Дебаты о принятии «Конкорданса» переместились в восточные комитаты Спиш и Шариш. Там сторонники «Конкорданса» выступали против так называемых крипто-кальвинистов, многие из которых обучались вместе с Меланхтоном. Вождем конкордистов был дворянин-лютеранин Юрай Хорват Станчич Градецкий, который в своем имении Стража основал академию, ставшую одной из самых заметных лютеранских школ в словацких землях. Среди теологов-конкордистов было два первых видных лютеранских теолога-словака — Элиаш Лани и Северин Шкултеты.

Большое количество трактатов, написанных в период этих споров, стали первыми серьезными изданиями, напечатанными в Словакии, в особенности в типографии, основанной в 1578 г. в Бардеёве Давидом Гутгезелем. После провала попыток найти общий язык между кальвинистами и лютеранами на сейме, созванном в 1591 г. дворянином Тамашем Надашди в Чепреге, конфликт в восточно-словацких землях был постепенно разрешен в ходе ряда синодов и сеймов, проходивших с 1595 по 1599 г. Как и горнопромышленные города, Спиш и Шариш отреклись от кальвинистских или сакраментарианских, анабаптистских и антитринитаристских взглядов, но и не приняли «Книгу согласия» в качестве своего доктринального стандарта, поскольку посчитали, что ее принятие может привести к обвинению в религиозных нововведениях и поставить под угрозу фактическую веротерпимость по отношению к ним. Поэтому они вернулись к своим более ранним формам вероисповедания и Аугсбургскому исповеданию. В то же время их позиция изменилась, когда для возвращения населения в лоно католичества началась использоваться сила, и в особенности после Венского мира 1606 г., положившего конец восстанию Иштвана Бочкаи.

В конце XVI в. на помощь миссионерской и педагогической деятельности в качестве эффективного средства проведения рекатолизации в королевстве Венгрия пришли экономическая и политическая мощь и военная сила. Новое поколение молодых честолюбивых дворян и горожан, воспитанных в иезуитских школах и университетах, начинало проявлять интерес к церковным должностям. Одним из первых был нитранский епископ и позднее (с 1605 г.) архиепископ эстергомский Ференц Форгач. Поскольку в начале XVII в. деятельность иезуитов в словацких землях получала все большую поддержку со стороны придворных кругов, подавляющее большинство венгерского дворянства, исповедовавшего протестантизм, противостояло иезуитам и ощущало не только угрозу рекатолизации, но и ограничения своих сословных привилегий и статуса.

Начало рекатолизации было положено Фердинандом Штирийским в Верхней Австрии и Штирии в последние годы XVI в. Это вдохновило Рудольфа II предпринять сходные шаги в подвластных ему венгерских землях, и он предпринял попытку насильственно вернуть в католичество два важных города, Кошице и Левочу. Борясь с евангеликами в королевских городах, император удивительным образом ссылался на принцип Аугсбургского мира «чья страна, того и вера» («cuius regio, eius religio»), который не распространялся на Венгрию, чтобы доказать, что как суверенный государь он может определять, какую религию следует исповедовать в королевстве. К тому же он подчеркивал, что эти населенные пункты были королевскими городами и, следовательно, подпадали под его, короля, юрисдикцию. Однако и в Кошице, и в Левоче он столкнулся с неожиданным сопротивлением. Захват лютеранских и кальвинистских церквей в Кошице в начале 1604 г., включая церковь св. Елизаветы, в которой эгерский епископ, бежавший от турок, хотел устроить новый кафедральный собор, и изгнание протестантского духовенства можно было осуществить только с помощью военной силы, предоставленной имперским военачальником в Верхней Венгрии генералом Джакомо Барбиано де Бельджойзо. Рекатолизация Кошице была направлена против горожан, но она вызвала глубокое возмущение не только в городской среде, но и в рядах венгерского протестантского дворянства. На сейме 1604 г. они выразили резкий протест против действий Барбиано де Бельджойзо и решения императора. Рудольф пообещал, что этот вопрос будет рассмотрен после других, по крайней мере, после того, как будет утверждено финансирование Пятнадцатилетней войны. Но как только император получил деньги, он распустил сейм и по собственной инициативе добавил к статьям, которые уже были утверждены сеймом, еще одну, 22-ю статью, которая возрождала все законы против «ошибочных учений», принятые ранее, и вдобавок запрещала обсуждение религиозных вопросов на сеймах под угрозой обвинения в государственной измене. Дворяне-протестанты, возмущенные этой тактикой, доказывали, что статья нарушала принципы, права и привилегии сейма и была направлена против их сословия и их религии.

