Борьба Яна Запольского за венгерский престол, характеризовавшаяся в старой венгерской историографии как борьба за национальную монархию, завершилась сначала разделом страны на две части, а вскоре после этого — полной катастрофой королевства. Несомненно, Варадский мир создавал условия для возможного решения проблемы. Однако в свете растущих центробежных тенденций в Трансильвании и активного вмешательства Оттоманской Порты во внутриполитический конфликт в Венгрии воссоздание прежнего единства королевства оставалось иллюзией.

После смерти Яна Запольского в 1540 г. Венгрия оказалась вновь втянута в борьбу за право наследства. Более многочисленная армия Габсбургов, нанятая на деньги из аугсбургских банков, с середины июня 1541 г. осаждала Буду, которая осталась в руках сторонников сына Запольского и его наследника Яна Сигизмунда (Яноша Жигмонда). Основная масса габсбургского войска была разбита в последовавшем за тем сражении, и 29 августа 1541 г. турки без борьбы взяли Буду. Султан провозгласил область между Дунаем и Тисой территорией, подвластной Османской империи. Прежняя столица Буда стала центром пашалыка и отправной точкой новых набегов. В1543 г. турки предприняли большую кампанию в Венгрии и после трехнедельной осады заняли Эстергом. На противоположном берегу Дуная они построили укрепленный плацдарм Дженгерделен Паркан. Это стало первой турецкой крепостью на территории Словакии. На следующий год часть комитатов Гонт, Теков, Новоград и Эстергом перешли под власть османов. После этих побед турки пошли на пятилетнее перемирие, заключенное в 1547 г. в Эдирне. Фердинанд получил мир и временную безопасность своих земель, но за это он обязывался выплачивать султану Сулейману ежегодную дань в размере 30 тыс. флоринов.

Новая война разразилась в 1552 г., когда наемники Фердинанда и наспех созванные комитатские отряды попытались сдержать турецкие части, рвавшиеся захватить область горнопромышленных городов в средней Словакии. В августе 1552 г. близ Плаштёвце они потерпели сокрушительное поражение от Хадим-паши. В последующие годы наступление османов продолжалось, и турки на долгие годы захватили южнословацкие области. В 1554 г. они овладели крепостью Филяково, которая стала центром Филяковского санджака (района).

Развитие Венгрии в последующие годы определяли турецкая оккупация страны и попытки сына Запольского Яна Сигизмунда укрепить свои позиции в восточных областях королевства и в Трансильвании. Отречение Карла V от титула императора Священной Римской империи осложнило положение Фердинанда I, который должен был полностью сконцентрироваться на ситуации в империи. Он пытался договориться с Яном Сигизмундом и османами. После смерти вдовствующей королевы Изабеллы (1559 г.), которая была сторонницей мирных переговоров, отношения между Фердинандом и Яном Сигизмундом, который носил титул короля Венгрии, испортились. Наследник Фердинанда I, Максимилиан II (как венгерский король Максимилиан I), также пытался покорить Трансильванию, Но Ян Сигизмунд вновь обратился за помощью к султану. В начале лета 1566 г. многочисленная армия под предводительством султана Сулеймана вступила в Венгрию. Согласно перемирию, которое его преемник Селим II заключил с Максимилианом II в 1568 г. в Эдрине, турки сохраняли за собой все территории, захваченные ими в ходе прежних военных кампаний, и получали символическую ежегодную дань в 30 тыс. флоринов. Двумя годами позже Максимилиан II заключил соглашение с Яном Сигизмундом. Согласно договору, подписанному в Шпеере в Германии, Ян Сигизмунд отказывался от титула короля Венгрии, а Максимилиан за это признавал его суверенным правителем Трансильвании и одновременно обязывался в будущем признать и уважать свободные выборы трансильванского князя. Эдирнский мирный договор и Шпеерское соглашение закрепили расчленение Венгерского королевства.

