Статья 5 закона от 1505 г., запрещавшая передавать трон иноземцам, играла важную роль в избрании нового короля Венгрии в ноябре 1526 г. Избрание Яна Запольского стало чистой формальностью. Представителям Фердинанда Габсбурга, которые были готовы опротестовать этот акт, попросту не дали слова. Однако в ходе подготовки к коронационному сейму прогабсбургски настроенное дворянство во главе с вдовствующей королевой Марией развило неслыханную активность. Позиции Фердинанда были усилены его единодушным избранием на чешский престол (23 октября 1526 г.). Группа венгерских аристократов и верхушка духовенства признала выгоды власти Габсбургов в то время, когда Оттоманская Порта находилась в зените своего могущества. Вдобавок, многие никак не могли смириться с тем, что королевской властью будет облечен венгерский дворянин недостаточно знатного происхождения.

На ту группу дворян, которые до сих пор колебались и открыто не примкнули ни к одной из противоборствующих сторон, необходимое воздействие оказали денежные вознаграждения, почести и, в некоторых случаях, даже взятки и посулы выделить им часть собственности, которая будет конфискована у сторонников незаконного короля. В этой атмосфере 17 декабря 1526 г. в Братиславе Фердинанд был избран венгерским королем. Но когда другое дворянское собрание выбрало королем Яна Запольского, стало очевидно, что конфликта между двумя соперниками не избежать. Польский король Сигизмунд сознавал опасность, таившуюся в этом противостоянии, понимая, что Польша может быть втянута в надвигавшуюся войну за венгерскую корону. Поэтому он старался снять напряженность путем вовлечения сторон в переговоры. По инициативе Сигизмунда представители обоих претендентов на венгерский престол встретились в Оломоуце в Моравии, Фердинанд предложил Запольскому фиктивный титул короля Боснии и ежегодное денежное содержание; предложение Запольского состояло в том, что в обмен на венгерскую корону он соглашается с переходом Моравии, верхней и нижней Силезии и Лужиц к Фердинанду. С самого начала переговоров в Оломоуце было очевидно, что попытка мирного разрешения венгерского кризиса не приведет ни к чему хорошему.

В марте 1527 г. Запольский созвал сейм в Буде, на котором было объявлено о немедленной конфискации собственности дворян, поддержавших Фердинанда (членов так называемой немецкой партии). 31 июля 1527 г. армия Фердинанда (состоявшая из 20 тыс. хорошо подготовленных солдат из Италии, где они воевали с французским королем Франциском I, а также вспомогательных частей из Чехии) пересекла границу Венгрии неподалеку от Братиславы. Фердинанд Габсбург уже контролировал ключевые крепости Девин и Братислава и был готов начать военную кампанию. Более того, большая часть территории западной Словакии была в руках дворян — сторонников Фердинанда. Естественно, он также пользовался немалой популярностью среди горожан-немцев, которые в то время были доминирующим элементом населения королевских и горнопромышленных городов.

Армия Фердинанда оккупировала Буду и начала военные действия в восточной Венгрии. После поражения близ Тарцала и Токая в конце сентября 1527 г. Ян Запольский бежал в Затисье. За зиму он собрал относительно большое войско, с которым в феврале 1528 г. попытался захватить самый важный центр на северо-востоке королевства, Кошице. 8 марта 1528 г. при Сене близ Кошиц произошло решающее сражение первой фазы борьбы за венгерскую корону. Габсбургский военачальник Иоганн Кациан одержал легкую победу, так как часть войска Запольского в ходе сражения перешла на сторону противника. Запольский спасся бегством: сначала в Гуменное, а затем в Тарнов на юге Польши.

