Война разделила горожан на сторонников царя и тех, кто остался верным своему королю и государству. Статуту ВКЛ, Магдебургскому праву. Мещанство тоже несло огромные человеческие потери. Пришла в полный упадок внутренняя и внешняя торговля. Рынок наводнили обесцененные московские медные деньги. Торговля была обложена царской пошлиной, однако традиции самоуправления в городах ВКЛ царская администрация вынуждена была все же сохранить, а также подтвердить права городов на окружающие деревни, купленные в прежние времена за ратушные деньги.

Длительная война, колоссальные разрушения и материальные потери подорвали казну ВКЛ и Польши. Войскам перестали платить деньги. В июле 1661 года образовалась конфедерация части польских войск, которая отказалась подчиняться королю. (Вторую группировку возглавил С. Чарнецкий, сохранивший верность королю). А в сентябре 1661 г. создало конфедерацию также и войско ВКЛ во главе с Жеромским и Котовским, из 22 тысяч воинов в него вошли 12310, в основном наемники из европейских стран, а также татарская хоругвь. Конфедераты отказались воевать, пока не получат заработанных денег. Вскоре Жеромского и Гонсевского убили солдаты (вместо Гонсевского польным гетманом стат Михаил Пац). После выплаты долга (19 млн. злотых) конфедерация 21 июля 1663 года была распущена.

Московский гарнизон в Старом Быхове с лета 1661 года осаждали казаки полковника Дениса Мурашки, стоявшие лагерем в Баркулабовском монастыре. По реляции царю от коменданта замка полковника Гохварта, его солдаты «голод и нужды всякие терпели, и траву, и лебеду, и мокрицу, и лошадиное мясо, и сырые говяжьи кожи, варя, ели». Осада кончилась тем, что 1 декабря 1661 года к Быхову подошло войско Речи Посполитой численностью около 7 тысяч солдат под командованием С. Чарнецкого. Через несколько дней, видя полную безнадежность своего положения, гарнизон капитулировал.

Теперь дела захватчиков шли плохо. В ноябре 1661 года война прекратилась (до мая 1662 г.), так как появилась надежда на мирные переговоры. Они состоялись весной 1662 года, но окончились безрезультатно, удалось договориться только об обмене военнопленными. Однако ресурсы обеих сторон были истощены. Московиты постепенно покидали разоренную Литву — провианта и фуража не было нигде.

На Подвинье войска Речи Посполитой вели бои под Витебском и Полоцком. 9 июля 1662 года после двух лет осады сдался московский гарнизон в Борисовском замке, а в середине декабря — гарнизон в Усвятах.

В 1663-64 гг. происходили бои местного значения. Отряды московских войск действовали под Могилёвом, Витебском и Полоцком, возле полуразрушенных Шклова и Копыси. Войско Хованского снова потерпело поражение под Витебском, который был окружен войсками Речи Посполитой.

1 июня 1664 года в Дубровичах на Смоленщине, в районе между Красным и Зверовичами, начались мирные переговоры. Представители Речи Посполитой настаивали на заключении «вечного мира» по образцу Поляновского договора 1634 года, но Москва не приняла таких условий. Переговоры прервались, возобновились в августе, а в сентябре были отложены до 1665 года.

В апреле 1666 года в деревне Ануфриево около Мстиславля мирные переговоры возобновились. Они происходили во время рокоша Ежи Любомирского против короля, чем воспользовались московские представители. Они попытались диктовать свои условия, выступая в роли победителей. Но представители Речи Посполитой отвергли наглые московские требования и уехали домой.

Летом 1666 года группа войск под командованием Я. К. Черкасского, И. С. Прозоровского и И. А. Воротынского заняла Шклов и Копысь, сделала попытку взять Могилёв, но безуспешно. Воевода Яков Черкасский погиб под Могилёвом. Вскоре после этого эпизода война прекратилась окончательно.

Формальным завершением войны стало подписание в январе 1667 года перемирия в селе Андрусово (под Смоленском), сроком на 13,5 лет (до июня 1680 г.).

