В 1682 году И. Мазепа получил от И. Самойловича ответственный пост генерального есаула, который занимал и при П. Дорошенко. При этом, прочно связав свою жизнь с Левобережной Украиной, он не забывает о своем материальном благополучии, получая от гетмана и царского двора поместья на Левобережье и в граничащих с Украиной областях Московского царства. Такая ловкость в делах скоро делает его одним из богатейших людей Украины, позволяя ему использовать личные средства для демонстративной благотворительности и подношения даров влиятельным государственным мужам.
Вскоре последовало падение И. Самойловича (к чему, по не подтвержденным документально слухам, И. Мазепа имел непосредственное отношение), на которого В. Голицын возложил ответственность за неудачный поход против Крымского ханства в мае-июне 1687 года. Перед И. Мазепой, пользовавшимся полным доверием Кремля, открывались новые перспективы. Распространив в годы правления И. Самойловича влияние на казацкую старшину и пользуясь поддержкой Москвы, он обеспечил свое избрание на гетманство на казацкой раде, состоявшейся 25 июля 1687 года.
В тот же день новоизбранный гетман подписал с московскими послами новое соглашение, так называемые Коломакские статьи. В целом, они повторяли Глуховские статьи 1669 года с дополнениями, внесенными в период гетманства Самойловича. Казацкий реестр определялся в 30 тысяч, гетман не мог снимать полковников без соответствующего царского указа, ему запрещалось поддерживать самостоятельные дипломатические связи с други ми государствами, в главных городах Украины оставались царские гарнизоны. При этом Коломакский договор впервые обязывал украинское правительство «народ малороссийский всякими меры и способы с великороссийским народом соединять и в неразорванное и крепкое согласие приводить супружеством и иным поведением».
Таким образом, подписанные И. Мазепой при получении гетманской булавы обязательства ставили Левобережную Украину в еще большую зависимость от Московского царства, чем при его предшественниках. Но это не помешало И. Мазепе вынашивать далеко идущие планы объединения под своей булавой всех украинских казацких земель вместе с Правобережьем и Запорожьем. Объединенная Украина представлялась ему в пределах государства Богдана Хмельницкого, летом 1668 года почти восстановленного П. Дорошенко.
С падением Софьи и утверждением на престоле в Москве Петра I Мазепа ничего не потерял. Привлекая молодого царя своей образованностью, «европейскостью» и широтой политического кругозора, он быстро вошел в доверие к всероссийскому самодержцу, помогая ему дельными советами и обеспечивая стабильность на всем пространстве от Днепра до Дона. Под командованием Мазепы украинские полки принимали участие в Крымском походе 1689 года, овладении Казикерманом в 1695-м, осаде и взятии Азова в 1696-м, последующих затем Азовских походах второй половины 1690-х годов. Безупречно выполняя поручения Петра, И. Мазепа окончательно расположил к себе молодого царя, развязав себе руки для борьбы за расширение своей власти на Правобережье.
Правобережная Украина после Чигиринских походов турецко-татарских войск до самого Поросья лежала в руинах. Вместе с тем, продолжавший войну с турками король Ян III Собеский принял меры для восстановления на возвращенных под власть польской короны землях казацких полковых структур, способных противостоять татарским набегам. Среди местных лидеров здесь выделялся Семен Палий, долгое время проведший на Запорожье. Прославившись в борьбе с татарами, он лелеял надежду освободиться от польской власти, в чем рассчитывал на поддержку Московского царства. С этой целью он сблизился с И. Мазепой и через него обратился в Кремль с просьбой принять его с правобережными казаками в российское подданство.
Московское правительство, находясь в то время в союзе с Речью Посполитой против Османской империи, не хотело портить отношения с Варшавой. Поляки, проведав о намерениях Палия, схватили его, но тот вскоре бежал и в Фастове, под Киевом, у границы королевских и царских владений, поднял против Речи Посполитой восстание.