Фердинанд доказал свое умение использовать этот военный успех. Уже в октябре 1527 г. он созвал сейм в Буде, на котором был назначен день коронации (3 ноября 1527 г.). После коронации целый ряд бывших сторонников Запольского перешел на сторону Фердинанда. Потерей Тренчина, старого фамильного гнезда Запольского и важнейшего оборонительного пункта на Ваге, завершился первый этап борьбы за венгерскую корону, из которой Фердинанд I Габсбург вышел победителем,

Ян Запольский знал, что не сможет успешно противостоять габсбургской армии только своими силами. Он начал искать помощи за границей. Запольский установил контакты с французским королем Франциском I. Однако большее военно-политическое значение имело для него соглашение с турецким султаном Сулейманом I Великолепным. Несомненно, союз с османами ослаблял позиции Запольского как внутри страны, так и в Западной Европе, в особенности в глазах папы Климента VIII. Но в то же время союз давал неоспоримые военные преимущества, Фердинанд понимал, какую угрозу представляет из себя Оттоманская Порта, находившаяся в то время на вершине своего могущества. Он начал переговоры о мире, по крайней мере, на ближайшие три года. Тем временем жестокие способы сбора военных податей и продовольствия, применявшиеся габсбургскими военачальниками, привели к тому, что симпатии местного населения оказались на стороне Запольского. В стране царили неразбериха, нищета, голод. В этом состоянии даже союз с османами не казался многим столь устрашающим и, возможно, даже давал защиту от набегов наемников, сражавшихся на стороне Габсбургов. Весной 1529 г. военная ситуация также обернулась благоприятно для Запольского, в распоряжении которого оказалась 200-тысячная армия, предоставленная султаном. К осени 1529 г. Запольский контролировал большую часть страны, и турки хозяйничали в словацких землях. В течение сентября 1530 г. в комитате Нитра турки сожгли 80 деревень, и около 10 тыс. людей были угнаны в рабство. Открытый союз с османами угрожал международному авторитету Яна Запольского. Папа римский отлучил его от церкви, а отношения с французским королем охладели после того, как последний перестал оказывать финансовую помощь Запольскому.

Последующие годы были отмечены битвами, которые вели к опустошению целых областей. Характерной чертой эпохи стало непостоянство венгерского дворянства, которое использовало гражданскую войну в своих личных интересах. Многие дворяне переходили из одного лагеря в другой, придавая при этом первостепенное значение преумножению своих собственных владений. По всей стране царили экономическое запустение и нравственный упадок, вызванные эгоизмом расчетливого, корыстного дворянства и союзом с турками. С самого начала гражданская война имела ярко выраженный национальный характер. Запольский и его последователи представляли борьбу за венгерскую корону как борьбу против влияния немцев и прочих иноземцев. Фердинанд I именовал своего соперника узурпатором и — за союз с османами — предателем христианства. Несмотря на превосходящие силы сторонников Запольского и в особенности турецких подразделений, Фердинанд I сумел упрочить свою власть в пограничных областях на западе, в Хорватии и в северных, горных районах Словакии. Помимо Братиславы и Поважья, он полностью контролировал горнопромышленные города в средней Словакии, комитат Спиш и важные крепости по Дунаю (Комарно, Эстергом и Вишеград). Власть его противника была сосредоточена в Альфельде, на юго-востоке страны и в особенности в Трансильвании.

После борьбы, длившейся более десяти лет, и нескольких попыток прийти к мирному соглашению оба короля решили покончить с конфликтом. По Варадскому (совр. Орадя Маре в Румынии. — Прим. пер.) мирному договору 1538 г., Фердинанд I и Ян Запольский взаимно признали друг друга законными королями и разделили Венгрию на две части. Варадский мир оставил каждому из королей те территории, которые они уже контролировали на момент подписания договора. Помимо значительной части Хорватии, Фердинанд I сохранил за собой западную Венгрию и почти все словацкие земли, за исключением восточных районов с городом Кошице, который солдаты Запольского захватили в 1535 г. Запольский владел центром страны со столицей Будой, юго-восточными частями Венгрии и Трансильванией. Все владения Запольского должны были перейти к Фердинанду или его преемнику, если «национальный король» умрет, не оставив законных наследников. В случае прекращения Габсбургской династии Запольский или его преемники становились правителями всей Венгрии.