Угроза насильственной рекатолизации со стороны Габсбургов в начале 30-х гг. XVI в. была достаточно реальной, поэтому в 1531 г. в Шмалькальдене протестантские князья (курфюрст Саксонский Иоганн Фридрих Великодушный, ландграф Гессенский Филипп I, князья Люнебурга, Анхальта и Мансфельда) и города (Магдебург, Бремен, Страсбург, Ульм, Констанц и др.) создали Шмалькальденский оборонительный союз. Карл V, учитывая неблагоприятную для Габсбургов обстановку в Германии и за ее пределами, в 1532 г. пошел на заключение Нюрнбергского религиозного мира, по которому формально признал существование Шмалькальденского союза и тем самым санкционировал протестантизм.

Во второй половине 30-х — начале 40-х гг. XVI в. произошло политическое усиление протестантского союза. Была создана военная организация. Протестанты вступили в переговоры с Англией и Францией, заключили союз с Данией (1538). Реформация была проведена в целом ряде крупных и влиятельных княжеств (Бранденбург и герцогство Саксония). Однако это имело и негативные последствия. Среди протестантских князей резко обострилось соперничество, что особенно скажется в годы Шмалькальденской войны.

В 1546 г. Карл V, заключив мир с Францией (1544) и перемирие с Османской империей (1545), решил разгромить евангелическое движение в Германии. Началу военных действий предшествовали тайные переговоры, в ходе которых императору удалось внести раскол в лагерь протестантов и заручиться поддержкой курфюрста Иоахима II Бранденбургского и герцога Морица Саксонского. Карл V получил подкрепление из Нидерландов и Рима, за счет чего приобрел военный перевес. В самый разгар боевых действий, в конце 1546 г., герцог Мориц Саксонский нанес удар в тыл протестантской армии и занял земли курфюршества Саксонского. Протестанты, вынужденные отступать на север, уступили войскам императора ряд городов и княжеств Южной Германии. В апреле 1547 г. в битве при Мюльберге (Саксония) армия Шмалькальденского союза была полностью разгромлена объединенными войсками императора и саксонского герцога. Курфюрст Саксонский Иоганн Фридрих Великодушный попал в плен. 19 мая 1547 г. последовала так называемая Виттенбергская капитуляция. Иоганн Фридрих отказался от курфюршества в пользу герцога Морица. Вслед за этим сдался и глава Шмалькальденского союза гессенский ландграф Филипп I. Протестантский союз был распущен.

На Аугсбургском рейхстаге 1548 г. протестантским князьям был навязан религиозный договор о так называемом «интериме» (временный религиозный компромисс), по которому на территории протестантских княжеств вводился реформированный католицизм. Интерим предусматривал временное разрешение брака для протестантского духовенства, причащение под обоими видами, признание секуляризации церковных владений и т. д. Договор о религиозном компромиссе вызвал, с одной стороны, недовольство папы и епископата, с другой — ожесточенное сопротивление протестантов, особенно в городских общинах. Были изгнаны несколько сот протестантских священников, отвергнувших интерим. Запрет на публичную критику интерима повсеместно нарушался, протестантские проповедники проводили литургию на улице.

Постепенно складывались благоприятные условия для сторонников протестантизма. Большинство лютеранских и цвинглианских общин смогли пережить имперскую политику интерима. В 1551 г. против Габсбургов одновременно развернули военные действия Франция и Османская империя. Наконец, Мориц Саксонский, удовлетворенный приобретением курфюршества, решил тайно вступить в союз с протестантскими князьями. К союзу присоединилась и Франция, армия которой должна была занять Лотарингию. В 1552 г. Мориц Саксонский возглавил мятеж протестантских князей против императора. Католические войска были быстро сокрушены, протестанты вторглись в Тироль и чуть не захватили императора. Карлу V летом 1552 г. пришлось подписать Нассауский договор с новым лидером протестантов — Морицем Саксонским, который отменял Аугсбургский религиозный компромисс и признавал лютеранство. Франция получила епископства Мец, Тул и Верден в Лотарингии. Вопрос об окончательном урегулировании религиозных разногласий был отложен до рейхстага.