Первые меры против протестантов совпали с попытками турок отвоевать Эстергом. Когда большая часть имперской армии была выведена из восточной Венгрии и Трансильвании, чтобы отразить надвигавшуюся угрозу,- генерал Барбиано де Бельджойзо воспользовался ситуацией, чтобы конфисковать в восточной Венгрии собственность влиятельного трансильванского дворянина Иштвана Бочкаи, который вел тайные переговоры с антигабсбургской оппозицией в Трансильвании и с османами. Однако эта акция Барбиано обернулась катастрофой для имперских войск. Бочкаи сумел собрать вокруг себя широкий круг недовольных. В битве при Алмошде (комитат Бихар) в октябре 1604 г. он нанес поражение имперским войскам. Особую роль на первом этапе восстания Бочкаи играли отряды гайдуков, которые изначально были пастухами крупного рогатого скота и зарабатывали на жизнь случайной военной службой и разбоем. Они жили в пограничных с османами областях, где были превосходные условия для бандитских набегов. В XVI в. число гайдуков резко возросло, поскольку их ряды пополняли сотни беглых крестьян. В армии Барбиано де Бельджойзо насчитывалось более 3 тыс. гайдуков, и костяк армии Бочкаи также состоял из плохо организованных и склонных к разбою гайдуцких отрядов.

Потерпев поражение, Барбиано де Бельджойзо попытался отвести большую часть своих сил к Кошицам. Но горожане отказались открыть ворота, поскольку еще не забыли захват их церквей. С другой стороны, они немедленно впустили в город отряды Бочкаи, где 11 сентября 1604 г. тот устроил свою резиденцию. Из Кошице он обратился ко всем комитатам и городам с патриотическим призывом защитить истинную христианскую веру и свободу нации. Призыв Бочкаи нашел особенно восторженный отклик в восточных городах Пентаполитаны. Преимущественно протестантское население чрезвычайно остро ощущало угрозу наступления Контрреформации. Города Левоча, Сабинов, Прешов, Бардеёв и Кежмарок последовали примеру Кошице и перешли на сторону повстанцев. Тем временем Бочкаи вел успешные переговоры о военной помощи с османами. Протектор Трансильвании Хуссейн бег из Фессалоник направил Бочкаи «атнаме» (защитную грамоту) великого визиря, изданное от имени султана. В грамоте Бочкаи именовался князем Трансильвании и королем венгерской нации. Султан брал венгерскую нацию под свою защиту и поручал ему наказать «упрямых немецких неверных».

К Бочкаи постепенно присоединялись дворяне, в особенности из восточной Словакии. Некоторые были вынуждены поддержать восстание, поскольку боялись, что их собственность может быть конфискована или разграблена гайдуками Бочкаи. В Вене военный совет изначально полагал, что он сможет подавить восстание с помощью 10 тыс. солдат генерала Джорджо Баста. В ноябре 1605 г. Баста нанес поражение силам повстанцев при Ождяни, позднее, в битве близ р. Бодва, он рассеял вспомогательный турецкий отряд, но осада Кошиц не увенчалась успехом, и генерал был вынужден отступить к Прешову. Когда Баста обратился к горожанам Прешова с обещанием уважать их свободы и вероисповедание, они не только открыли перед ним ворота, но и присягнули на верность императору Рудольфу II.

После того как на помощь Бочкаи пришли новые турецкие отряды, а 21 февраля 1605 г. он был избран трансильванским князем, его позиции существенно укрепились. К Бочкаи примкнуло несколько влиятельных магнатов (Балинт (Валентин) Хомоннаи Другет, Иштван Иллешхази). После избрания трансильванским князем 21 февраля, на сейме Королевской Венгрии в Серенче в апреле 1605 г. Бочкаи был избран князем Венгрии. Он также получил право конфисковать и распределять среди своих сторонников собственность дворян, которые оставались верны Габсбургам. Сейм издал меморандум, который должен был разъяснить цели восстания не только жителям страны, но и всей Европе. Документ осуждал Рудольфа II и его правление и был полон преувеличений, искажений и угроз.