Словаки с первого дня войны участвовали в ней на обеих сторонах: словацкая армия вместе с немецкой участвовала в нападении на Польшу, за что Словакии были возвращены территории, отторгнутые у неё в 1920 и 1938 гг. Однако словаки находились и в рядах первой заграничной чехословацкой воинской части, организованной в Польше летом 1939 г. В Польшу улетело несколько словацких летчиков, а в гарнизонах, мобилизованных для участия в войне, произошли открытые бунты. Словаки сражались в чехословацких воинских частях во Франции, на Ближнем Востоке, в Северной Африке, участвовали в воздушных боях за Англию, а после 1941 г. — в чехословацких частях, созданных в Советском Союзе. Организация этих воинских частей, сражающихся на стороне союзников, помогла Эдварду Бенешу, эмигрировавшему после Мюнхена, создать сначала в Париже, а потом в Лондоне центр чехословацкого Сопротивления, а вскоре даже и эмигрантское правительство, и добиться его признания со стороны союзников по антигитлеровской коалиции.

В лондонском руководстве Сопротивления были представлены и словаки. Попытки части словацких политиков, группировавшихся вокруг бывшего председателя правительства Милана Годжи, создать чисто словацкий политический центр в эмиграции успеха не имела. Союзники включили восстановление Чехословакии в число своих военных целей, Москва также в интересах сохранения важной для неё антигитлеровской коалиции затормозила агитацию за «советскую Словакию». Заграничное руководство КПЧ ориентировало словацких коммунистов на восстановление Чехо-Словакии. Послевоенное положение Словакии таким образом уже летом 1941 г. прорисовывалось четко: в случае победы союзников — восстановление Чехо-Словакии, пока с неопределенным внутренним устройством; в случае победы Германии — судьба, рамки которой определяла политика нацистов в отношении остальных славянских народов.

Переломным для режима и Сопротивления был 1943 год. Упоение созданием собственного государства испарилось, режим ослаблялся внутренней борьбой, компрометировал себя аризацией, но, прежде всего, неспособностью дать населению ясную послевоенную перспективу. В то время как правительства Венгрии, Румынии могли искать выход из обозначившегося поражения Германии, «выскочив» из войны, судьба Словацкой республики оказалась неразрывно связанной с судьбой гитлеровской империи. Сторонники режима начали от него дистанцироваться, активисты все чаще попадали в изоляцию. Словацкая армия на советско-германском фронте также находилась в состоянии разложения. Охранную дивизию, находившуюся в Белоруссии и на Украине, немцы в виду неблагонадежности солдат и офицеров и их дезертирства к партизанам, в конце концов, передислоцировали как строительную часть в Италию. Элитная «Быстрая дивизия»[88], которая в 1942 г. дошла вплоть до Кавказа, во время отступления на Украине имела столько перебежчиков, что из них в чехословацкой воинской части в СССР была организована самостоятельная парашютно-десантная бригада.

В конце 1943г. коммунисты и некоторые гражданские группы Сопротивления подписали так называемое Рождественское соглашение. Они создали совместный орган Сопротивления — Словацкий национальный совет (СНС). Коммунистов представляли в СНС Карол Шмидке, Густав Гусак и Ладислав Нрвомеский, гражданский блок — Йозеф Леттрих, Ян Урсини и Матей Йоско. Вскоре СНС был расширен путем включения представителей других групп Сопротивления. Совет должен был координировать деятельность гражданских групп и участников сопротивления в словацкой армии; главной целью была подготовка восстания как вспомогательной акции фронту союзников.

План восстания исходил из продвижения советских войск в направлении Карпат, в подходящий момент словацкая армия должна была открыть фронт и дать возможность советской армии быстро продвинуться через Словакию к предместьям Вены. Военное восстание готовил нелегальный Военный центр, который сотрудничал с СНС, но руководствовался также указаниями президента Бенеша из Лондона. Возглавлял Военный центр подполковник Ян Голиан, начальник штаба сухопутных войск в Банской Быстрице. Аналогичный план разработал самостоятельно также министр национальной обороны Словацкой республики генерал Ф. Чатлош.

