Важной сферой экономической жизни оставалось горное дело и связанные с ним производства. Горнодобывающие предприятия в ту пору существовали во многих местах в Словакии, но международной значимостью обладали лишь рудники в средней Словакии и в районе Спиш-Гемер. В конце XV в. в Кремнице, чьи золотодобывающие предприятия были в предшествующую эпоху одними из самых богатых в Европе, стали испытывать трудности из-за грунтовых вод при работе в глубоких шахтах. Хотя добыча золота сократилась, в начале XVI в. она все еще составляла 350 кг. ежегодно. Добыча серебра колебалась на уровне 6—8 метрических тонн ежегодно.

В раннее Новое время наблюдается резкий подъем в добыче медной руды в средней Словакии. Горнопромышленник Янош Турзо, житель Кракова словацкого происхождения, постепенно взял под свой контроль несколько медных рудников в окрестностях Банской Быстрицы. Чтобы добыть необходимые средства, он установил деловые контакты и даже личные связи с семейством торговцев Фуггеров. С их финансовой помощью он сумел возродить умирающие рудники и усовершенствовать производство меди настолько, что в начале XVI в. горнопромышленная округа Банской Быстрицы пережила хозяйственно-экономический бум. В последующие десятилетия медь из Словакии оставалась важной статьей экспорта, и горнопромышленный регион средней Словакии на целое столетие стал крупнейшим производителем меди в Европе. Развитие горного дела и плавильного производства начало замедляться в начале XVII в. Производительность труда на время возросла благодаря использованию пороха (который впервые был применен в горной промышленности в 1627 г. в Банской Штявнице), но постепенно горнодобывающая отрасль вновь столкнулась с кризисом. Большая часть добываемых драгоценных металлов направлялась в государственную казну, которая была обременена расходами на содержание армии. Средств на столь необходимые инвестиции в производство не оставалось. В течение сорокалетнего правления императора Леопольда I чистый доход казны от Кремницы и Банской Штявницы по-прежнему составлял 80 млн. флоринов ежегодно, но к концу XVII в. большинство шахт было залито грунтовыми водами, и добыча резко упала.

Изменения в политике и властных отношениях, которые начались после поражения при Мохаче, крайне негативно сказались на жизни населения Словакии. Начиная с 1530 г. южно-словацкие земли жили в постоянном ожидании новых османских набегов. Мир вдоль габсбургско-турецкой границы не наступал даже после подписания мирных договоров. Военные экспедиции отрядов численностью до 5 тыс. солдат и с применением тяжелой артиллерии не считались нарушением условий мирного договора, и население регулярно страдало от неожиданных турецких вторжении. Похищения представителей знати ради выкупа или угон в рабство были обычной практикой османов. В течение периода так называемого «долгого мира» (1606—1663) из подвластных Габсбургам земель было угнано около 80 тыс. человек, большинство из них было продано в рабство. Население Словакии страдало не только от турок, но и, парадоксальным образом, от солдат, которые должны были его защищать. Почти каждый год словацкие комитаты направляли наместнику или лично императору многочисленные жалобы о жестоком обращении, беспорядочном вымогательстве продовольствия и жестокостях, сопровождавших военные экспедиции. Состояние всеобщей анархии привлекали авантюристов всех мастей из самых отдаленных уголков Европы, которые искали возможности обогатиться, используя «законы военного времени». Местное дворянство и непривилегированные сословия, пожалуй, не намного отставали в жестокой эксплуатации мирного населения. Уже в ходе войн Фердинанда I с Запольским весь регион оказался во власти баронов-разбойников.

