В землях к востоку от Эльбы, где рыночные импульсы еще во второй половине XV в. способствовали началу переориентации феодального хозяйства на заграничную торговлю аграрной продукцией, социальные последствия этих изменений не были еще такими существенными (в начале XVI в. барщина не превышала нескольких дней в году). В остэльбских землях преобладали крепкие крестьянские хозяйства, а само крестьянство выступало как носитель традиционных ценностей. К тому же полиэтничный состав крестьянства и слабость общинных связей не способствовали их консолидации для защиты своих прав, как это было в Юго-Западной Германии. Сдерживала крестьян и сплоченность феодалов, сила их репрессивного аппарата, обусловленные многовековой экспансией в восточноевропейские земли. В Центральной и особенно Южной Баварии, которую и в более позднее время называли «крестьянской страной», процессы социальной дифференциации были замедленны, эффективно функционировали общинные структуры, защищавшие интересы крестьянства. По меркам Европы XVI в. хозяйства баварских крестьян можно назвать «богатыми». Реформационные идеи с трудом проникали здесь в крестьянскую среду.

Наличие в Германии крупных регионов, не затронутых событиями 1524-1525 гг., позволяет отказаться от утвердившейся еще в советской историографии концепции фундаментальных последствий Крестьянской войны для дальнейшего развития всех германских земель. В таком контексте вернее будет фиксировать их в пределах тех регионов, где были очаги крестьянских выступлений.

Крестьянская война имела тяжелые материальные и социальные последствия для аграрного населения Юго-Западной и Центральной Германии. В первую очередь надо отметить гибель значительного числа социально активных людей. Жертвами войны стали около 70-80 тыс. участников движения. Карательные акции продолжались на протяжении всего 1525 г. Крестьяне, участвовавшие в войне, не только подвергались штрафу в размере от 6 до 10 гульденов с каждого очага, но и уплачивали компенсации за разрушение замков и монастырей. В некоторых регионах росло налогообложение со стороны территориальной власти, в большей части деревень прекратился созыв общинных собраний. Вместо принятых при участии крестьян общинных уставов вводились «господские установления». Опасаясь новых восстаний, феодалы Шварцвальда потребовали, чтобы крестьяне уничтожили церковные колокольни, снесли башни и заборы вокруг деревень.

С другой стороны, имелись и позитивные моменты. В Юго-Западной Германии было остановлено наступление феодальной реакции и распространение лично-наследственной зависимости крестьян. Требования крестьян, изложенные в «12 статьях», здесь были фактически выполнены. Крестьяне в Южной и Центральной Германии получили большую свободу в распоряжении землей. В Швабии и Вюртемберге укрепились ландштанды. Локальная сплоченность крестьян в Германии к западу от Эльбы до некоторой степени препятствовала усилению их эксплуатации местными феодалами.

Несколько иначе обстоит дело с городским населением, позиция которого в годы войны была крайне неоднозначна. Особой противоречивостью своих действий отличалось бюргерство. В целом оно выступало за Реформацию и требовало претворения в жизнь целого комплекса экономических и политических мероприятий, реализация которых, вне всякого сомнения, должна была способствовать развитию раннекапиталистических отношений. В этом смысле мы найдем в городских движениях середины 20-х гг. XVI в. и элементы «раннебуржуазной» революционности. Однако при этом надо помнить, что стремления бюргерства к централизации власти и обеспечению нормального функционирования внутренней торговли нельзя рассматривать как сугубо «буржуазные», ибо борьба с сеньорами (их таможенной и пошлинной политикой) и взаимодействие с королевской властью были актуальны и для средневековой эпохи.