Условием успеха восстания была координация действий с советским командованием, чего стремилась достичь летом 1944 г. делегация СНС, переправленная самолетом в Москву. Однако события в Словакии опередили стратегическое планирование. Советское командование направляло в 1944 г. в Словакию многочисленные десанты с задачей развертывания партизанской борьбы. В тревожной атмосфере к ним присоединялись сотни и тысячи гражданских лиц и военнослужащих; партизанские отряды разрастались, кроме проведения диверсионных и террористических акций против коллаборационистов и немцев, они начали занимать целые села и районы. Братиславское правительство было бессильно против них, его силовой аппарат, армия, жандармерия, не оправдали надежд. 29 августа 1944 г. с согласия президента Тисо немецкие части начали оккупацию Словакии. Нелегальный Военный центр отдал приказ командирам частей, участвовавшим в подготовке восстания, оказать сопротивление немцам. Началась двухмесячная борьба, которая вошла в историю Словакии как Словацкое национальное восстание.

Повстанческим частям удалось задержать немецкое наступление настолько, что в Центральной Словакии под их контролем оказалась компактная территория с центром в Банской Быстрице. Здесь была установлена власть Словацкого национального совета, возникла Первая чехословацкая армия в Словакии, численность которой в конца сентября возросла примерно до 60 000 человек. Партизанские отряды, которые частично действовали на повстанческой территории, частично в немецком тылу, насчитывали около 18 000 бойцов. Большинство партизан составляли словаки, много было представителей народов Советского Союза, чехов, французов, евреев, болгар, но также венгров, немцев и других национальностей. Части повстанцев в ходе боев были усилены 2-ой чехословацкой парашютно-десантной бригадой, переброшенной самолетами из Советского Союза; с повстанческой территории действовал и 1-ый чехословацкий истребительный полк, сформированный в Советском Союзе. Большой потерей в самом начале восстания явилась утрата двух лучше всего вооруженных дивизий на востоке Словакии, которые не оправдали возложенных на них надежд и которые немцы на удивление быстро разоружили. Недостаток некоторых видов оружия, особенно противотанкового, пополнялся по воздушному мосту советской авиацией, оружие поставляли и американские самолеты с территории Южной Италии.

Немцы сначала бросили против восстания только наскоро сформированные силы, около 15 000 человек, поскольку успешный переворот в Румынии 23 августа грозил подорвать порядок во всем юго-восточном регионе. Значительные немецкие силы были оттянуты также наступлением советской армии и чехословацкого армейского корпуса через Карпаты в Восточную Словакию, начавшимся в спешном порядке 8 сентября. Оборонительные бои повстанцев с использованием артиллерии, авиации, бронепоездов, сдерживали немецкое продвижение в течение шести недель. Перелом наступил 17 октября, когда численность немецких войск возросла до 30—40 000 человек. 27 октября пала Банска Быстрица. Часть армии разбежалась по домам, часть попала в плен, в том числе и командующие армией генералы Ян Голиан[89] и Рудольф Виест, которых немцы казнили. Отдельные военнослужащие и некоторые подразделения перешли к партизанам или же образовали собственные партизанские отряды. В начале 1945 г. на территории Словакии в немецком тылу действовало примерно 13 500 партизан[90].

Восстание свидетельствовало о крайней поляризации словацкой политической жизни. На повстанческой территории организацией жизни занимался Словацкий национальный совет и его исполнительный орган Корпус уполномоченных. Здесь был восстановлен суверенитет Чехословацкой республики, запрещена Глинковская словацкая народная партия и её организации, отменено расистское законодательство. СНС публично заявил о присоединении к антифашистской коалиции, союзники признали повстанческую армию союзной. На повстанческой территории начала создаваться новая политическая структура в виде Коммунистической партии, которая объединилась с социал-демократами, и Демократической партии, вобравшей в себя гражданские элементы. СНС выступал уверенно как государственный орган, что, хотя и с неохотой, должны были признать также лондонское эмигрантское правительство и президент Бенеш. Восстание было реальным фактом, после которого трудно было вернуться к какой-либо форме довоенного централизма.