Приграничные набеги турок не прекратились и после Эдирнского соглашения. В 1575 г. они захватили две словацкие крепости, Модры Камень и Девин. Многие города в комитатах Новоград, Гонт, Теков и Нитра переходили под власть османов, опасаясь грабежей и поджогов. Только возведение системы антитурецких крепостей в 80-е годы XVI в. остановило дальнейшее продвижение османов. Линия укреплений состояла из 48 замков и крепостей, которые охраняло войско численностью около 17 тыс. человек. В то же время на территории Венгрии османы располагали примерно 40 тыс. солдат. Турецкие части привыкли воевать и грабить даже в годы перемирий и были неспособны к полному бездействию. Так, рейды османов в глубь Словакии продолжались и после заключения Эдирнского мира 1568 г. Мелкие столкновения на турецкой границе в начале 90-х годов XVI в, постепенно переросли в более крупные и в 1593 г. привели к большой войне между Габсбургами и османами (так называемая Пятнадцатилетняя война). Основные сражения проходили вдоль османско-венгерской границы. В конце 1593 г. части, укомплектованные солдатами из комитатов со смешанным словацко-венгерским населением, изгнали турок из комитатов Гонт, Гемер и Новоград. 27 ноября 1593 г. после двухдневной осады сдалась крепость Филяково, которая в течение пятидесяти лет была центром турецкого санджака. В конце концов даже Трансильвания, а в 1595 г. и Валахия перешли на сторону Габсбургов.

Осенью 1595 г. объединенные силы атаковали важные оборонительные пункты турок на Дунае — Эстергом, Вац и Вишеград. В 1599 г., в ходе Пятнадцатилетней войны между Габсбургами и османами, большие области юго-западной Словакии были опустошены турками и их союзником — крымскими татарами. Война с Портой продолжалась и в первые годы XVII в. На ход войны влияли распад антиосманской коалиции и волнения в Трансильвании, где в начале XVII в. обострился конфликт между двором и сословиями, что оказало большое влияние на ситуацию в подконтрольной Габсбургам Венгрии.

В 1564 г. Королевская Венгрия (части Венгрии и остатки Хорватии, подконтрольные Габсбургам) были разделены на шесть военных округов, из которых два находились на территории современной Словакии: Верхневенгерский с центром в Кошице и Преддунайский с штаб-квартирой в Нитре (позднее в Шурани, Левице, а с 1589 г. в Нове Замки). Область Житни Остров находилась под руководством капитана Балатон-дунайского округа. Наиболее важная линия антитурецких укреплений тянулась по южно-словацким землям, от Братиславы через комитат Гемер. В 80-е годы XVI в. ключевую роль играла крепость Нове Замки, построенная в соответствии с самыми современными принципами фортификации. Она стояла на пути турецких вторжений в окрестности Нитры и в долину Вага. Укрепленная оборонительная зона распространялась на горнопромышленные города в средней Словакии, которые из-за своего немалого экономического значения привлекали внимание османов в первую очередь. Во второй половине XVI в. район горнопромышленных городов центральной Словакии подвергался угрозе вторжения из сопредельных турецких санджаков, прежде всего Филяково, но также из Новограда и Сеченя.

После подписания Эдирнского мирного договора и обретения автономии Трансильванским княжеством под контролем Габсбургов остался лишь «костяк» былого королевства Венгрия. Вплоть до конца XVII в. Королевская Венгрия включала в себя около трети расчлененного королевства, максимум 30 комитатов, из которых лишь 10 находились за пределами территории современной Словакии. Земли, отошедшие к Габсбургам, сохранили название и традиции прежней монархии и дезинтеграция страны воспринималась всего лишь как временное явление. Императоры и сословия заявляли о своем стремлении освободить оккупированные области и воссоздать территориальную целостность страны.

Вскоре после Мохача беженцы, прежде всего дворяне, но также горожане и зависимые крестьяне из южных областей, подвергшихся нападениям турок, начали переселяться в более безопасные предгорья Карпат. Туда же переместились венгерские органы управления и церковные институты. Согласно распоряжению, изданному в 1536 г., Братислава стала столицей Венгрии. Хотя и прежде Братислава была важным политическим и торговым центром, ее вряд ли можно было сравнить с Будой, которая благодаря своему географическому положению, казалось, была предназначена служить королевской резиденцией. После того как Запольский в 1529 г. захватил Буду, самый главный финансовый институт — Венгерская казенная палата, организованная Фердинандом I всего за год до этого, была переведена в Братиславу. Она управляла государственной собственностью, собирала налоги и военные подати. Начиная с 1563 г. Братислава служила коронационным городом венгерских правителей, здесь же регулярно созывались венгерские сеймы (иногда сеймы проходили в других городах — Трнаве, Банской Быстрице, Шопроне и Крупине). В Братиславе также находилось Наместничество, созданное в 1542 г. (а в 1724 г. преобразованное в Венгерский королевский наместнический совет. — Прим, пер.). Наместнический совет был переведен в Буду только в 1784 г. Вплоть до конца XVIII в. венгерские коронационные атрибуты хранились в братиславском замке.