Различалась позиция отдельных групп бюргерства и в отношении крестьянских выступлений. Если некоторые представители радикального бюргерства Франконии и Тюрингии могли идти на сотрудничество с крестьянами и даже выдвигать общие требования, то численно преобладавшее умеренное бюргерство, отчасти удовлетворенное реформационными изменениями, не могло встать на сторону крестьян-мятежников из-за существенных различий интересов и целей. В частности, непопулярными в городской среде были крестьянские призывы к установлению «Божьего права». Бюргерство не нуждалось в особом обосновании личной свободы, которая и так гарантировалась ему в силу принадлежности к городской коммуне. Что же касается антифеодальных крестьянских требований, то они были чужды горожанам, которые сами порой участвовали в эксплуатации жителей сельской округи. Участие городов в подавлении крестьянских мятежей можно рассматривать как стремление к поддержанию авторитета власти и восстановлению государственного порядка. Это было оправдано и экономическими соображениями, ибо война наносила непосредственный урон интересам бюргерства и вела к разрыву торговых связей.

Неоднозначны и последствия Крестьянской войны для бюргерства. С одной стороны, остались неудовлетворенными их требования об имперских реформах. С другой — проведение общинной Реформации в городах, вызванная этим более адекватная городским интересам политика магистратов, снятие в ряде случаев корпоративных запретов и, наконец, укрепление территориальной власти, стремившейся к введению налогового и правового единообразия в пределах своей компетенции, стимулировали процессы модернизации и развитие региональных рыночных структур.

Оценивая в целом характер Крестьянской войны, необходимо отметить, что это был грандиозный социальный конфликт переходного типа с преобладающими средневековыми чертами, но в котором, в контексте Реформации, присутствовали элементы, характерные для раннебуржуазных революций.

Развитие Реформации во второй половине 1520-х гг. не могло не беспокоить императора Карла V, стремившегося к восстановлению авторитета католической церкви в Германии. В 1529 г. на Шпейерском рейхстаге Карл V вновь потребовал строгого соблюдения Вормского эдикта. Католики победили большинством голосов. В ответ сторонники Реформации (5 князей и 14 городов) составили «Протестацию», заявляя, что решение Шпейерского рейхстага 1526 г., принятое единогласно, не может быть отменено. С этого времени сторонников Реформации стали называть протестантами.

На Аугсбургском рейхстаге 1530 г. была предпринята попытка согласовать конфессиональные доктрины и добиться церковного единства католиков и протестантов. Это потребовало от Лютера и его последователей четкого формулирования общих принципов лютеранского протестантизма. Заслуга в систематизации основ лютеранства принадлежит ближайшему сподвижнику М. Лютера Филиппу Меланхтону (1497-1560). Лютеранскую догматику, а также ее принципиальные отличия от католицизма и учения Цвингли Ф. Меланхтон систематически изложил в «Аугсбургском вероисповедании». Католики дали свой ответ — "Confutatio", в котором потребовали отмены результатов секуляризации, угрожали объявить всех препятствующих восстановлению позиций старой церкви нарушителями земского мира. Такие требования были неприемлемы для протестантов. Переговоры провалились.

Учитывая, что Меланхтон стремился к компромиссу с католиками, изложение лютеранского вероучения в «Аугсбургском исповедании» было сглаженным, а расхождения с католической церковной практикой объяснялись стремлением возродить нормы раннехристианской церкви. Главное значение придавалось практической части вероисповедания. Упразднялась пышность католических обрядов, церковь очищалась от «языческого» поклонения мощам, иконам, ликвидировались различные культы святых, отрицались посты, обеты, монашество. Вместо торжественной католической мессы вводилась простая литургия, в которой большую часть занимала проповедь (нравоучительная речь). Служба должна вестись на немецком языке. Евангелический священник — пастор — в проповеди обращался к пастве с актуальными для нее проблемами, сопровождая наставления примерами из жизни Христа. «Аугсбургское исповедание» закрепило догмат о двух таинствах — крещении и причастии. Новую «дешевую» лютеранскую церковь возглавлял князь, осуществлявший контроль не только за священниками, расходованием средств, но и за образованием.