Семену Палию удалось разбить шляхетское ополчение, и в октябре 1702 года он овладел Бердичевом, а затем Немировом и Белой Церковью, распространив свою власть на все Правобережье и Восточную Подолию. Ему способствовало то, что в начавшейся в 1700 году Северной войне, в которой против господствовавшей на Балтийском море Швеции выступили Россия, Речь Посполитая, Саксония и Дания, польские войска, сосредоточенные на севере, терпели жестокие поражения.
Резиденцией С. Палия стала Белая Церковь. Отсюда он слал письма Петру I и Мазепе с просьбами о переходе в российское подданство, однако царь, не желая портить отношения с союзниками, через левобережного гетмана убеждал Палия подчиниться полякам. Ввиду усиливавшейся на территории Речи Посполитой анархии, И. Мазепа по приказу Петра I весной 1704 года выступил на Правобережье. С. Палий откликнулся на его приглашение и прибыл в лагерь гетмана, где в конце июля того же года был задержан и обвинен в сношениях с врагами российского царя и польского короля — польскими сторонниками шведов во главе с гетманом Любомирским. Затем он был выдан российской стороне и после учиненного с обычной для петровских времен жестокостью дознания сослан в Сибирь.
Шведский король Карл XII.
Иван Мазепа не только избавился от популярного в народе соперника, но фактически стал хозяином всей Правобережной Украины. Против этого Петр I не возражал. Войска его союзника, польского короля Августа II, были разбиты еще в 1702 году, и Карл XII, заняв Варшаву и Краков, летом 1704 года посадил на престол Речи Посполитой своего ставленника Станислава Лещинского. В такой ситуации, при том, что российские войска противостояли шведам в Прибалтике и Белоруссии, Петр был заинтересован, чтобы Украина западнее Днепра, формально не включаясь в состав его царства (во избежание конфликта с союзными ему силами в Польше), находилась в руках доверенного человека, каковым в то время и являлся И. Мазепа.
Таким образом, летом 1704 года И. Мазепа объединил под своей властью Левобережную и Правобережную Украину, причем вассалом Москвы он был лишь как гетман первой из них, тогда как в качестве правителя второй был вполне самостоятельным. Благодаря этим мероприятиям Гетманская Украина фактически была восстановлена в тех границах, в которых она существовала при Б. Хмельницком.
В ходе успешных военных действий 1705 и 1706 годов против польских сторонников Карла XII Мазепа укрепил свои позиции на Волыни и Подолии, не забывая подносить щедрые подарки царю. Однажды он прислал Петру тысячу лошадей, крайне необходимых для продолжения войны со Швецией. Не скупился и царь: И. Мазепа одним из первых в российской державе был удостоен ордена Андрея Первозванного, ему во владение были пожалованы Крупицкая волость и Севский уезд.
В годы своего правления И. Мазепа, человек высокого художественного вкуса, музицировавший и сам слагавший лирические песни, первостепенное внимание уделял развитию образования и украшению городов Украины великолепными, богато декорированными постройками, главным образом храмами, в стиле украинского барокко. Своеобразные эстетические пристрастия позволяют говорить об особом, «мазепинском» стиле в этом направлении.
Особенно интенсивно в период гетманства Ивана Мазепы развивался Киев как церковный и образовательный центр Украины, в полной мере выступая духовной и культурной столицей страны. И. Мазепа, в прошлом ученик Киево-Могилянской коллегии, гораздо больше своих предшественников заботился о состоянии города и его жителей, разбирал жалобы киевлян, проявляя при этом незаурядную находчивость. Как-то во время очередного приезда в Киев гетман рассматривал тяжбу киевлян и монахов Межигорского монастыря по поводу прав на владение горой Юрковицей. Документы, подтверждавшие законность претензий той или другой стороны, исчезли в годы Руины, а надежных свидетелей найти не удавалось. Тогда И. Мазепа поставил вопрос иначе: чей кабак был на горе — монастырский или городской? Все хорошо помнили, что кабак был городской. Следовательно, рассудил гетман, и гора принадлежала городу. И закрепил ее за Киевом.
