Такой взрыв открытой борьбы против католицизма вызвал репрессии властей против реформационных проповедников. Многие из них были вынуждены искать прибежище на юге Германии — в Страсбурге, одном из главных центров реформационного движения, а также в Констанце, Ульме, Меммингене. В 1523-1529 гг. в этих и других городах региона получило распространение цвинглианство. В швабских городах учение Цвингли соперничало с лютеранством. Важным результатом развития городского реформационного движения стало постепенное втягивание в борьбу сельского населения, поначалу в окрестностях небольших городов, особенно тесно связанных с деревней. Тем самым ширилась массовая основа Реформации.

Довольно умеренный тип реформирования осуществили магистраты многих верхнегерманских городов. Здесь городские власти стремились вести осторожную политику постепенных церковных преобразований, ограничиваясь сначала превращением клириков в рядовых бюргеров. В ряде имперских городов юго-западной Германии, входивших в Швабский Союз (Ульм, Мемминген), общины и магистраты взаимодействовали в осуществлении Реформации. Сама община определялась как христианский мир малых размеров, а ее сакральный характер служил обоснованием для вмешательства в церковное управление. Именно община начала движение за церковное обновление и поддерживала магистраты.

В июле 1524 г. в Шпейере собрались представители реформированных городов на съезд. В ответ в конце 1524 г. появился Бургосский эдикт Карла V, который требовал у городов соблюдения Вормского эдикта под угрозой отлучения. Большая заслуга в обосновании общинного права на церковную реформу принадлежала нюрнбергскому реформатору Лазарусу Шпенглеру. Он настойчиво проводил мысль, что император не вправе вмешиваться в духовные дела, что реформа церкви — воля всей общины и что к смуте ведет не Реформация, а сопротивление ей со стороны церковных институтов. Таким образом, воля общины стала высшим аргументом в проведении городской Реформации.

В развитии Реформации важной вехой стал 1526 г., когда по решению Шпейерского рейхстага имперские чины получили возможность до церковного собора действовать в религиозных вопросах по своему разумению, «как если бы они были ответственны только перед Богом и его императорским величеством». Выполнение Вормского эдикта стало необязательным. Евангелические князья и города, принявшие Реформацию, использовали это для укрепления своих позиций.

В 1529 г. Филипп I Великодушный (1504-1567), ландграф Гессенский, заинтересованный в объединении цвинглианской и лютеранской Реформации, устроил в Марбурге встречу Лютера и Цвингли. Принципиальные расхождения по вопросу о том, кто должен политически осуществлять Реформацию (князья — у Лютера, городской республиканизм — у Цвингли), оказались в Марбурге лишь фоном для резких различий в трактовке таинства причастия. Лютер сохранял средневековое представление о реальном присутствии тела и крови Христа в момент таинства, Цвингли видел в святых дарах лишь символ искупительной жертвы Христа.

Замысел ландграфа не удался: отныне Лютер энергично выступал против Цвингли и его сторонников, добиваясь вытеснения цвинглианства из городских общин Верхней Германии, но это произошло уже после гибели Цвингли. В 1536 г. на основе разработанного Меланхтоном «Виттенбергского согласия» в городах Верхней Германии утвердилась лютеранская трактовка Реформации. Годом ранее съезд в Гамбурге закрепил успехи лютеранства и в городах Ганзейского союза.

Изгнание городским советом «цвиккауских пророков» во главе с Н. Шторхом дало толчок распространению анабаптизма в Германии. Сторонники сектантского учения попытались осуществить свою реформацию в Виттенберге (1522) и целом ряде других городов, однако сколько-нибудь существенных успехов не достигли. Наиболее известным актом анабаптистской Реформации стала организация Мюнстерской коммуны в 1534-1535 гг. после победы на выборах в городской магистрат анабаптистов, опиравшихся на городские низы. Мюнстер был объявлен «Новым Иерусалимом», т. е. центром «царства Божия». Преобразования, проведенные в Мюнстере анабаптистами во главе с выходцем из Нидерландов Иоанном Лейденским, заключались в проведении принципа уравнительства в распределении и в учреждении неограниченной монархии, теократического режима личной власти Иоанна Лейденского. Руководители анабаптистов ввели в городе полигамию (ссылаясь на тексты Ветхого Завета). В июне 1535 г. в итоге 16-месячной осады Мюнстер был взят противниками анабаптизма и совершенно разгромлен. Победители не щадили ни женщин, ни детей. Вожди коммуны, в том числе и Иоанн Лейденский, были казнены после жесточайших пыток. После этого движение анабаптистов раскололось на многочисленные секты и пошло на спад.

