Среди киевских ученых середины — второй половины XVII в. наблюдается тяготение к мыслителям, которые в своих учениях наряду с натурфилософскими вопросами большое внимание уделяли метафизическим проблемам, размышляли об общих основах бытия. В лице И. Гизеля и его ученика Л. Барановича в Киеве начинают формироваться собственные философские традиции.

В 1645 г. И. Гизель стал игуменом Братского монастыря и с 1646 г. — ректором Киево-Могилянской коллегии. Вместе с С. Косовым является ближайшим сподвижником П. Могилы в деле систематизации и концептуального оформления православного вероучения. И. Гизель на латинском языке пишет обстоятельный «Полный курс философии» (1645–1647). Однако наступало время трагических испытаний. В феврале 1647 г. скончался П. Могила, а через год избранный гетманом Войска Запорожского Б. Хмельницкий зажег пламя жестокой Освободительной войны, за несколько месяцев охватившей всю Украину.

На первом этапе война мало затронула Киев. Одержав блестящие победы над польскими войсками и заключив перемирие, Б. Хмельницкий в декабре 1648 г. триумфально вступил в этот древний город. Его жители во главе с новым митрополитом С. Косовым и находившимся в тот момент в Киеве патриархом Иерусалимским Паисием вышли встречать победителя к руинам Золотых ворот. Здесь под руководством своего ректора студенты Киево-Могилянской коллегии приветствовали гетмана «овациями и декламациями, как Моисея, спасителя и освободителя народа от польской неволи, добрым знаком названного Богданом — „от Бога данного“». Следующие два с половиной года в Киеве ничто не мешало развитию философской мысли и церковной жизни.

Вместе с тем уже немолодого И. Гизеля активная учебно-организационная и лекторская работа стала утомлять и он хотел в монашеском умиротворении сосредоточиться на литературно-научной деятельности. В 1650 г., передав ректорство коллегиума и, соответственно, игуменство Братского монастыря своему единомышленнику и младшему другу, тридцати пятилетнему профессору поэтики и риторики Лазарю Барановичу, И. Гизель становится игуменом киевских Кирилловского, а с 1652 г. — Николаевского монастырей.

Однако пожар кровавой войны вскоре охватил и Киев. В июне 1651 г. Б. Хмельницкого предал его бывший союзник — крымский хан. Войска гетмана потерпели тяжелое поражение под Берестечком, а через месяц армия литовского гетмана Я. Радзивилла, сломив сопротивление казаков киевского полка, вступила в полупустой город и подвергла его вместе с близлежащими монастырями (в том числе и Кирилловским, находившимся на пути движения войск литовского гетмана к городу) полному разграблению.

Но пребывание в Киеве армии Я. Радзивилла было непродолжительным и вскоре казацкие силы вновь заняли город.

О. Тарасевич. Освящение Успенского собора Киево-Печерской лавры.(Из книги «Патерик Печерский», издание Киево-Печерской лавры).

Заботы по восстановлению коллегиума взял на себя Л. Баранович. Но и И. Гизель, став игуменом Пустыно-Никольского монастыря, оказывается вовлеченным в политическую жизнь страны.

По условиям Переяславского мира, Киев со всей освобожденной к тому времени от польской власти Украиной переходил под протекторат Московского царства. Сохраняя городское самоуправление и привилегии согласно принадлежавшему ему с XV в. магдебургскому праву, Киев оказывался под двойной юрисдикцией гетмана и царского воеводы. Для защиты города от польско-литовских войск вводился московский гарнизон. В результате таких перемен между местными жителями и царским воеводой стали возникать недоразумения. Необходимо было отрегулировать отношения с царской властью и добиться подтверждения прежних прав и привилегий для города и его монастырей.

