чем работали ученые богословы до конца XVIII в.).

Благодаря неутомимой работе П. Могилы и его единомышленников Киев в второй четверти XVII в. превратился в настоящий центр европейской образованности и богословской культуры. На смену конфессионной нетерпимости предшествующих десятилетий, вызванной Брестской унией 1596 г., пришли идейная толерантность и стремление к культурно-духовному синтезу. Самому митрополиту была близка идея сближения Восточной и Западной церквей, даже их объединения на конфедеративных основах (при признании Киева церковным центром, равным Риму и Константинополю, как то в свое время предлагал М. Смотрицкий, и закрепления за его духовным главой звания патриарха). Но достичь такого примирения он ни в коем случае не хотел ценой уступок в принципиальных организационных, догматических и обрядовых вопросах.

По проблемам отношений между православием и католицизмом П. Могила в 1645–1646 гг. вел с папой римским обстоятельную переписку, однако все усилия по достижению приемлемого компромисса ни к чему не привели. Ватикан не собирался признавать православную церковь равной себе стороной и требовал ее подчинения через унию, что для митрополита Киевского и всех православных Украины было неприемлемо.

Умер П. Могила 31 декабря 1646 г. (10 января 1647 г.), завещав основанной им коллегии значительные средства и свою библиотеку. Киевским митрополитом вскоре был избран его многолетний соратник Сильвестр Косив (1647–1657), продолжавший церковно-образовательный курс П. Могилы, но уже в принципиально новых условиях вспыхнувшей в 1648 г. Освободительной войны под руководством Б. Хмельницкого.

Упорный и самоотверженный труд Иннокентия Гизеля на ниве православного просвещения при всех неблагоприятных внешних обстоятельствах — войнах и разорениях, которые переживала Украина в середине XVII в., приносил обильные плоды, недостаточно оцененные исследователями XIX и XX вв.

Значение научно-философской и педагогической деятельности его стало осознаваться лишь в последнюю четверть XX в., когда украинские ученые стали исследовать написанные латынью тексты его лекций по философии.

И. Гизель родился в Восточной Пруссии в семье кальвинистов около 1600 г., а юность провел в Вильно (Вильнюсе). Здесь были заложены основы его энциклопедической образованности. Но уже в молодые годы в его душе произошел глубокий религиозный перелом. И начале 1620-х гг. он порывает с кальвинизмом, бежит на Волынь и, приняв православие, возглавляет там одну из братских школ.

Разочаровавшись в холодном, жестком и фаталистическом учении Ж. Кальвина, молодой уроженец Пруссии принимает не католицизм, господствовавший в качестве государственной религии в Польско-Литовском государстве, в особенности в правление ревностного католика Сигизмунда III, не господствовавшее на Волыни униатство, а гонимое и находящееся после брестского собора 1596 г. на полулегальном положении православие.

Отрешение от мирской жизни при склонности к иноческой смиренности и занятиям философско-богословскими науками приводит И. Гизеля в Киево-Печерский монастырь. В лавре он принимает монашество и всецело посвящает себя занятиям в открытой ее архимандритом, затем митрополитом Киевским П. Могилой, библиотеке. Возможно, именно этот выдающийся церковно-культурный деятель непосредственно и пригласил И. Гизеля в готовившуюся к открытию школу высшего типа.

В 1632 г. произошло объединение Киевской братской и Лаврской школ и Киево-Могилянскую коллегию. Курс философии в нем читал Иосиф Копонович-Горбатский, преподававший также риторику (в 1642–1646 г. он был ректором этой коллегии). Он на латинском языке написал «Учебник могики» и «Оратор Могилянский». Именно ему И. Гизель и был обязан знакомством с основами философии.

П. Могила, заметив научно-философские способности И. Гизеля, направил его на Запад с целью усовершенствования образования. В течение нескольких лет И. Гизель пополнял свои знания в германских университета. По возвращению из-за границы он, вероятно, в 1642 г. был избран профессором философии и читал теоретические курсы.

Преподавание философии осуществлялось в Киево-Могилянской коллегии по образцу тогдашних католических университетов. Оно явно отставало от бурного развития западноевропейского естествознания XVII в., однако преподавание логики и риторики было на высоком уровне. Курсы делились на две части: «трактаты», то есть лекции, и диспуты, которые имели приподнятый характер и часто напоминали словесный театр.

И. Гизель, как и его преемники на кафедре философии, опирался на идейное наследие античных философов (Платона, Аристотеля, Плутарха, Цицерона, Луция, Сенеки), отцов церкви (Т. Ф. Климента Александрийского, Оригена, Василия Великого, Григория Нисского, Григория Назианзина, Августина Блаженного, а также тексты таинственного ранневизантийского богослова, писавшего от имени одного из учеников апостола Павла — Дионисия Ареопагита), мыслителей Средневековья (Фомы Аквинского, Бонавентуры, Пьера Абеляра, Дунса Скотта, Раймунда Луллия). Ему были известны и произведения мусульманских (Авиценна, Аверроэс) и иудейских (Моисей, Маймонид) мыслителей Средневековья, западных авторов эпохи Возрождения (Николай Кузанский, Эразм Роттердамский и Никколо Макиавелли).