Идеи церковного обновления зародиться в Германии не могли, ввиду того что сама церковь давно была частью государства. Они возникли в Аквитании, но центром стал монастырь Клюни в Восточной Бургундии, основанный в 910 г. герцогом Гильомом Аквитанским. Благодаря жесткости в отстаивании бенедиктинского устава его учеными аббатами, прямой подчиненности папству он быстро приобрел большой авторитет, принимаемый вместе с идеями обновления церкви многими приходами, также подвластными папе. В результате в течение X в. возникает сообщество (конгрегация) единомышленников в разных регионах католического мира, но, прежде всего, вне сферы функционирования «оттоновских привилегий». Члены конгрегации не выбирали себе самостоятельно настоятелей, но подчинялись власти приоров, назначаемых из Клюни. В Лотарингии опорой клюнийцев стало аббатство Горз; в Германии — основанный в 1059 г. монастырь Гиршау. Клюнийцы на ранних этапах своего движения требовали безусловного запрета симонии и николаизма. В обоих случаях это таило в себе угрозу независимости церкви от светской власти. В 994-1041 гг. во главе клюнийской конгрегации стоял аббат Одилон. Первым реальным достижением Одилона стало документально зафиксированное соглашение между епископами и местной знатью «клюнийских регионов» о перемирии Господнем, т. е. прекращении любых кровавых распрей с вечера среды до утра понедельника.

Сопротивление клюнийцам было довольно мощным и прежде всего на уровне римского престола. В 1046 г. в Италии было сразу три папы, один из которых, Бенедикт IX, продал свой, силой приобретенный сан, римскому клирику за 1 тыс. марок серебром. В неслыханный для церкви позор пришлось вмешаться Генриху III, сместить симонистов и назначать папами одного за другим своих ставленников (Климента II, Дамаса II, Льва IX). Лев IX рьяно принялся бороться против симонии, но придерживался союза с императором. После очередного папского кризиса в 1059 г. партия реформ сумела утвердить своего папу, Николая II, и провести Латеранский собор, принявший важнейшие решения. Он произвел реформу коллегии кардиналов, расширив ее за счет неимперских прелатов, установил избрание папы этим обновленным органом — конклавом — и только им. Германский епископат и король не признали декрет Латеранского собора: на синоде в Вормсе 1060 г. Николай II был низложен. Светская власть, однако, не скоро была отстранена от назначений пап и епископата. Многие епископы и монахи не желали переходить под юрисдикцию римского престола, и сопротивление проповедующим клюнийские порядки зачастую было кровавым: прелаты и монахи калечили тех, кто требовал соблюдения безбрачия (целибата). Нередко для разрешения подобных «дискуссий» Генрих III посылал войска.

За спором о симонии и николаизме стояли более серьезные экономические и политические проблемы, и главные из них касались вопроса об ограничении (в идеале — об уничтожении) ленных прав светских властей над епархиями и передачу их папству. Инвестировать[2] епископа или аббата должен папа или его легат, а не король или император. Соответственно и доходы от местных церквей должны стекаться в Рим. Светская власть не должна вмешиваться в церковные дела, но, напротив, подчиняться духовному авторитету церкви. Крупная знать усмотрела в подобной программе орудие ограничения королевской власти. По сути дела, речь шла об уничтожении оттоновского церковного миропорядка и лишения королей их главных политических союзников.

Идеологами церковной супрематии выступили выдающиеся теологи своего времени: Петр Дамиани, кардинал Гумберт и особенно монах Гильдебрандт, человек со сложной судьбой, весьма решительный и скорее прагматичный, нежели фанатичный. Дамиани и Гумберт своими сочинениями против симонии подготовили бурное теоретико-политическое творчество Гильдебрандта, особенно в качестве папы Григория VII. Разгул инакомыслия и враждебной королевской власти практики пришелся на малолетство Генриха IV и регентство его матери Агнессы. Именно с ее согласия идеологи «политического клюнийства» вмешивались в дела не только североитальянских, но и германских епархий.

В малолетство короля самые влиятельные прелаты Германии — архиепископы Бремена, Кёльна, епископ Вюрцбурга — развязали междоусобицы, в которые немедленно ввязались светские магнаты. Расхищение домениальных владений достигло невиданных размеров, доходы короны резко упали, королевская власть сильно ослабла. Размах распрей дошел до неслыханной дерзости: на рейхстаге в Трибуре в 1066 г. церковная и светская знать, стремившаяся устранить воспитателя Генриха IV, могущественного архиепископа Бременского Адальберта, предложила юному королю отстранить архиепископа или самому оказаться низложенным. Несмотря на мятежи, направленные на ослабление власти короля, многие светские и церковные магнаты Германии и Ломбардии серьезно опасались радикализма клюнийцев, понимая, что претензии на супрематию коснутся не только королевских ленов. Кардинал Гумберт, обличая симонистов, объявляет еретиками не только их, но и достойных ада потворствующих им. Приобретение Оттоном Великим императорского титула он считал величайшим злом для католической церкви. Оттон и его слуги сделали церковь рабыней. Гильдебрандт прямо утверждал: «Каждый добрый христианин имеет гораздо больше права на королевский титул, чем дурные князья».

Окружение Генриха IV в 1066-1072 гг. состояло не из верных ему министериалов, а из магнатов, которые в период его малолетства растаскивали домениальные владения и присвоили себе множество привилегий. В 1069 г. король совершил удачный поход против лютичей и по возвращении подавил восстание в Тюрингии, что повысило его авторитет. Сталкивая знать между собой, Генрих шаг за шагом усиливал свою власть; к управлению государством на короткое время вернулся Адальберт Бременский. Как и его предшественники, Генрих любил подолгу останавливаться в Госларе, застроенном и сильно укрепленном. Кроме того, в Восточной Саксонии находились значительные домениальные владения. Генрих начал возводить там многочисленные бурги, из которых особенно выделялся Харцбург. Гарнизоны состояли из королевских министериалов, с помощью которых Генрих оттеснял магнатов от власти. «Бургизацию» Остфалии саксонское население поняло по-своему: его застарелое предубеждение против франков приводило к мысли о новом порабощении Саксонии. Само появление бурга прочно ассоциировалось с усилением эксплуатации податной округи.

В 1073 г. Генрих задумал поход против Болеслава II Польского, нападавшего на Чехию и Венгрию, и с этой целью стягивал в Гослар войска из Южной Германии. В Госларе же был назначен съезд саксонской знати, однако по их прибытии Генрих тайно перебрался в Харцбург. Старинная вражда саксов к франкам привела к восстанию широких слоев населения, от знати до крестьян, с требованиями срыть заложенные бурги, удалить от двора ненавистных советников-министериалов и восстановить правительство из магнатов, освободить из заключения герцога Саксонии Магнуса. Бежав из Харцбурга, король пошел на уступки и переговоры. В ходе переговоров знать составила заговор с целью низложения Генриха на имперском собрании. Знать с удовольствием наблюдала, как крестьянство разрушает бурги в Остфалии, но ужаснулась участи Харцбурга, в котором была разрушена церковь вместе с мощами и реликвиями.

Генрих вернулся во Франконию и нашел опору в городах. В Вормсе и Кёльне горожане изгнали епископов, разграбив их дворцы. Выступив арбитром, король вернул прелатов и утихомирил льготами городское население. Жалуясь на поведение саксонской знати, он не только не принял ее извинений по поводу участи Харцбурга, но и попросил у Гильденбрандта анафемы для осквернителей святынь. Григорию VII пришлось это сделать и призвать южногерманскую знать покарать язычников. Столь веский аргумент, исходящий от неистового папы, быстро восстановил ленную власть короля на юге Германии и в Лотарингии. Генриху вскоре удалось собрать большое войско и выступить весной 1075 г. против Саксонии, в которой между знатными и крестьянскими мятежниками царило недоверие. В сражении при Хомбурге-на-Унструте восстание было подавлено; крестьянское ополчение было почти полностью уничтожено. Немедленно последовал карательный рейд против Тюрингии, которую перешедший на сторону короля архиепископ Майнцский отлучил от церкви. Показательное наказание тюрингцев заставило вождей восстания одного за другим возобновить вассальную присягу. Больше всех за мир ратовало крестьянство, самая пострадавшая часть мятежников. В октябре 1075 г. близ Зондерсхаузена остатки знатных бунтовщиков публично изъявили покорность.