В 1555 г. на рейхстаге в Аугсбурге был подписан религиозный мир между Карлом V и протестантскими князьями. Он подтвердил завоевания лютеран в Германии, признал лютеранство официальным вероисповеданием (в тексте договора стояло: «...исповедующих Аугсбургскую формулу веры 1530 г. и конфессионально родственных им членов»[7]) наряду с католицизмом. Вне рамок соглашения оставались цвинглианцы, анабаптисты и кальвинисты. Непосредственные подданные империи (князья, министериалы, имперские и вольные города) получили право свободного определения вероисповедания. На основе этих положений в 1576 г. юристом Иоахимом Стефани был сформулирован принцип «чья власть, того и вера». В соответствии с ним князья получили право определять религию своих подданных. Такого же права добились имперские и вольные города. В имперских городах со смешанным католическим и лютеранским населением вводился принцип паритета, т. е. равенства в отправлении культов. За католиками оставались духовные общины, не распущенные до 1552 г. Причем если какой-либо из католических иерархов решался перейти в лютеранство, его владения и сама община оставались в ведении католической церкви (так называемая «духовная оговорка»). Признавались все секуляризации церковного имущества, произведенные до 1552 г. Были амнистированы все подданные империи, подвергшиеся наказанию за свои религиозные убеждения. Формально провозглашалось и право подданных, не желавших принимать веру своего господина, на эмиграцию.

В глазах подавляющего большинства представителей имперских сословий мир 1555 г. означал восстановление социального порядка, нарушенного Реформацией, умиротворение империи и ее сохранение как политического объединения. Была признана автономия лютеранской церкви в вопросах догматики и административной организации, а тем самым погашен главный очаг реформационного кризиса. Впервые в истории христианской Европы был найден правовой механизм, регулировавший сосуществование нескольких конфессий в структурах одного территориального организма. Однако Аугсбургский мир закрепил раздел Германии не только по территориальному, но и по религиозному принципу. Одержав крупные идеологические победы, Реформация в то же время содействовала дальнейшей политической раздробленности Германии и укреплению княжеской власти. Победа протестантов означала крушение надежд императора Карла V на создание «всемирной христианской державы» (в 1556 г. он отрекся от престола в пользу своего брата Фердинанда I Габсбурга) и ослабление императорской власти.

Религиозная жизнь Германии середины XVI — начала XVII вв. характеризуется динамичными изменениями конфессиональных границ, распространением новой (кальвинизма) и дальнейшим оформлением уже существовавших конфессий, политическими преследованиями религиозных оппонентов, миграциями, вызреванием противоречий, которые привели к новому столкновению протестантов и католиков в годы Тридцатилетней войны. Два взаимосвязанных, порой неразделимых процесса определяли судьбу религиозного вопроса в этот период. С одной стороны — контрреформация, инициированная решениями Тридентского собора и осуществлявшаяся католическими князьями Германии, с другой — конфессионализация: оформление символов веры, обрядности и структуры протестантских и реформированной католической церквей, а также установление четких границ, в пределах которых официально господствовало только одно вероисповедание.

Под Контрреформацией в Европе понимается обновление католической церкви посредством внутренних реформ с целью вернуть доверие людей и борьба с протестантизмом с использованием всех форм — от убеждения до политического давления и религиозного террора. Термин «Контрреформация», носивший в отечественной историографии почти исключительно негативный оттенок (феодально-католическая реакция), германские историки второй половины XX в. (Йозеф Лорц, Хуберт Иедин, Эрнст Вальтер Цееден, Хайнц Шиллинг и др.) наполняли совершенно иным содержанием. В частности, Й. Лорц и X. Йедин предложили различать два процесса: Контрреформацию и католическую реформу Выдвигались концепции «католической Реформации» и «католической модернизации». Так или иначе, акцентировалось внимание на позитивных изменениях, на связи реформ с оформлением новой структуры управления в каждом из католических княжеств. В конечном итоге стало ясно, что разделить понятия «Контрреформация» и «конфессионализация» в истории Германии содержательно не представляется возможным, ибо реализация контрреформационных мер в католической части Германии интенсифицировала процесс конфессионализации. Неслучайно, что в современных германских исследованиях эти два термина рассматриваются как тождественные, а Контрреформация для германских земель середины XVI — начала XVII в. определяется немецким историком Э. В. Цееденом как «католическая конфессионализация».