Огромная роль в реализации задуманного принадлежала Ф. Меланхтону. Меланхтон стремился поставить все достижения научной гуманистической мысли на службу Реформации. Как выдающийся знаток античных классиков, философ, филолог, историк, он был не только систематизатором учения Лютера, но и замечательным педагогом, теоретиком и организатором школьного и университетского образования. Им написано большинство учебников для протестантских школ, среди них пособия по латинской и греческой грамматике (выдержало 44 издания), логике, риторике, диалектике, богословию, этике, физике, подготовлены программы для гимназий. Идеи школьно-гимназического образования нашли выражение в знаменитом «Саксонском школьном плане» (1528). Из круга учеников Меланхтона вышли почти все выдающиеся немецкие учителя и университетские профессора второй половины XVI в. Все это принесло ему славу «наставника Германии».

Представления Лютера и Меланхтона о принципах организации школ отразились в школьных уставах. В первой половине XVI в. школьные уставы были изданы магистратами Брауншвейга, Виттенберга, Ганновера. Во второй половине XVI в., когда княжеский суверенитет распространился и на область религии, школьные уставы стали издаваться князьями. Акцент в лютеранских школьных уставах делался на описание нравственно-религиозного урока. Еще в 1529 г. Лютер составляет «Малый катехизис» — системное изложение основ евангелической церкви (описание предмета веры, учение о церковных таинствах и христианской морали), который и стал основным школьным учебником по лютеранскому богословию. Его успех объяснялся тем, что «Катехизис» был написан и преподавался на немецком языке.

К середине XVI в. сложилась более или менее стройная система школ нескольких уровней. Обучение начиналось в немецкоязычных городских школах (частных или содержавшихся городскими магистратами), где получали образование выходцы из бюргерской среды. Обучение в низших школах носило практический характер: среди преподаваемых дисциплин — катехизис, церковное пение, чтение, письмо и счет. Наряду с немецкоязычными начальными школами в XVI в. существовали и городские латинские начальные школы, в которых учили составлять деловую документацию и корреспонденцию на латинском языке. В сельских школах — как протестантских, так и католических — учили основам культа и элементарной грамотности.

Подготовка к университету, включавшая в себя и основательное изучение древних языков, осуществлялась в гимназиях. Они стали распространяться по всей Германии, в том числе и в католической ее части. Меланхтон разработал систему 4 гимназических классов со школьной программой, строго определяющей, что должно изучаться в каждом классе. Благодаря этому в гимназиях поэтапно изучали теологию, грамматику (латинскую и греческую), риторику.

Обучение в начальных школах начиналось обычно с 6-7 лет. Уставы требовали раздельного обучения мальчиков и девочек, но на практике это нередко нарушалось. В гимназию переходили в 11-12-летнем возрасте и обычно учились до 16-17 лет. Важная роль отводилась подбору учителей. В середине XVI в. в этом качестве выступали кюстеры — помощники священников. Со временем сложилась и система подготовки учителей. В ее основе лежал «Большой катехизис» Лютера — наставление для учителей и пасторов, чья деятельность регламентировалась особыми уставами.

Во второй половине XVI в. стали издавать школьные уставы и в католических районах Германии. Католикам потребовалась собственная доктрина нравственно-религиозного воспитания. В результате был создан католический «Тридентский катехизис» (1563), на основе которого иезуит Петр Канизий написал популярный учебник для начальных школ. Роль иезуитов в развитии образования была весьма значительной. Их система обучения была рассчитана преимущественно на молодежь из верхов общества, но ради популярности ордена они давали бесплатное образование выходцам из самых разных слоев. Социальная практика иезуитов предусматривала выдвижение безродных, но одаренных юношей. Они были умелыми организаторами школьного дела и преподавателями университетов, устанавливали в своих учебных заведениях образцовый порядок, приспособили к своим целям идеалы классического образования. К концу XVI столетия в католических областях, особенно в Баварии, существовала сеть руководимых иезуитами начальных школ, гимназий, интернатов для бедных учеников, пансионов для молодых дворян, семинарий, где велась подготовка будущих членов ордена.

