Изначально сбор налогов и податей на северо-востоке страны был поручен командиру Спишского замка. Спишская палата, размещенная в Кошицах, была образована только в 1567 г. Уже в правление Фердинанда I Венгерская казенная палата подчинялась Дворцовой казенной палате в Вене. Подати и наиболее доходные государственные предприятия, прежде всего рудники в средней Словакии, находились в прямом подчинении венской Дворцовой казенной палаты. Подчиненное положение Венгерской казенной палаты и тот факт, что ее чиновники набирались в основном в Германии или альпийских землях, стало предметом острой критики со стороны местного венгерского дворянства.

Вскоре после османского вторжения Трнава превратилась в важный церковный центр. Турецкая угроза вынудила эстергомский капитул и главу католического клира королевства Венгрия — архиепископа эстергомского — с 1543 г. поселиться в этом городе. Однако в силу того, что архиепископ эстергомский был важной политической фигурой, ему нередко приходилось подолгу гостить в соседней Братиславе. Архиепископ и капитул вернулись в свою традиционную резиденцию Эстергом только после 1820 г.

Другие церковные иерархи и институты также бежали от османов на территорию Словакии. В 1596 г, в Кошицах разместилась резиденция эгерского епископа и эгерский капитул. К тому времени печский епископ проживал в городе уже почти полвека, и варадский епископ также в течение некоторого времени имел своей резиденцией Кошице.

Симптомы общего упадка церкви проявились в Венгрии уже в течение XV в. Симония, непотизм, занятие нескольких должностей и абсентеизм, равно как и обмирщение клира были очевидны всем и нередко подвергались критике. Значительная часть иерархов церкви жила скорее светскими, чем духовными интересами, не слишком обременяя себя церковными делами. При получении церковных должностей важную роль играли родство, связи и деньги. Более того, высокие церковные и светские должности часто вверялись иностранцам. В1486 г. родственник королевы Беатрисы, семилетний Ипполито д'Эсте был назначен архиепископом эстергомским и стал кардиналом в возрасте 14 лет. Несмотря на свое крестьянское происхождение, Тамаш Бакоц возвысился, став дьерским, затем эгерским епископом и, наконец, архиепископом эстергомским. Он использовал свое огромное влияние при попытках с помощью взяток проложить себе путь к папскому престолу. В ответ венгерский сейм в 1514 г. принял закон, согласно которому лицо крестьянского происхождения, т. е. недворянин, не может быть епископом; и если таковой уже был назначен епископом, ему можно было не платить десятину.

Несмотря на довольно плачевную ситуацию в церкви и секуляризующее влияние итальянских гуманистов, религиозность как интеллектуальной верхушки, так и народных масс, отнюдь не шла на убыль. Гуманизм Эразма Роттердамского и францисканская набожность были важными духовными силами, которые подготовили путь Реформации.

Свежее веяние Ренессанса со свойственным эпохе почитанием латинского языка и литературы, а также интересом к современности и гражданским ценностям привнесло новые краски в интеллектуальную жизнь. Как следствие, даже в церковной среде расширились горизонты личности, возросло стремление к роскоши и накоплению материальных богатств. Богуслав Лобковиц писал, что в Венгрии клир гораздо больше увлечен Платоном и Вергилием, чем Священным писанием. Выросло число студентов из Венгрии, учившихся в зарубежных университетах. В XV в. многие из них обучались в Падуе и Болонье, после 1450 г. гуманистические идеи Эразма проникали в Венгрию через венский и краковский университеты. Библиотека ценных, зачастую богато иллюстрированных рукописных книг, основанная Матяшем Корвином в Буде, привлекала гуманистов из всех стран Европы. Несмотря на закрытие недолго просуществовавшей Академии Исторполитаны в Братиславе, преподавание в которой основывалось как на гуманизме, так и на «новом благочестии» (devotio moderna)[45], что было следствием влияния гуманизма и евангелической реформации, число школ в словацких землях существенно возросло, улучшилось качество образования.

Евангелическая реформация появилась в Словакии в начале 20-х годов XVI в. Купцы из королевских и горнопромышленных городов возвращались из Германии, принося с собой новости о Мартине Лютере и книги, которые отражали его взгляды. В конце 1521 г. пастор из Байской Быстрицы получил несколько памфлетов Лютера от настоятеля Кёнигштайнского монастыря близ Дрездена, поскольку городской нотарий выразил свою поддержку взглядам Лютера. В 1522 г. Георг Баумхекель из Банской Быстрицы и Мартин Циракус из Левочи стали первыми из 1018 студентов из Венгрии, которые в XVI в. обучались в Виттенбергском университете. Тогда же в Словакии появились первые распространители учения Лютера. Конрад Кордатус и Иоганн Кресслинг из придворного окружения королевы Марии в Буде, где наставник Людовика II Георг Брандебург и другие немцы сочувствовали учению Лютера, проповедовали в горнопромышленных городах с 1522 по 1525 г. Другие священники были выходцами из Силезии, с которой население горнопромышленных городов поддерживало тесные торговые и дружеские связи. Вольфганг Шустель из Бардеёва, уроженец Кошиц, учившийся в Кракове, возможно, испытал на себе влияние Лютера, хотя и занимал более жесткую позицию по отношению к публичной набожности, что привело к конфликтам с городским советом и, в конце концов, к его отъезду из Силезии в 1531 г.

Католическая церковь и дворянство изначально пытались предотвратить распространение Реформации. На сеймах 1523 и 1525 гг. они приняли суровые законы, направленные против тех, кто проповедовал учение Лютера и их последователей. Но все запреты оставались на бумаге и не имели последствий до тех пор, пока не были востребованы в ходе католической Контрреформации. Столь же неэффективными оказались усилия папского легата, который выступал за более суровые меры против еретиков или за запрет, изданный в 1524 г. комитатом Спиш. Путь к более быстрому распространению Реформации был расчищен роковой битвой при Мохаче. Гибель двух архиепископов и пяти епископов существенно ослабила жесткую реакцию католической церкви, в то время как война за венгерский престол, хаос и анархия во много раз усилили упадок церкви в Венгрии.

После 30-х годов XVI в. распространению Реформации способствовали некоторые магнаты, которые руководствовались не только религиозными предпочтениями и убеждениями, но и стремлением получить в управление или владение освободившуюся церковную собственность. Число сторонников учения Лютера в Словакии из числа высших светских должностных лиц, которые одновременно поддерживали Фердинанда, возросло в особенности после 1530 г. Среди них были магнаты Петер Перени, Тамаш Надашди, Ференц Реваи, Элек Турзо, Криштоф Орсаг и др. В рядах мелких дворян число горячих сторонников Реформации также возросло и включало, например, семейства Балашша, Няри, Радван и Беницкие. Они пользовались предоставленным им, как патронам церкви, правом назначать священников и открывать в своих владениях школы, где учителями нанимались гуманисты-лютеране, нередко выпускники Виттенбергского университета. Горожане также стремились добиться права выбирать себе священников, приглашать проповедников и управлять собственностью светских братств, которые ставили перед собой как религиозные, так и благотворительные цели. Распространению Реформации также способствовали солдаты, служившие в армии Фердинанда I, большая часть которых не была чужда протестантизму. В течение длительного времени они несли службу в крепостях вдоль турецкой границы и нередко сопровождались протестантскими священниками. Даже некоторые командующие габсбургской армии поддерживали реформационные идеи.