В первой половине 80-х гг. IX в. довершилось дело архиепископа Мефодия в Великой Моравии. Вместе со своими ближайшими сподвижниками он закончил перевод библейских текстов на старославянский язык. Мефодию приписывают также авторство юридического памятника «Судебник» для простого народа и сочинение по гомилетике «Обращение к властителям». Его отношения со светскими властями скорее можно назвать натянутыми. Хотя Святополк держал себя с ним почтительно как с главой великоморавскои церковной провинции, но отдавал предпочтение латинскому богослужению, а его ближайшими доверенными лицами были епископ Вихинг и священник Иоанн из Венеции. Именно епископ Вихинг, который как суфраган был обязан во всем слушаться Мефодия, постоянно выступал против своего вышестоящего иерарха и славянского богослужения. Он не гнушался использовать против него даже фальшивые грамоты, которые содержали обвинения Мефодия в ереси и запрещали ему вести славянское богослужение. Поэтому архиепископ Мефодий в 884 г. лишил Вихинга епископского звания. 6 апреля 885 г., окруженный своими приверженцами, Мефодий умирает; он был с великими почестями похоронен в кафедральном соборе Девы Марии. Перед смертью он назвал своим преемником священника, мораванина по происхождению, Горазда.

Святополк вступился за своего поверенного в делах Вихинга, и благодаря его вмешательству папа Стефан V вернул Вихингу звание епископа. После этого он стал управлять делами великоморавскои церкви. Затем по его инициативе папа запретил проводить славянское богослужение, а зимой в конце 885-начале 886 гг. всех приверженцев Мефодия изгнали из Великой Моравии или продали в рабство. Большинство из них впоследствии приняла к себе Болгария, где они продолжали развивать традиции славянского богослужения.

В начале 80-х гг. IX в. признал великоморавское верховенство первый известный по имени чешский князь из Пржемысловичей Борживой. В княжеском дворе Святополка он принял крещение из рук архиепископа Мефодия. В 888 г. Борживой умер, и от имени его малолетних детей Святополк стал править в Чехии. Через два года (в 890 г.) этот факт признал и восточнофранкский король Арнульф. С присоединением Чехии Святополк получил возможность непосредственного влияния и на соседних сербов и свою державу на севере расширил вплоть до реки Сальь В этот период держава Святополка достигла наибольшего территориального размаха.

На годы правления Святополка приходится пик экономического и культурного подъема центральных областей Великой Моравии. В юго-западной Словакии, на юге средней Словакии и в южных районах восточной Словакии особенно значительно выросла плотность населения. Новейшие археологические изыскания наглядно показывают, что в период существования Великой Моравии колонизация продвинулась далеко вверх против течения Вага, Нитры, Грона, Ипеля, Сланой, Горнада, Торисы и в горные котловины в Карпатах. Однако по сравнению с низинными областями заселение шло реже и, по аналогии, происходило лишь на наиболее низко расположенных участках вблизи рек и ручьев. Естественными центрами отдельных областей служили военно-опорные городища. Они стали основой территориально-административной организации (системы замков — градов), во главе которых стояли жупаны. Для удовлетворения потребностей княжеского двора и многочисленной дружины была создана система обслуживающих селений, расположенных по всему периметру великоморавских административных центров. В этот период появляются и новые типы укрепленных поселений — усадьбы сановников (например, Дуцове близ Пештян), которые служили резиденциями представителей великоморавской знати. Кроме жилого сектора, здесь стояло и строение сакрального назначения, рядом с ним хоронили родственников владельца усадьбы и его дружины. Наличие усадеб знати свидетельствует о начинающемся процессе становления феодальных отношений в великоморавском обществе. О богатстве и привилегированном положении представителей великоморавской знати можно судить по великолепию могил с богатым убранством (мужские могилы с воинским снаряжением, женские с украшениями из золота и серебра). Растущая христианизация местного населения сказалась в уменьшении жертвенных предметов в могилах и частые находки мелких реликвий и крестиков.

После смерти Святополка в Великоморавской державе наступил кризис. Территориальная экспансия в сторону окрестных государств была уже нереальна, страну истощали расходы, связанные с управлением обширной державы и содержанием военных гарнизонов на завоеванных землях. К тому же здесь набирали силу центробежные тенденции и стремление избавиться от обязательной уплаты дани великоморавскому властителю. Положение великоморавской державы осложнялось еще и внутридинастическим кризисом, который вылился в открытую борьбу между верховным правителем Моймиром II и его младшим братом, удельным князем в Нитре Святополком II. Их борьбу за власть начали использовать в целях своего главенства соседи, особенно Восточнофранкская империя и недавно пришедшие сюда мадьярские племена.

