Полномасштабная католическая реставрация началась после того, как иезуит Петер Пазмань был назначен архиепископом эстергомским (1616 г.). Он родился в кальвинистской семье и был обращен в католичество иезуитами, в чьей школе он получил блестящее образование. Будучи профессором Грацского университета (1603—1607), он познакомился с Фердинандом Штирийским, который позднее, став императором Фердинандом II, поддерживал деятельность Пазманя по рекатолизации Венгрии. Поначалу Пазмань сосредоточился на издании теологической и полемической литературы, чтобы отобрать инициативу у протестантов. Он писал многочисленные сочинения на венгерском и атаковал протестантов с помощью логики и сатиры. Под его влиянием, подкрепленным вознаграждением от Габсбургров, тридцать ведущих магнатских семейств обратились в католическую веру, в том числе Жигмонд Форгач, Адам Баттяни и члены семей Реваи, Хомоннаи Другет, Палфи и др. Пазмань стремился повысить уровень католического приходского духовенства. Чтобы местное духовенство могло получить более высокое теологическое образование он в 1619 г. создал при теологическом факультете Венского университета общежитие для студентов из Венгрии, которое получило имя Пазманеум. С другой стороны, он использовал все свое влияние, чтобы протестанты в Венгрии не смогли открыть своего университета, из-за чего студентам-протестантам приходилось отправляться за получением образования за границу. Но и в этом случае им нередко приходилось добиваться соответствующего разрешения. Сходным образом Пазмань и его преемники проводили в жизнь распоряжение, изданное в 1579 г. Рудольфом II, согласно которому для того, чтобы установить печатный станок, требовалась особая королевская лицензия, а также другие законы, запрещавшие издание, ввоз, распространение или даже хранение «еретических» книг.

Обращение в католичество влиятельных магнатов оказало воздействие на большинство дворянства, хотя часть среднего дворянства осталась верна протестантизму. Магнаты могли разрешать имущественные споры и, будучи патронами отдельных церквей на своих землях, принимать окончательное решение о назначении священника или проповедника. Постепенно они поменяли протестантских пасторов на католических священников и конфисковали, не останавливаясь перед применением силы, церковные здания и школы в местах проживания лютеран и кальвинистов, в особенности в юго-западных словацких землях. К тому же венский двор предоставлял им полную поддержку и вознаграждал их усилия по рекатолизации должностями и собственностью. Тем не менее рекатолизация поначалу встречала решительное сопротивление со стороны протестантской оппозиции, которая опасалась, что бездетного императора Матиаса I (как венгерский король Матвей II. — Прим. пер.) на венгерском престоле сменит Фердинанд Штирийский, который уже осуществлял католическую Контрреформацию в подвластных ему землях.

Когда разразилась Тридцатилетняя война (1618—1648), Трансильванское княжество, которым с 1613 г. правил Габор Бетлен, оказалось решающим фактором, влиявшим на развитие габсбургской Венгрии. В планы Бетлена входило усилить независимость Трансильвании и распространить свое военное и политическое влияние на Королевскую Венгрию. В 1619 г. он установил связь с мятежными чешскими сословиями. Представители протестантской оппозиции в Венгрии, возглавляемые Дёрдем I Ракоци, торопили Бетлена предпринять военную кампанию против Вены. Имре Турзо и некоторые другие дворяне тайно вели переговоры с чешскими сословиями о возможности совместных действий. Было очевидно, что в это время у Фердинанда II в Венгрии оставалось не много сторонников.

26 августа 1619 г., в тот самый день, когда чешские сословия выбрали кальвиниста Фридриха Пфальцского своим королем, Габор Бетлен при поддержке османов предпринял свой первый поход на Венгрию. 20 сентября 1619 г. он торжественно вступил в Кошице, где его приветствовали как защитника протестантизма. Большинство венгерского протестантского дворянства и многие католические магнаты, включая палатина Жигмонда Форгача и хранителя короны Петера Перени, перешли на его сторону. В начале октября 30-тысячная армия Бетлена взяла Трнаву, а в следующем году после ожесточенного сражения захватила Братиславу. Теперь объединенная армия чешских, моравских и венгерских сословий угрожала Вене. В период подготовки наступления на имперскую столицу Дёрдь (Юрай) Хомоннаи Другет с частями, набранными в Польше, вторгся в восточную Словакию и отрезал связи Бетлена с Трансильванией. Бетлену, чтобы сдержать Другета, пришлось отозвать свою армию от Вены, и возможность решающего сражения с Фердинандом II была упущена. В январе 1620 г., после того как представители императора тайно пообещали Бетлену большие территориальные и политические уступки, он заключил перемирие с императором.

Соглашение позволило Фердинанду сосредоточить свои военные силы на подавлении чешского восстания. Опираясь на текст перемирия, Бетлен созвал в Банской Быстрице сейм венгерских сословий. К ходу сейма было приковано внимание как внутри страны, так и за рубежом. Помимо представителей Фердинанда II, в Банску Быстрицу прибыли французские, польские, турецкие, моравские и силезские эмиссары, отчеты о ходе переговоров публиковались за пределами королевства, в том числе в Англии, в английских переводах. Однако мирные переговоры вскоре закончились провалом. Это взбудоражило сторонников Трансильванского княжества в рядах участников сейма. 25 августа 1620 г., по совету турецкого султана, сословия выбрали Габора Бетлена королем Венгрии. Но целью Бетлена было усиление Трансильвании. Чтобы не возводить преград на пути заключения мира с Фердинандом II, он отказался от предложенной ему короны. Ряд законов, принятых сеймом в Банской Быстрице были явно направлены против растущего влияния католического клира и иезуитов. Вдобавок к ограничению числа епископов тремя (Нитры, Дьёра и Эгера), иезуиты и архиепископ эстергомский Петер Пазмань подлежали изгнанию из королевства. Ряд статей ограничивал некоторые церковно-правовые функции католической церкви и секуляризировал ее собственность.

После окончания срока действия перемирия в сентябре 1620 г. борьба между армией Бетлена и имперскими войсками под командованием генерала Анри Дюваля Дампьера возобновилась, прежде всего вдоль австро-венгерской границы и вокруг Братиславы. Вовлечением обеих сторон в боевые действия воспользовался будайский паша, который в ноябре 1620 г. захватил Вац.

Битва при Белой Горе в ноябре 1620 г. решила судьбу чешского восстания и ознаменовала собой новый этап в конфликте между Габсбургами и Бетленом. Весной 1621 г. армия Фердинанда II перешла в контрнаступление, освободила Братиславу, затем взяла Трнаву и оккупировала Нитру. В конце мая началась осада Новых Замков, но 10 июля 1621 г. Бетлен нанес имперским войскам решительный удар. После этой неудачи Фердинанд II все больше склонялся к мирному разрешению конфликта. Бет лену приходилось считаться с мнением большинства венгерского дворянства, требовавшего покончить с войной. Переговоры, проходившие между сторонами, увенчались 6 января 1622 г. подписанием мирного договора в Микулове (Никольсбурге). Фердинанд даровал Бетлену титул имперского герцога и передал ему герцогства Ополе и Ратибож в Силезии. Фердинанд также признал суверенитет Бетлена над семью венгерскими комитатами на северо-востоке страны, включая Земплин, Абовновоград, к которому относился город Кошице. Однако эти территориальные приобретения и титулы не были наследственными и после смерти Бетлена переходили к Венгрии. Со своей стороны, Бетлен отказывался от титула короля Венгрии и освобождал все замки и крепости, которые он захватил в ходе военной кампании. Мятежное венгерское дворянство удалось успокоить всеобщей амнистией и подтверждением всех прав и привилегий, предоставленных им в 1606 и 1608 гг.

Для честолюбивого Бетлена Микуловский мир не был препятствием для возобновления военных действий против Фердинанда II. В 1623 г. в качестве союзника Фридриха Пфальцского и германских протестантских государей он предпринял новую военную кампанию. В течение месяца Бетлен оккупировал Словакию и в начале ноября окружил имперские войска в укрепленном лагере близ Годонина в Моравии. Однако с приближением зимы османские союзники отговорили его от продолжения осады. Бетлен удовольствовался новым договором, заключенным в Вене, который в общих чертах повторял условия Микуловского мира двухлетней давности. После неудачной попытки сватовства к дочери Фердинанда II, ради чего он даже был готов перейти в католичество, в 1626 г. в Кошицах Бетлен женился на Катарине Бранденбургской. Этот брак связал его с антигабсбургским союзом в составе Англии, Дании, Голландии и Швеции. В конце 1626 г. армия Бетлена пересекла Словакию с востока на запад, чтобы прийти на помощь остаткам армии протестантского герцога Мансфельда, который после поражения при Дессау в Силезии бежал от частей имперского военачальника Альбрехта Венцеля Валленштейна. На этот раз призыв Бетлена к словацким комитатам и городам остался практически без ответа, и только будайский паша Муртаза оказал ему некоторую помощь. В начале октября 1626 г. части Мансфельда соединились с отрядами Бетлена под Сеченем. Валленштейн, чьи войска загнали Мансфельда в Венгрию, не имел сил дать Бетлену решающее сражение. После нескольких недель, в течение которых солдаты занималась грабежами и разбоем, имперская армия вернулась в Австрию.