Даже после внезапного ухода татар летом 1242 г. обстановка продолжала оставаться неблагоприятной. Следующей зимой в стране разразился голод, так как из-за татарского нашествия крестьяне не обработали свои поля. Возвращение короля Белы IV было осложнено конфликтом с австрийским герцогом Фридрихом Бабенбергом, который вторгся в юго-западную Словакию и дошел до Глоговца. Однако комитатским войскам Нитранской и Тренчинской жуп удалось нанести ему поражение. В стране царил страх перед возможным возвращением татар. Бела IV сам выступил с инициативой перестроить старинные замки в каменные, разрешил и венгерским магнатам строить в своих владениях прочные каменные замки. В обезлюдевшую страну король пригласил из-за рубежа госпитов, главным образом из германских стран.

После смерти австрийского герцога Фридриха Бабенберга в 1246 г. между Арпадами и королями чешской династии Пржемысловичей началась затяжная борьба за бабенбергское наследство. Кульминацией этой борьбы явилась битва при Кройссенбрунне в 1260 г., когда Пржемыслу Отокару II удалось наголову разбить венгерское войско. Потерпев поражение, Бела IV отказался от притязаний на бабенгергское наследство, с чем, однако, не согласился его старший сын Стефан, который в 1259— 1260 гг. был штирийским герцогом. В 60-е годы Стефан прилагал усилия занять место соправителя. Заключенный в 1262 г. в Братиславе договор дал ему возможность получить титул младшего короля и в придачу удел в восточной части Венгрии (половину королевства, включая восточную Словакию и Спиш). Здесь Стефан действовал как абсолютно суверенный правитель и перестал подчиняться воле своего отца.

Сразу же по воцарении на королевском троне Стефан V (1270—1272) возобновил борьбу за бабенбергское наследство. Под предлогом расплаты за нападение половецкой конницы чешский король Пржемысл Отокар в апреле 1271 г. вторгся в юго-западную Словакию, где захватил замки Девин, Пайштун и Братиславу и приказал построить деревянный мост через Дунай. Прежде чем двинуться в Задунавье, он стал наступать в направлении Трнавы и далее к Нитре, которую захватил и сжег, затем дошел до Грона. В битве при Мошони 21 мая Пржемысл одержал маловыразительную победу. Впоследствии между воюющими сторонами был заключен в Вене мирный договор, по которому Стефан V отказался от притязаний на Австрию.

Напряженность в отношениях между Венгрией и Чешским королевством продолжалась и после безвременной кончины Стефана, когда на королевский трон взошел его 9-тилетний сын Ладислав IV (1272—1290). По распоряжению придворных кругов дикая половецкая конница в феврале 1273 г. совершила опустошительный набег на Моравию и Австрию. Ответной акцией в мае явилось нападение мораван, которые снова выбрали мишенью Нитру, захватили ее и разгромили. Кроме всего прочего сгорел и епископский кафедральный собор вместе с архивом. В конце июля в Венгрию вторгся и король Пржемысл во главе 60-тысячного войска и, не встретив более или менее серьезного сопротивления, вновь дошел до самого Вага. В сентябре 1273 г. он опять переправился через Дунай и прошел до Сомбатхея. Решающего сражения не произошло, потому что горское войско избегало открытой схватки. Получив известие, что германским королем избран Рудольф Габсбург (1 октября 1273), Пржемысл отвел войска из Венгрии. Однако во многих местах западного пограничья, в том числе в Братиславе, он оставил свои гарнизоны. Затянувшаяся взаимная вражда между Пржемыслом Отокаром II с одной стороны и Рудольфом Габсбургом и его союзником Ладиславом IV закончилась битвой на Моравском поле 26 августа 1278 г., в которой чешское войско было полностью разбито, а Пржемысл погиб в бою. Наследство после Бабенбергов досталось, однако, не Арпадам, а Рудольфу Габсбургу, который передал австрийские земли своему сыну Альбрехту.

Венгрия не извлекла никакой выгоды из своих внешнеполитических успехов. Король Ладислав и по достижении совершеннолетия не мог управлять страной. В Венгрии все большее влияние получала магнатская клика, представители которой один за другим сменялись на высших постах при дворе и награждали себя прежде всего беспрепятственным расхищением королевской казны и имуществ. Король все чаще вступал в вооруженные конфликты с представителями отдельных магнатских родов и не колеблясь призывал на помощь в качестве союзников даже татар, которых войска магнатов побеждали без особых проблем. Под конец своего правления Ладислав IV часто сбегал в лагеря половцев, размещавшиеся в восточных районах страны. В Венгрии ширилась анархия, языческие нравы, и наступило всеобщее обнищание. В такой обстановке процветали только олигархи, которые в то время планомерно создавали обширные земельные домены и действовали в них как совершенно независимые властители. В восточной Словакии такого положения достиг Омодей из рода Аба, а в юго-западной Словакии все заметнее утверждался напористый род Чаков.

После неожиданной смерти Ладислава IV (его убили половцы) венгерскими сословиями был избран новым королем последний мужской представитель династии Арпадов Андрей III (1290—1301). Все годы своего правления он пытался консолидировать упавший престиж королевской власти. Но кроме отечественных противников, он был вынужден бороться за свое признание и с Габсбургами, и с римской курией. Его главным внутренним противником стала олигархическая группа магнатских родов, еще в предыдущий период сосредоточивших в своих руках обширные земельные владения, в которых они действовали как абсолютно независимые сюзерены. На территории Словакии доминирующее положение заняли роды Чаков и Омодея Абы. Король Андрей намеревался ограничить власть наиболее влиятельных магнатских родов и целенаправленно поддерживал среднее и мелкое дворянство. В 1298 г. он созвал государственный совет, на котором были приняты постановления, регулирующие отношения между высшими слоями тогдашнего общества и усиливающие королевскую власть. Однако реализации этих замыслов помешала олигархия, не заинтересованная в консолидации обстановки в стране. В это время часть ее открыто противопоставила себя королю и выступала в пользу антикороля Карла Роберта, внука неаполитанского короля Карла II и Марии Венгерской. Когда Андрей III в январе 1301 г. скоропостижно умер, завязалась борьба за престолонаследие.

На протяжении XIII в. территория Словакии с точки зрения ее заселенности претерпела значительные изменения. Кроме традиционно густонаселенных областей, произошла колонизация предгорных и горных районов. Даже татарское нашествие не повлекло за собой столь сокрушительных последствий в возвышенных местностях, где было больше шансов спастись, да по сути дела и сами татарские конники старались обходить их стороной. Предполагают, что в середине XIII в. на территории Словакии существовало около 1500 деревень и поселков. Их число, благодаря внутреннему и внешнему дополнительному заселению, возросло, и в конце XIII в. численность населения на территории современной Словакии предположительно составляла 300 000 человек.

Преобладающим этносом по-прежнему оставались словаки. На юге Словакии в компактных анклавах проживали венгры, а в некоторых местах и смешанное население, которое подвергалось естественной ассимиляции преобладающим в данном месте этносом. Этнический облик Словакии стал еще более пестрым после прихода немцев, которые уже в начале XIII в. жили в Спише, в банскоштявницкой области, в Братиславе и в западной части Житного Острова. После татарского нашествия их численность увеличилась, так как приглашенные королем госпиты колонизовали местности, наиболее обескровленные татарами. Они осели главным образом в районе Малых Карпат, в среднесловацкой рудной области и в среднем и нижнем Спише. Немецкие колонисты стали преобладающим слоем и во всех более или менее значительных средневековых городах. Их численность, однако, никогда не превышала одной пятой от общей численности населения Словакии.