Святополк умер в 894 г., его преемник Моймир II заключил с баварцами мир и уступил им Паннонское княжество, которое, однако, в том же году подверглось опустошительному нападению со стороны мадьяр. В следующем году от Великой Моравии откололись чешские племена. В июле 895 г. чешский князь Спитигнев I явился в Регенсбург и вместе с другими чешскими князьями признал баварское верховенство. Баварцы обещали им также защиту от мораван, которые, говорят, доныне жестоко их угнетали. В 896 г. Великая Моравия лишилась Потисья, которое захватили и навсегда осели здесь венгерские (мадьярские) племена. В 897 г. от мораван отпали и полабские сербы.

В конце IX в. произошел братоубийственный военный конфликт между Моймиром II и Святополком П. В 898 г. в эту войну вмешались баварцы. Император Арнульф послал на помощь Святополку II сильное войско, которое захватило страну. И хотя в следующем году баварцы повторили опустошительный поход, они не смогли уберечь своего подопечного. Князь Моймир II велел заточить его в темницу, но баварцам вскоре удалось освободить Святополка и увезти с собой. Моймир заключил союз с маркграфом Восточной марки Исанриком, и войско мораван помогло ему завладеть территорией между рекой Энс и Видинским лесом. О кратковременном урегулировании обстановки в Великой Моравии свидетельствует тот факт, что в 898 или 899 г. князь Моймир II попросил римскую курию восстановить великоморавскую церковную провинцию. После чего папские легаты посвятили одного архиепископа и трех подчиненных ему епископов. Один из новопосвященных епископов стал управлять епископством в Нитре.

Значительная часть мадьяр и после 896 г. оставалась севернее Карпат. Но в 898—899 гг. они передвинулись в Карпатскую котловину. Потисье уже было занято их соплеменниками, поэтому им надо было искать новую территорию. Прежде всего под ударом с их стороны оказалось Паннонское княжество в южном Задунавье, управлять которым император Арнульф поручил князю Браславу. В конце лета 899 г. они вторглись в Италию, разгромили короля Беренгара и до самого конца июня 900 г. совершали разорительные операции в Ломбардии. Однако в начале июля они вернулись в Паннонию и совместно с мораванами опустошили и навсегда завладели территорией Паннонского княжества. Участие мораван в разорении Паннонского княжества явилось ответом на предыдущее баварско-чешское опустошение Моравии. Но осенью 900 г. недолгий моравско-мадьярский союз распался. В конце года мадьяры силой отняли у мораван северо-восточную часть Задунавья. Это обстоятельство заставило Моймира II заключить в январе 901 г. мир с баварцами, который, по-видимому, касался и их союзников — чехов.

Мадьяры, воинственный кочевой народ, в начале X в. стали грозой всего среднедунайского пространства. Поскольку Карпатская котловина не предоставляла им достаточного простора для их традиционного занятия скотоводством, им приходилось восполнять недостающее набегами и грабежом окрестного оседлого населения. Объектами их нападений было славянское население и особенно германские страны, где они регулярно захватывали богатую добычу. В 901 г. опустошительный набег в Карантании обернулся поражением мадьярского войска. В следующем году они напали на мораван, которым пришли на помощь баварцы. Мадьяры одолели вспомогательное баварское войско, но войска мораван обратили их в бегство. В 903 г. мадьяры опять напали на баварцев. Вражду между баварцами и мораванами с одной стороны и мадьярами — с другой крайне усугубило вероломное убийство мадьярского военачальника Кусала (Кусана), которого баварцы пригласили на дружеский пир и вместе с ним перебили всех его сопровождающих. Мадьяры в первую очередь сосредоточились на ближайшем и более слабом противнике — мораванах. По всей вероятности, в 906 г. при обороне своей страны погиб Моймир II и вместе с ним преобладающая часть его дружины. Тем самым был положен конец и великоморавской государственности. Свое военное превосходство над христианскими европейскими войсками венгерские племена подтвердили в 907 г. в битве под Братиславой, в которой они полностью разгромили войско баварцев и стали контролировать Карпатскую котловину.