Высшей ступенью образования оставались университеты. Гуманистические традиции, укоренившиеся в университетах Германии, позволили существенно преобразовать содержание читаемых курсов. Они были сориентированы на изучение античного опыта. Все большую популярность приобретали практические специальности (медицина, юриспруденция, химия). Однако в результате развития государственной власти университеты утратили большую часть своих свобод, перешли под контроль церкви и княжеской власти, от которых зависели не только юридически, но и экономически. Финансирование университетов государством осуществлялось разными способами (зарплата, пребенда, выплаты с доходов от дорожной пошлины, содержание за счет секуляризированного монастырского имущества). В полном подчинении у протестантских князей были новые университеты в Галле, Йене, Кенигсберге. Менялись и функции таких университетов. Они становились в большей степени центрами профессионального образования на службе у государства и должны были готовить чиновников, администраторов, судей, дипломатов.

XVI-XVII вв. ознаменовались коренными переменами в развитии естествознания и математических наук. Идеи Коперника об организации солнечной системы получили развитие в трудах Иоганна Кеплера (1571-1630), который открыл три закона обращения планет вокруг Солнца. Опубликовав данные законы в работах «Новая астрономия» и «Гармония мира», он снабдил их новыми, более точными таблицами движения планет. На основе математических расчетов и разработанных формул Кеплер подтвердил правильность теории гелиоцентризма. Наряду с Коперником и Галилеем он стал создателем новой астрономии.

Ряд крупных открытий в фармакологии сделал Парацельс. Определенный итог современному знанию по горному делу и минералогии подвел Георг Агрикола (1494-1555) в знаменитом труде «О горном деле и металлургии» в двенадцати книгах. Леонард Фукс (1501-1566), профессор медицины в Ингольштадте и Тюбингене, ввел в научный обиход широкую ботаническую номенклатуру. В середине XVII в. были изданы сочинения о химических процессах и соединениях Иоганна Рудольфа Глаубера (1604-1670).

В гуманитарных науках главное внимание отводилось истории немецкого народа и церкви, а также теософским и философским трудам. Беат Ренан (1485-1547) в своем главном труде «Три книги германской истории» последовательнее своих немецких современников применил историко-филологическую критику источников. Он одним из первых стал различать в истории три периода: древний, средний и «более новый». В 40-50-е гг. увидели свет труды Иоганна Авентина (1477-1534), в том числе опубликованная на немецком языке «Баварская хроника» (1554). Также на родном языке в 1544 г. издается «Описание немецкой нации» Себастьяна Мюнстера (1489-1552). Популярный протестантский учебник по гражданской истории создал Иоганн Слейдан (ок. 1506-1556). Широко пользуясь архивными материалами, он описал историю Реформации с лютеранских позиций.

Исторические сочинения XVI в. окрашены резкими тонами конфессиональных пристрастий, их используют как орудие религиозного воспитания и межцерковной борьбы. Протестантским авторам принадлежит первая в исторической науке коллективная работа «Магдебургские центурии» (1559-1574), 13-томное издание по истории церкви. Под руководством М. Флакка создание данного труда велось по строгому плану, с четким разделением задач участников. Главная цель труда — показать, что вся история католической церкви с послеапостольских времен есть история ее «порчи», превращения в «царство Антихриста» — папы. В противовес католической церкви идеализировались императоры, боровшиеся с папством, проявлялся интерес к «идейным предшественникам» Реформации. Однако магдебургские ученые использовали критический метод односторонне, в основном для борьбы с идейными противниками. Вместе с тем протестанты поставили ряд проблем, прежде не привлекавших внимания немецких историков. Р. Рейнекс одним из первых в Германии (1583) выделяет в особую научную дисциплину историю языков, наук и искусств, т. е. историю культуры.