В. И. Вернадский старался привлечь к работе по организации Академии М. С. Грушевского, кандидатура которого рассматривалась как основная на пост ее президента. Их концепции создания академии в Украине различались. Грушевский исходил из структуры западноевропейских академий и обращался к опыту прекрасно поставленного им Научного общества им. Тараса Шевченко во Львове. Но общество это не было приспособлено к работе в области других дисциплин — математики, естествознания и прикладных наук. Возражал Михаил Сергеевич и против организации академии при гетмане, которого называл «узурпатором» и отмечал, что «сейчас у украинцев нет достаточных научных сил и придется обращаться к другим». Вернадский, возражая М. С. Грушевскому, говорил, что он не считается с политической конъюнктурой, поскольку убежден, что ученые в этот тяжелый момент обязаны вести свою политику. Академия наук, создаваемая в начале XX века, не может строиться по уставам и типам старых академий. Она должна состоять из ученых, занимающихся наукой как делом своей жизни, в свою очередь признаваемым государством государственно важным делом.
М. С. Грушевский с коллегами настаивал на такой академии, которая обеспечит чисто национальный характер ее деятельности, считая необходимым «при утверждении ее действительных членов давать присягу на верность УНР». На что В. И. Вернадский отвечал: создание украинской академии — дело не только украинцев, но и русских, поскольку историческим фактом является совместное сожитие и участие украинцев в создании русской культуры за последние два столетия. Пророческими стали его слова: «Я так верю в будущее украинской культуры и украинского языка!.. С ходом времени в этих рамках, не враждебных русской культуре, украинский язык и украинская культура вырастут».
Однако выдающийся историк и бывший председатель Центральной Рады Михаил Сергеевич Грушевский все же отказался возглавить создаваемую Академию наук.
13 ноября 1918 года Совет Министров утвердил смету Академии, а на следующий день по приказу гетмана состоялось назначение ее первых действительных членов. В их числе был и В. И. Вернадский, 27 ноября избранный первым президентом Академии наук. Тогда же Владимир Иванович сказал: «Надо вести исследования не по национальному принципу, а в полном, широком общечеловеческом масштабе». И добавил: «Академия должна способствовать росту украинского национального самосознания и украинской культуры».
Пришедшие к власти лидеры Директории ничего не имели против учреждения Украинской академии наук и не мешали ее работе. Однако едва налаженная при П. П. Скоропадском нормальная административно-культурная жизнь рухнула. По всей Украине усиливался хаос и бандитизм, разгоралась гражданская война. С востока на Киев опять накатывался красный вал большевистского террора, противостоять которому Директория не смогла.
В начале февраля 1919 года большевики взяли Киев. На представителей интеллигенции обрушились репрессии. Угроза нависла и над президентом Академии наук. Чтобы не искушать судьбу, он переехал на биостанцию под Киевом. В конце августа большевики, потерпев поражение от белых на всем пространстве от Волги до Днепра, оставили город. На смену им пришли деникинцы.
Но если приход в Киев белых войск не угрожал лично В. И. Вернадскому, то существование Украинской академии наук, которую А. И. Деникин однозначно связывал с идеей украинской государственности, оказалось под угрозой, поскольку деникинцы вообще не признавали никаких украинских учреждений. Осенью 1919 года Владимиру Ивановичу и его коллегам пришлось предпринимать огромные усилия по сохранению Академии наук.
В. И. Вернадский отправляется в ставку командования Добровольческой армии в Ростов-на-Дону. 19 сентября ему удалось добиться ее сохранения под названием «Академия наук в Киеве».
24 сентября ученый вернулся в Киев. Однако в ближайшие недели белые силы, предпринявшие наступление на Москву, были разбиты, и деникинский фронт рухнул. Началось стремительное бегство разрозненных частей Добровольческой армии к черноморским портам. Над Киевом и лично над В. И. Вернадским, сумевшим договориться с А. И. Деникиным, нависла серьезная опасность.
Оставив дела Академии ее бессменному академику-секретарю Агатангелу Крымскому, умевшему удивительным образом договариваться со всеми властями, В. И. Вернадский через Полтаву добрался до Ростова, а оттуда — в Екатеринодар и в Крым. В январе 1920 года Владимира Ивановича свалил свирепствовавший в Крыму сыпной тиф, от которого он оправился лишь к весне.
Власть в Крыму находилась в руках барона П. Н. Врангеля, сумевшего организовать оборону против красных. На несколько месяцев жизнь на полуострове стабилизировалась. 18 марта 1920 года В. И. Вернадский возглавил кафедру минералогии недавно открытого Таврического университета, в котором собрались выдающиеся ученые и мыслители Н. И. Андрусов, В. А. Обручев, В. И. Лучицкий, С. Н. Булгаков, Л. И. Шестов, бежавшие от большевиков из Петрограда, Москвы и Киева. В сентябре 1920-го В. И. Вернадского избрали ректором этого университета.
Однако шансы на то, что белый Крым выстоит в борьбе с большевиками, с каждым днем уменьшались. 7 ноября Красная армия прорвала оборону врангелевских войск в районе Перекопа и Сиваша. Началась массовая эвакуация. Сын В. И. Вернадского Георгий как член правительства Юга России вынужден был эмигрировать. Возможность выехать на Запад была и у Владимира Ивановича, но он не представлял себе дальнейшей жизни за пределами своей страны, поэтому решил остаться. Он и при большевиках некоторое время исполнял обязанности ректора Таврического университета.
После окончательной победы красных в гражданской войне пребывание в Симферополе теряло смысл, и в феврале 1921 года Вернадский отправился в Москву, откуда вскоре перебрался в Петроград. В июле 1921 года Вернадского арестовали. В его доме был проведен обыск. Количество книг привело чекистов в изумление и некоторое негодование. Пребывание в тюрьме оказалось недолгим: помогли друзья Вернадского.
В начале 1922 года Владимир Иванович был утвержден в должности директора Государственного радиевого института. Вскоре ему удалось получить разрешение на длительную командировку за границу. 8 июля 1922 года он прибыл в Париж. В 1922–1926 годах В. И. Вернадский читает курс геохимии в знаменитом парижском университете Сорбонна, преподает в Карловом университете в Праге и ведет обширную научно-организационную работу. Его слава как ученого-универсала и глубокого мыслителя быстро разносится по Европе. Благодаря финансовой поддержке фонда Розенталя Вернадский получил возможность проводить исследования по собственному усмотрению, не опасаясь вмешательства многочисленных вышестоящих учреждений и комиссий.
Возвращение на родину в 1926 году в ближайшие годы не помешало новым зарубежным поездкам (в Германию, Чехословакию, Францию, Нидерланды, Англию, Норвегию). Везде он встречал радушный и уважительный прием. Его новое учение о жизни нашей планеты мало кто понимал в полном объеме, тем не менее ведущие научные умы неизменно признавали его глубину и перспективность. Никогда ранее единство всех сфер жизни планеты Земля еще не получало столь глубокого концептуального осмысления.
В. И. Вернадский деятельно участвовал в жизни не только Российской, но и Украинской академии наук. В мае 1928 года он вновь приехал в Киев для участия в выборах нового президента ВУАН. Тогда он в последний раз встретился со своим старым другом Н. П. Василенко, уже пропущенным сквозь жернова репрессивных органов.
К этому времени Вернадский был академиком не только Российской и Украинской академий наук, но также членом-корреспондентом Парижской академии, иностранным членом Чехословацкой и Югославской академий, Немецкого химического общества, Геологического общества Франции, Минералогических обществ США и Германии. В сентябре 1928 года под руководством В. И. Вернадского была создана Биогеохимическая лаборатория в Ленинграде, деятельность которой расширила горизонты понимания единства процессов, происходящих на нашей планете.