По его условиям за Москвой остались Смоленское воеводство, поветы Стародубский и Черниговский, а также территория от Путивля до Днепра. Речь Посполитая вернула себе Витебское и Полоцкое воеводства, Ливонию (Инфлянты), правобережную Украину.

«Вечный мир» был подписан 26 апреля (6 мая) 1686 года. По нему Речь Посполитая дополнительно вернула себе города Велиж, Невель и Себеж, земли вдоль Сожа, а Москва сохранила Киев.

И еще одно обстоятельство. По условиям «вечного мира» Московия получила формальное право защищать православную веру в Речи Посполитой от «обид» со стороны католического костёла и властей Республики. Это была настоящая «мина замедленного действия». Но «взорвалась» она нескоро, через 82 года, в связи с движением барских конфедератов.

Так окончилась эта долгая кровопролитная война. Погром был чудовищный. Население ВКЛ сократилось с 3,864 млн. чел. до 1,994 млн. чел. — почти вдвое (на 48,4 %). Особенно сильно пострадали восточные поветы Великого Княжества: Полоцкий, Мстиславский, Оршанский, Минский, Витебский, Речиикий, Мозырский.

Так, в Витебском повете в запустении пребывало 74 % ранее обрабатывавшейся земли; в Мстиславском повете — около 70 %. В Борисовской волости, к примеру, через 10 лет после войны на 19 деревень имелось только 14 заселенных дворов! В местечке Поставы и в трех ближайших к нему деревнях в 1672 году жило всего-навсего 5 семей. Целое столетие здесь не могло восстановиться ни население, ни хозяйство. Если до войны в Могилёве было свыше двух тысяч ремесленников, то даже к 1745 году их количество не достигло и одной сотни!

Вот что принесли нашим предкам московские завоеватели во главе со своим царем Алексеем Михайловичем, этим «добрейшим человеком, славной русской душой» (по характеристике В. О. Ключевского).

Однако царь и его правительство не добились своих главных целей: не смогли присоединить к Московскому государству ВКЛ и Правобережную Украину; потерпела крах идея приобрести новые земли для бояр и дворян; царь Алексей Михайлович не стал королем Речи Посполитой. Полным провалом завершилась попытка казацкой старшины присоединить земли в бассейне Днепра и Сожа.

Кровавый московский «потоп» причинил колоссальный демографический и экономический ущерб ВКЛ, он также «смыл» всю традиционную местную культуру. Вот что пишет по этому поводу доктор исторических наук Павел Терешкович:

«Она (война) стала своеобразным водоразделом в истории беларуского народа. До нее — Всеслав, Евфросиния, Грюнвальд, государственный статус языка, Скорина, Будный, Тяпинский, Статуты Великого княжества Литовского, после нее — многовековая, не закончившаяся до сих пор изнурительная борьба за право «людзьмі звацца», называть свой народ народом, язык — языком, говорить на нем, писать и печатать книги, учить на нем детей».

Именно «потоп» середины XVII века «открыл шлюзы» для целенаправленной полонизации Литвы и Руси, т. е. Западной и Восточной Беларуси. Конечный результат войны оказался прямо противоположным целям агрессии Алексея Михайловича и Богдана Хмельницкого.

Разумеется, московские авторы и наши местные «янычары» категорически отрицают тот факт, что война царя Алексея Михайловича была войной на истребление. Так, в 2012 году минский издатель А. Н. Вараксин выпустил тиражом 350 экземпляров небольшую книжку краеведа из Столинского района Михаила Шелехова «За веру и волю» (104 страницы). Ее автор утверждает, что «русские» (так он называет тогдашних московитов) вторглись на наши земли исключительно для того, чтобы «освободить» братьев по крови и вере от польско-литовского гнета! Вот такие добровольные холуи Москвы («янычары») продолжают «пудрить мозги» соотечественникам даже в XI веке!

Я больше доверяю свидетельству непосредственного участника тогдашних событий Могилевского шляхтича Константина Поклонского. Как было сказано выше, поначалу он изменил своему Отечеству. Однако уже через полгода (5 февраля 1655 г.) восстал против царя. Вот строки из его письма: