После падения Римской империи в течение IV—VI вв. в Европе происходили чрезвычайно динамичные перемены, в результате которых сложились новые этнические отношения и возникли «варварские» государственные образования раннего Средневековья. Судьбу Карпатской котловины определило вторжение гуннов в восточноевропейские степи в 375 г., а вслед за ними началось великое передвижение племен и племенных союзов. Гунны покорили сарматское племя аланов и германское племя остготов. Другая часть остготов нашла прибежище на землях Карпатской котловины. Ее восточные районы до них заселили вандалы и квады, которые отказались признать владычество гуннов и предпочли переместиться в западную Европу. Их земли заняли гепиды и свевы. В 423— 425 гг. гунны проникли на земли в бассейне реки Тисы и в 433 г. отвоевали у римлян северную Паннонию, а в следующем десятилетии завладели и юго-восточной Паннонией. Центр могущественной державы гуннов находился в нижнем Потисье. Владычество гуннов распространялось и на юго-западную Словакию, особенно на нитранско-погронские районы, где сформировался один из их окраинных центров. После поражения короля гуннов Аттилы в 451 г. на Каталаунских полях экспансия гуннов в Западную Европу была остановлена. Со смертью грозного Аттилы гепиды, свевы, скиры и сарматы в 454 г. нанесли гуннам и их союзникам сокрушительное поражение на реке Недао в Паннонии. Держава гуннов окончательно прекратила свое существование.

Уходом со сцены могущественного властителя воспользовались главным образом германские племена, которые начали занимать земли, прежде контролируемые гуннами. Остготы захватили Паннонию; южную Моравию с нижнеавстрийским и словацким Поморавьем (Загорье) покорили герулы, а юго-западной Словакией завладели свевы (бывшие квады). Севернее часть междуречья Дуная и Тисы заняли скиры. Однако мирное сосуществование этих племен не продержалось и двух десятилетий. В 469 г. остготы в одной-единственной битве разгромили коалицию свевов, герулов, скиров и сарматов, которым помогали отряды гепидов и ругиев. В следующем году остготский король Теодемир перешел по льду замерзшего Дуная и до основания разрушил державу короля свевов Гунимунда в юго-западной Словакии. Поверженный Гунимунд увел часть своего народа вверх по течению Дуная и осел по соседству с алеманнами.

После краха государств скиров в 469 г. и сарматов в 472 г. их земли захватили гепиды, тем самым их держава заняла всю восточную часть Карпатской котловины. Осенью 473 г. остготский король Теодемир вместе со своим племенем оставил Паннонию и осел в византийской Мёзии. В конечном итоге остготы во главе с сыном Теодемира Теодорихом Великим в 488 г. переправились в Италию.

Уже в последние десятилетия V в. прибрежные земли Среднего Подунавья стали заселять первые славянские племена. Они использовали отсутствие чьего-либо владычества в этом районе и, по всей вероятности, с территории современной Польши горными карпатскими перевалами постепенно проникали и селились в северной части Карпатской котловины. Самые древние археологические находки свидетельствуют об их присутствии в Словакии уже на рубеже V—VI вв. Не исключено, что на новообретенных землях они сталкивались с отдельными группами остатков германского (свевского) населения, а в горных районах — с этническим субстратом людей древней пуховской и более молодой пшеворской культуры. Преемственность с автохтонными этносами подтверждают названия наиболее значительных гор и водных токов дославянского происхождения.

Во времена своего появления здесь славяне представляли собой земледельческо-скотоводческое племя, живущее моногамными семьями, ищущее регионы с плодородной почвой, с богатыми пастбищами и достаточными водными источниками. Из своей прародины славяне принесли и знание о поиске, литье и обработке железной руды. Для первых славянских поселенцев на территории Словакии характерна керамика ручной формовки так называемого пражского типа. Славянские селения состояли из нескольких заглубленных полуземлянок в одно помещение с седлообразной крышей, с простым очагом или печкой в углу жилища. Своих умерших славяне сжигали на околице, а несгоревшие останки укладывали в глиняную урну или прямо в землю, иногда над захоронением насыпали могильный холм.

