В XVI—XVII вв. повинности крестьян постоянно росли, прежде всего барщина, т. е. обязательство бесплатной работы на помещика. В связи с появлением дворян-предпринимателей увеличилась площадь полей, которые помещик обрабатывал на коммерческой основе. Крепостные должны были бесплатно обрабатывать поля постоянно растущего числа дворянских владений. Хотя закон 1514 г. предписывал, что барщина должна ограничиваться одним днем в неделю, во многих поместьях к концу XVII в. крестьяне трудились на барщине по три и даже четыре дня.

Поселения, которые официально считались городами и обладали соответствующими привилегиями, сосредоточивались в северных областях Венгерского королевства. Закон 1514 г. перечислял 15 королевских городов, 8 из которых располагались на территории современной Словакии (Кошице, Братислава, Трнава, Бардеёв, Прешов, Левоча, Скалица и Сабинов). Остальные находились преимущественно в мадьярских районах — Буда, Обуда, Эстергом, Секешфехервар, Сегед, Пешт и Шопрон. К этим пятнадцати королевским городам следует добавить горнопромышленные города в средней Словакии.

В эпоху османского владычества в Среднем Подунавье и антигабсбургских восстаний число королевских городов в словацких землях возросло. Городские привилегии получили Брезно, Пезинок, Светы Юр и Модра. В начале XVIII в. 24 из 39 королевских городов Венгрии находились на словацкой территории. Некоторые из них были городами лишь номинально и сохраняли городские права, полученные ранее, до того как они экономически пришли в упадок. Экономическое и политическое развитие страны в XVI—XVII вв. не благоприятствовало развитию городской жизни. Большинство городов оставалось довольно отсталыми по сравнению с городами в других частях Европы. В 1720 г. в королевских городах жило 65 тыс. человек, что составляло одну десятую населения словацких земель (в то время примерно 815 тыс.). Самым крупным был город Комарно, в котором проживало 8300 человек, за ним шла Братислава — 7900, Банска Быстрица — 7000, Кремница — 5300, Скалица — 4000, Пезинок — 3300, Трнава — 2900, Банска Штявница — 2700 и Модра — 2300 жителей. В некогда развитых спишских городах в восточной Словакии — Левоче, Кежмарке и Кошицах — проживало 3200, 3000 и 2000 человек соответственно. Население Тренчина, Бардеёва, Крупины, Нова Бани, Светы Юра, Сабинова и Зволена составляло менее 2000 человек, а в Любетове, Пуканце и Банской Белой — менее 1000!

Великие географические открытия в конце XV — начале XVI вв., обусловившие постепенный экономический сдвиг на Европейском континенте в сторону Атлантического региона, а также османская экспансия привели к глубокой стагнации восточнословацких городов (Кошице, Бардеёв, Прешов, Сабинов и Левоча) уже во второй половине XVI в. Международная торговля с Балтикой и Средиземноморьем — основной источник доходов этих городов — была свернута. Другой причиной упадка было ослабление городской автономии и постепенное проникновение дворянства в городскую среду. Дворяне, бежавшие от турок из южных областей страны, наводняли города Словакии, но не смешивались с городской коммуной, а скорее выказывали желание отстаивать свои собственные особые привилегии. Это катастрофически сказывалось на городском населении. Поначалу города пытались защитить себя от потока дворян, но закон 1563 г. предоставил дворянам право приобретать в городах дома при условии, что они возьмут на себя часть обязательств горожан. В 1647 г. были законодательно подтверждены сословные права дворянства даже на городской земле. После этого городские привилегии утратили свое значение. Наследственные права дворян, их налоговый иммунитет и их право свободно заниматься торговлей потрясли городскую экономическую систему до основания. Королевские города постепенно перешли под контроль комитатов и ярким примером их общего упадка стал тот факт, что в конце XVII в. их представители в нижней палате венгерского сейма обладали всего лишь одним коллективным голосом!

К ощутимым ограничениям автономии и древних прав королевских городов в Словакии добавились все бедствия бурного XVII века: военные кампании, сопровождавшиеся грабежами и вымогательствами, частые постои солдат, религиозные и социальные конфликты, усиливавшиеся конфликтами дворянства и горожан и напряженностью между национальными группами. Особую категорию королевских городов составляли горнопромышленные города в средней Словакии, которые благодаря своим природным ресурсам и добыче руды сумели пережить неблагоприятный период и даже на короткое время возродить свое былое процветание (в особенности Банска Быстрица, Банска Штявница и Кремница).

Сельское хозяйство оставалось основой экономики в течение первых двух веков раннего Нового времени. Однако его характер существенно изменился в связи с османской экспансией, с повинностями по содержанию солдат в приграничных крепостях и во время военных кампаний. Цены на продовольствие росли пропорционально потребностям, так что сельское хозяйство оставалось доходной отраслью экономики. Армейские поставщики и прежде всего члены магнатских семей, владевшие обширными землями (Палфи, Турзо, Тёкёли, Эстерхази и др.), оказались в преимущественном положении. Дешевая рабочая сила в форме бесплатного труда крепостных (барщины) обеспечивала высокую прибыльность. С середины XVI в. число помещичьих хозяйств в Словакии заметно умножилось, причем земельные угодья, принадлежавшие помещикам, увеличились за счет площадей, возделывавшихся крестьянами. Если в средние века помещики редко напрямую руководили сельскохозяйственными работами, то через сотню лет после поражения при Мохаче это стало широко распространенным явлением. Крестьянам, сгоняемым с наиболее плодородных земель, приходилось добывать пропитание изнурительной обработкой неудобий, расчисткой лесов и превращением их в пастбища. В связи с османской угрозой разведение крупного рогатого скота становилось относительно надежной и зачастую единственно возможной формой ведения хозяйства в целом ряде областей, которым постоянно угрожали турецкие набеги. Увеличение производства говядины в XVT в. позволило расширить экспорт, в особенности в Австрию, Чехию и Германию. Другой статьей экспорта оставалось вино. К традиционному виноградарскому региону в восточной Словакии — Токайской долине, откуда вино направлялось в основном в Польшу, в XVI в. добавился регион Малых Карпат. Доходы от экспорта вина в Моравию, Чехию и Силезию помогали городам вдоль Малых Капрат (Светы Юр, Модра, Пезинок) в первой половине XVII в. добиться статуса королевских городов.

Барьеры в форме привилегий, которые предоставляли королевским городам исключительный статус в занятиях ремеслом, постепенно рушились. К концу XVI в. монополия королевских городов в ремесленной продукции сошла на нет, поскольку ремесленное и кустарное производство получили развитие в малых городах на землях дворян и даже в сельской местности. Ремесленное производство постепенно перемещалось в деревню. Одной из причин подобной трансформации была хозяйственная деятельность дворян, которые систематически увеличивали свои аллодиальные земли, что вынуждало крестьян искать иные средства к существованию. Помещики поддерживали развитие торговли в своих владениях, чтобы повысить собственные доходы. Хотя ремесленное производство и продолжало существовать за стенами королевских городов, параллельно с этим, в особенности в XVII в., многие малые города под юрисдикцией помещиков становились заметными центрами кустарных промыслов.

Сходное развитие было характерно для торговли, которая из традиционных центров переместилась в малые города на территории дворянских владений и в сельскую местность. Большое число рыночных привилегий, пожалованных Габсбургами вплоть до начала XVIII в., целому ряду новых хозяйственных субъектов, свидетельствуют о важных изменениях в торговой деятельности. В связи с османской угрозой и общим сдвигом, произошедшим в европейской экономике, торговый оборот в целом сократился по сравнению с предшествующим периодом.