В июле 1654 г. И. Гизель оказывается в царской ставке под Смоленском. В качестве игумена Пустыно-Никольского монастыря он возглавляет посольство от духовенства, монастырей Киева и его окрестностей. Миссия И. Гизеля оказалась успешной. Алексей Михайлович подтвердил все права и привилегии православных монастырей и храмов. Специальной грамотой он запретил царскому воеводе в Киеве вмешиваться в дела духовенства, о чем извещал и Б. Хмельницкого.

В 1656 г. пользовавшийся всеобщим уважением И. Гизель был избран архимандритом Киево-Печерской лавры. Во главе этого монастыря он оставался до своей смерти без малого три десятилетия. Здесь, в собиравшейся многие десятилетия, в том числе и им самим, богатой библиотеке он находил достаточно материалов для своей творческой и комментаторской деятельности. Под его редакцией дважды, в 1661 и 1678 г., переиздавался восходящий ко временам Киевской Руси «Киево-Печерский патерик».

Продолжалась и его философская деятельность, имевшая уже не столько системно-дидактическое, сколько творческо-мировоззренческое содержание. Его итоговым философско-теологическим произведением стал изданный в Лаврской типографии в 1669 г. труд «Мир с Богом человеку». При этом И. Гизель разделял концепцию Н. Коперника относительно центрального положения во Вселенной Солнца, вокруг которого вместе с другими планетами вращается и Земля. Он также различал теологическое постижение Бога через Священное Писание, веру, с одной стороны, и научно-философское познание природы, с другой. Значительное внимание уделял он и вопросам морали, особенно в своих поздних, лаврского периода, трудах.

В те же годы игумен киевского Михайловского монастыря Феодосий Сафонович, опираясь на обширные летописные материалы и польские хроники, написал обстоятельный труд по отечественной истории, которая была дополнена, отредактирована и издана И. Гизелем под названием «Синопсис» («Киевский синопсис») в Лаврской типографии в 1674 г. Существует предположение, что печерский архимандрит является не только редактором, но и автором этого труда. В силу причастности к его написанию двух, если не более авторов, этот «Синопсис» имеет довольно компилятивный характер, но за недостатком работ по отечественной истории он до середины XIX в. выдержал 25 переизданий, последнее — в 1861 г.

Возглавляя в течение столь продолжительного времени Киево-Печерскую лавру и непосредственно руководя деятельностью ее типографии, И. Гизель способствовал публикации многих выдающихся произведений своих единомышленников и сподвижников. Здесь были опубликованы труды Л. Барановича «Меч духовный» (1666) и «Трубы словес проповедных» (1674), сборник проповедей Антония Радивиловского «Огородок Марии Богородицы» (1676) и многие другие духовные произведения.

Несмотря на преклонный возраст, архимандрит не оставался в стороне от политических событий своего времени. В 1654 г. при встрече у стен Смоленска И. Гизеля с царем Алексеем Михайловичем между ними установились теплые отношения. Киевский философ пользовался большим почетом у московского самодержца, который неоднократно приглашал его в Москву на высшие церковные должности. И. Гизель неизменно отказывался от этих предложений, ссылаясь на болезни и преклонный возраст.

Однако его отношения с российскими властями не всегда были безоблачными. В Москве с 1660-х годов вынашивался план переподчинения Киевской митрополии и Киево-Печерской лавры из константинопольской духовной юрисдикции в московскую (что и было осуществлено в 1686 г.). Однако украинское духовенство, в том числе и И. Гизель, категорически возражали против этого, поскольку зависимость от Константинополя была в сущности фиктивной и сводилась не более чем к знакам уважения и необременительным подаркам греческому патриарху. А вот патриарх Московский, а также царские чиновники могли реально вмешиваться в дела духовенства.

При очередном обострении споров вокруг вопроса о подчинении киевских монастырей И. Гизель вместе с игуменом Братского монастыря Мефодием, заявили, что закроют ворота своих обителей и по собственной воли не подчинятся присланному из Москвы митрополиту. Так при всей своей внешней мягкости, обходительности и деликатности, архимандрит Киево-Печерского монастыря был категоричен в принципиальных вопросах.