В начале VI в. доминирующую роль в Среднем Подунавье стали играть герулы. Но в 508 г. они потерпели сокрушительное поражение от лангобардов. Герулы овладели, кроме южной Моравы и прилегающего района Загорья, и всей Паннонией. Государство лангобардов отделяла от новоприбывших славян горная цепь Малых и Белых Карпат. В восточной Словакии с местными славянскими колониями мирно уживались и гепиды, которые сместились с верхнего Потисья на юг. В середине VI в. славяне, силы которых прирастали новыми потоками соплеменников, пересекли земли, занятые дружественными гепидами, и овладели европейской провинцией Византийской империи.

В 60-х гг. VI в. традиционная вражда между лангобардами и гепидами достигла своего апогея. Во взаимной борьбе гепиды были близки к окончательной победе. Поэтому король лангобардов Альбоин призвал на помощь кочевое племя аваров, которые незадолго до этого под водительством кагана Баяна захватили стенные земли Причерноморья. Таким образом, лангобарды в 567 г. победили гепидов, а их территория досталась аварам. Однако это была пиррова победа, поэтому лангобарды из страха перед опасным союзником оставили Паннонию и осели в Северной Италии.

После 568 г. тюркское племя аваров стало господствующим в Дунайской низменности. Их основными занятиями были скотоводство, охота и военные набеги. Благодаря превосходному вооружению и номадской тактике ведения боя они побеждали любого встреченного на пути противника. В Центральную Европу они принесли своеобразную культуру, разительно отличающуюся от материальной культуры славян. У них был характерный ритуал погребения. Кроме воина с воинским снаряжением и дарами, в могилу клали также его коня или что-то от него (могила конника). Предположительно по следам аваров в Дунайскую низменность в 567—568 гг. пришел и второй поток славян, которых авары использовали как авангард в своих военных походах.

Первая группа аваров проникла на территорию Словакии вброд через Дунай в районах Братиславы и Комарно в конце VI в. В принципе это были небольшие конные отряды, которые действовали преимущественно в низинных областях. Постепенно они продвинулись до черты Девинска Нова Вес — Трнава — Нитра — Прша — Кошице — Барца. За этой линией никаких свидетельств о пребывании аваров нет. Захваченные территории они не только контролировали военными методами, но использовали и потенциал хозяйственной деятельности местного славянского населения.

По сведениям франкского хрониста Фредегара, авары проводили зиму в славянских селениях и брали в наложницы славянских жен и дочерей. Именно потомки смешанного аваро-славянского происхождения первыми начали протестовать против насильственных методов аваров. Около 620 г. они организовали в коалиции с окрестными славянами крупное восстание против аваров и в нескольких сражениях победили их. Среди повстанцев, очевидно, были хорваты и сербы, которые завладели западной частью Балканского полуострова, а часть из них переправилась из Паннонии в Чехию и дальше на северо-запад.

Остальные славянские повстанцы образовали могущественный племенной союз на северо-западных окраинах Аварского каганата. В 623 г. они избрали своим князем франкского куща Само, который успешно отразил попытки аваров подчинить себе его державу. Государство Само располагалось на территории левобережного Подунавья. Кроме теперешней Словакии, в него входила и Моравия, левобережные области Австрии и, по всей вероятности, Чехия. О силе этого племенного объединения свидетельствует и военный конфликт с франкским королем Дагобертом в 631 г. Дагоберт направил против возглавляемых Само славян три больших войска. Алеманны и лангобарды напали на окраинные области державы Само и вернулись с богатой добычей. Главное войско направлялось из Австразии вдоль берега Дуная на восток и близ крепости Вогастибург, на границе между славянами и франками, столкнулось с многочисленным славянским войском. После трехдневной битвы франки были полностью разгромлены. После этого окрыленные победой славяне предприняли опустошительные вторжения в Тюрингию и другие провинции Франкского королевства. Победа войск Само вдохновила и полабских славян. Их князь Дерван отказался подчиняться Дагоберту и присоединился к Само.