После того как новый датский король в начале 1848 г. заявил о желании присоединить Шлезвиг к Дании, в герцогствах поднялась волна протеста. В Киле было сформировано временное правительство для обоих герцогств; оно обратилось в Бундестаг с просьбой присоединить Шлезвиг к Германскому союзу. Жители Шлезвига приняли участие в выборах в Национальное собрание. По просьбе кильского правительства Бундестаг принял решение о вооруженном выступлении против Дании. От имени Германского союза войну с Данией начала Пруссия. Национальное собрание 9 июня подтвердило решение Бундестага. В специальном постановлении было заявлено, что война за Шлезвиг и Гольштейн является «делом всей немецкой нации».

Война с Данией развивалась успешно для Пруссии и была чрезвычайно популярна в Германии. Но датско-германский конфликт, экспансия рождающегося немецкого национального государства за границы Германского союза создавали угрозу Венской системе международных отношений и не могли не вызвать реакцию великих держав. Под давлением Англии и России Пруссия отступила. 26 августа она заключила в Мальме перемирие с Данией, которое предусматривало освобождение герцогства от германских войск, ликвидацию временного правительства в Киле, отмену всех его решений. Пруссия заключила это перемирие в одностороннем порядке, без согласования с Паульскирхе и правительством. Тем самым Пруссия нарушила закон, по которому вопросы войны и мира и договоров с иностранными государствами должно было решать центральное правительство по соглашению с Национальным собранием. Таким образом, Национальному собранию и правительству был продемонстрирован действительный объем их власти.

Перемирие в Мальме вызвало в стране острый политический, так называемый «сентябрьский» кризис. В общественном мнении поднялась буря возмущения «предательством» Пруссии. В самом Национальном собрании по вопросу о перемирии развернулись бурные прения. Угроза европейской войны и разрыва с Пруссией пугала многих депутатов. В конечном итоге 16 сентября 1848 г. большинством в 21 голос перемирие было ратифицировано.

При первых сообщениях о результатах голосования начались массовые собрания в ряде городов, в том числе во Франкфурте. Для защиты депутатов в город были введены прусские, австрийские и гессенские войска. 18 сентября стычки с солдатами переросли в уличные бои, но в тот же день франкфуртское восстание было подавлено. Однако оно нашло живой отклик в Юго-Западной Германии, например, в Бадене, где была предпринята новая попытка республиканского восстания. Сентябрьский кризис сопровождался сменой центрального правительства.

Вопрос о границах будущей единой Германии включал в се6я еще одну чрезвычайно сложную проблему — проблему Австрии. Большинство депутатов Паульскирхе занимало великогерманскую позицию: Австрия должна была войти в состав Германской империи. Но среди великогерманцев не было единства по вопросу, с какими территориями она войдет. Существовало два проекта. Первый предполагал включение только тех австрийских областей, которые входили в Германский союз («проект семидесяти»). Но это означало, что территория Австрии будет разделена на две части — имперскую и неимперскую, одна из которых будет иметь имперские органы власти, законодательство, суд, армию и т. д., а вторая свободна от этого. В результате, даже при формальном сохранении государственного единства, Австрия превратится в скрепленный личной унией союз.

Второй проект предусматривал включение всех территорий Австрии в состав Германской империи. В результате должно было образоваться центральноевропейское государство с 70 млн жителей. Но такое государство, как считали авторы проекта, не могло быть ничем иным, как только союзом государств. Речь, по сути, шла об изменении границ Германского союза при его сохранении. Но эта идея была неприемлема как для немецкого политического общества — она перечеркивала его надежду на национальное единство, так и для остальных народов — в будущем государстве они составляли бы меньшинство. 27 октября Национальное собрание проголосовало за «проект семидесяти». Голосование поставило Австрию перед альтернативой: или войти в Германскую империю ценой государственного единства, или сохранить государственное единство ценой исключения из империи. Победа контрреволюции в Австрии осенью 1848 г. усилила решимость австрийского правительства отклонить франкфуртский план. 27 ноября Феликс Шварценберг от имени австрийского правительства сделал заявление, которое явилось поворотным пунктом в конституционном развитии революционного периода. Смысл заявления состоял в следующем: Австрия останется единым государством, она по-прежнему будет частью германского мира, но одновременно — и частью Европы. Не следует торопить естественный ход событий. В перспективе предусматривалось создание Двойного союза (Doppelbund) — из «обновленной Германии и обновленной Австрии». Но этот союз должен быть оформлен в виде межгосударственного соглашения.

После этого заявления австрийского правительства в Паульскирхе активизировались малогерманцы — сторонники объединения страны без Австрии. У них появилась возможность, оставаясь в рамках программы Шварценберга, сосредоточиться над выработкой текста конституции единой Германии и исключить решение вопроса по Австрии. После нескольких месяцев обсуждения 28 марта 1849 г., Национальное собрание приняло текст Имперской конституции. На ее структуру и содержание преобладающее влияние оказала Конституция США. Главное внимание в конституции было уделено институтам имперской власти (император, рейхстаг, имперский суд). Имперской власти передавались внешняя политика, в том числе решение вопросов о войне и мире, законодательство по военным вопросам, таможенная политика, денежная система. Император воплощал монархический компонент конституции. Рейхстаг состоял из двух палат: верхней палаты государств (Staatenhaus) и нижней палаты народов (Volkshause). Нижняя палата избиралась на три года всеобщим тайным и прямым голосованием; таким образом, проявлял себя демократически-унитарный принцип. Верхняя палата состояла из представителей германских государств, наполовину назначавшихся правительствами, наполовину избиравшихся ландтагами. Верхняя палата воплощала федеративный принцип. Императором Германии Национальное собрание избрало прусского короля. Фридрих Вильгельм IV заявил, что готов встать во главе общего германского отечества, но принять имперскую корону может только при условии согласия на это остальных германских монархов. Принять корону от собрания, «выросшего на почве революции», прусский король не хотел.

В апреле в Германии началась кампания за имперскую конституцию. Ландтаги всех государств потребовали от своих монархов и правительств утверждения имперской конституции. Публиковались соответствующие статьи в газетах, составлялись резолюции и адреса многочисленными либеральными и демократическими организациями, съездами. В поддержку конституции высказались городские муниципалитеты. Эта общая кампания принесла результаты в мелких и средних государствах — 29 из них признали конституцию. Но самые крупные — и это имело решающее значение — выступили против. 15 апреля имперскую конституцию отклонила Австрия, 25 апреля — ганноверский король, который в ответ на требование признать конституцию распустил ландтаг, 28 апреля такая же участь постигла саксонский ландтаг. Против введения конституции выступил и король Баварии. Наконец, в самой Пруссии была распущена нижняя палата ландтага, и 28 апреля Фридрих Вильгельм IV опубликовал ноту, обращенную к Франкфуртскому собранию и ко всем германским правительствам, в которой заявил о своем окончательном отклонении имперской конституции и об отказе от предложенной ему имперской короны. Пошатнулись надежды на малогерманское решение национальной проблемы. Характерный для германской революции курс на осторожное переформирование имеющихся структур в конечном итоге натолкнулся на эти самые структуры.