Покровитель Лютера Фридрих Мудрый так и не решился на осуществление в своем курфюршестве Реформации. Это в 1526 г. сделал его брат, Иоганн Постоянный. Однако годом раньше — первым из германских князей — церковную реформу провел великий магистр Тевтонского ордена Альбрехт Прусский, который распустил военно-духовный орден, произвел секуляризацию и возглавил светское княжество — герцогство Пруссия. Затем Реформация последовала в Люнебурге (1526-1527), Гессене (1528), Дитмаршене (1532), Померании (1534-1535), Вюртемберге (1534), Анхальте (1534) и др. В первую очередь в реформированных княжествах осуществлялась секуляризация церковного землевладения. Важной частью процесса секуляризации церковных имуществ княжескими властями и устроения новых земских и городских реформационных церковных порядков стали церковные и школьные визитации (инспекции). По программе, разработанной Лютером, Меланхтоном и их сотрудниками проверялись убеждения и действия учителей, университетских преподавателей, проповедников, низших церковных служащих. От них требовали строгого соблюдения предписаний лютеровской Реформации. Первые церковные проверки провели в 1526 г. в Саксонии. Комиссии из теологов и юристов составляли описи церковного имущества, изучали жизнь общин, особенно воззрения пасторов и учителей. Члены комиссий жаловались на равнодушие народа ко многим различиям старой и новой церкви, на малую образованность духовенства. Одновременно с проверкой церковное имущество предоставлялось дворянству и горожанам, часть его под контролем властей передавалась на содержание проповедников, школ, университетов. Вслед за Саксонией последовали визитации в Гессене и других территориях, а также в имперских городах.

Выступление Лютера против основ католицизма, разработка им новой трактовки христианского учения и последовавшая затем Реформация, охватившая всю Германию, существенно повлияли на представления немцев о желаемой организации общества. Крушение авторитета католической церкви влекло за собой полное неприятие того социально-политического режима, который существовал в Германии в начале XVI в. Поэтому широкая трактовка Реформации, особенно характерная для крестьянства и бюргерства, подразумевала реформирование всех сторон жизни. Однако княжеская власть и городские магистраты, зачастую проводившие Реформацию в собственных интересах, не стремились к осуществлению масштабных общественных изменений. Наличие многоплановых социальных противоречий в германском обществе подталкивало различные социальные группы к их быстрому и радикальному разрешению, что нашло отражение в рыцарском восстании 1522-1523 гг., крестьянских и городских выступлениях периода Крестьянской войны (1524-1525).

Германское рыцарство, возглавляемое Францем фон Зиккингеном, смогло первым среди сторонников Реформации разработать самостоятельную политическую программу реформ. Среди главных лозунгов этого движения — усиление власти императора, борьба с княжеским сепаратизмом, секуляризация церковного имущества, возвращение рыцарству достойной роли имперского военного сословия. Франц фон Зиккинген в своих наследственных владениях в Эренбурге и Нанштейне построил укрепленные замки, откуда совершал грабительские походы. К Зиккингену присоединился Ульрих фон Гуттен, а также многие евангелические проповедники, укрывавшиеся от гонений католиков. Среди них Буцер, Эколампад, Швебель. Именно Швебель в июне 1522 г. сформулировал требования рыцарства в отношении реформы церкви (изгнание монахов и монахинь из монастырей, отказ от почитания святых, удаление из церкви икон и убранства).