Бандитизм процветал на фоне всеобщего ослабления закона и порядка. Многочисленные шайки грабителей, состоявшие главным образом из крестьян, порой пользовались радушной поддержкой со стороны местного населения (Юрай Яношик, казненный в Липтовском Микулаше в 1713 г., вошел в фольклор в образе словацкого Робин Гуда). Несмотря на известную героизацию разбойников со стороны населения, они оставались очевидным негативным явлением и осложняли жизнь не только богатым. Банды представляли собой постоянную угрозу на дорогах, они нередко нападали на деревни и небольшие незащищенные города, подвергая их разграблению. Всем этим отчасти объясняется процесс общего экономического застоя и упадка торговли в XVI—XVII вв.

Крестьянское население реагировало на растушую угрозу их жизни и имуществу стихийным созданием вооруженных отрядов по принципу милиции. Они получили широкое распространение в крестьянской среде уже во второй половине XVI в. Хотя закон запрещал крестьянам носить оружие под страхом смертной казни, эта практика была фактически легализована в форме «крестьянских комитатов»[55], которые стали важной составной частью защиты страны от османов и банд разбойников.

В средневековой Венгрии школы и образование находились на низком уровне. Неграмотность была распространенным явлением среди дворянства, и в конце XV в. все еще значительное число низшего духовенства и комитатских служащих было полностью или частично неграмотным. С приходом гуманизма, Ренессанса и Реформации в XVI в. начался новый этап в развитии школ и образования. Если в конце средневековья в Венгрии насчитывалось всего около 100 школ, то к концу XVI в. только в одной Словакии было более ста лютеранских школ. Рост числа школ сопровождался улучшением качества образования, в особенности в больших городах (Бардеёв, Левоча, Кошице, Банска Быстрица). Под воздействием Реформации протестантское дворянство начало основывать свои собственные школы даже в малых городах. Как говорится в «Законах Бардеёвской школы» (Leges Scholae Bartphensis), составленных в 1540 г. Леонардом Штёкелем, основной упор должен делаться не на изучение латыни и риторики, а на практические предметы, при этом в учебной программе значились даже основы юриспруденции. Для школ в Банской Быстрице, Левоче и Банской Штявнице были разработаны новые учебные программы в соответствии с педагогическими принципами гуманизма. Лютеранские школы были одновременно рассадниками реформационных учений и бастионами латинской гуманистической учености. Учебные программы путем наставления, примера и подражания, через основы письма, грамматику, риторику, логику и, наконец, даже теологию должны были воспитывать учеников в набожности и развивать красноречие.

Католическое образование основывалось на постановлениях Тридентского собора. В XVI в. благодаря усилиям архиепископа эстергомского Миклоша Олаха Трнава стала главным учебным центром. Олах объединил городскую школу со школой капитула и ввел в учебную программу философские дисциплины. Трнавская школа стала прототипом для более поздних католических и протестантских коллегиумов. С начала XVII в. наиболее видную роль в развитии католического образования играли иезуиты. Изначально они работали только в Трнаве, Клашторе-под-Зневом и Шале. Позднее орден иезуитов основал гимназии в Братиславе, Комарно, Тренчине, Кошицах. В начале XVIII в. из двадцати католических гимназий на территории Словакии 14 были иезуитскими, остальные принадлежали ордену пиаристов. Для сравнения, в конце XVI в. у лютеран было по крайней мере 16 городских и 8 дворянских школ, которые можно считать гимназиями или высшими латинскими школами, и их число возросло до 70 к 1640 г.

Несмотря на расширение доступа к образованию внутри страны, традиция получения образования в иностранных университетах была жива в словацком обществе даже после открытия католического университета в словацких землях в XVII в. Студенты из Словакии посещали университеты Вены, Кракова и Падуи, а также Страсбурга, Праги и Парижа. Для лютеран единственным путем получения университетского образования и ученой степени была учеба за рубежом, и в XVI—XVII вв. сотни студентов из Словакии посещали лютеранские университеты Германии, в особенности Виттенберг, Тюбинген, Иену, Росток и Лейпциг. В XVI в. примерно из 1000 студентов из Венгрии, зарегистрированных в Виттенбергском университете, 360 были родом с территории современной Словакии.