Меры, которые следует рассматривать как начальный этап конфессионализации, начали осуществляться еще во второй половине 20-х — 30-е гг. XVI в. Происходила частичная секуляризация церковного имущества, сокращались некоторые налоговые, финансовые и правовые привилегии духовенства, расширялось влияние государства в местных церковных делах. В Германии папские мандаты позволяли католическим князьям, наряду с жесткой политикой рекатолизации, устанавливать контроль за деятельностью церковных учреждений. В Баварии под нажимом князей церкви и монастыри вернулись к католицизму. Государственные комиссии и комиссары строго контролировали публичную церковную деятельность, преподавание церковных дисциплин, книгоиздательское дело. Надо отметить, что процессы рекатолизации в Германии стали не только следствием мер, принимаемых папой и князьями. Рекатолизация происходила и на уровне обыденного сознания. Разочарованные в реформационных, прежде всего общественных идеалах, люди возвращались в лоно католической церкви (особенно много таковых было среди крестьян после Крестьянской войны).
Тридентский собор, проходивший в три этапа с 1545 по 1563 г., осудил и отверг те положения протестантизма, которые противоречили католицизму. Подтверждалось, что Священное предание должно почитаться наравне со Священным Писанием, сохранялось в неприкосновенности большинство церковных обрядов, ритуалов и норм. Инквизиция ввела контроль за изданием книг, их продажей, в 1559 г. был распространен Индекс запрещенных книг, включавший сочинения реформаторов, и книги, не соответствовавшие католическому пониманию благочестия, в том числе и отдельные произведения гуманистов.
Постановления Тридентского собора положили начало реформам католической церкви. Реформы преследовали цели повышения ее авторитета и влияния в обществе. Собор принял решение о реформе управления духовенством, которая предусматривала усиление епископского надзора за клиром, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов, устанавливались санкции против злоупотреблений и распущенности духовенства. В каждой епархии учреждались семинарии для пестования молодых священников и повышения образовательного уровня католического духовенства, представители которого слишком часто проигрывали в теологических спорах с протестантскими проповедниками. Упорядочивалось управление церковным имуществом, воспрещались торговля духовными должностями и вымогательства, отменялась практика торговли индульгенциями. Вводилось единообразие в католическую литургию, исправлялись богослужебные книги и обряды.
Проведя реформы, римско-католическая церковь с середины XVI в. взяла курс на повсеместную реставрацию католицизма. В Германии католическая церковь опиралась на различные социальные группы: в верхненемецких княжествах — на княжеские администрации, в рейнских землях — на влиятельные силы в среде горожан. Сторонники католицизма вели широкую письменную и устную пропаганду среди населения, возобновляли, где оказывалось возможным, отправление богослужения и обрядов римской церкви. Реформированная католическая церковь, опираясь на букву Аугсбургского религиозного мира о праве государя определять вероисповедание подданных, добивалась восстановления католицизма в полном объеме. Во второй половине XVI в. в Германии активно развернул свою деятельность орден иезуитов. Довольно скоро им удалось утвердиться в католических землях, особенно в Баварии. Представительства ордена появились также в Кёльне, Трире, Диллингене, Майнце, Браунсберге, Мюнхене. Одним из главных оплотов католицизма в Германии стал университет Ингольштадта, попавший под влияние иезуитов в начале 1550-х годов. Со вступлением на императорский престол в 1576 г. Рудольфа II (1552-1612) католики могли рассчитывать и на поддержку императорской власти.
Тем не менее успехи реформированной католической церкви в Германии были гораздо скромнее, чем в Южной Европе. Католицизм, укрепившись на юге Германии, так и не смог вернуть в лоно единой церкви большинство князей и их подданных на севере страны. Более того, в последней трети XVI в. протестантизм завоевывает новых сторонников в германских землях. Особенно впечатляющим было распространение кальвинизма. В то время как ортодоксальное лютеранство тратило силы в теологических дискуссиях, кальвинизм предложил подлинное развитие реформационной мысли и энергичное воплощал новые идеи на практике.
Основателем кальвинизма был француз Жан Кальвин (1509-1564). Его главный труд «Наставление в христианской вере» прошел через несколько редакций (окончательный вариант 1559 г.) и отразил определенную эволюцию взглядов Кальвина. Центральным звеном кальвинизма стало учение о Божественном предопределении. Лютер оставил без убедительного ответа вопрос: как проверить, искренне ли верит человек в Бога? Кроме добросовестного исполнения человеком моральных норм, предписываемых лютеранством, гарантий искренности веры не было. Именно эту проблему смог решить Кальвин. Он утверждал, что Бог еще до сотворения мира предначертал каждому человеку его участь: одним — погибель, другим — спасение. Изменить судьбу человек не в силах, никакие заслуги не принимаются в расчет — ни добрые дела, ни искренняя вера. Человек вследствие первородного греха испорчен, лишь по милости Господней ему даруется вера в Бога. Такое понимание человека должно было бы порождать фатализм, но Кальвин теологически обосновывает исключительную активность личности. Человек не знает, что ему предписано свыше, и узнать это доподлинно не может, но Бог время от времени подает знак, верно ли человек исполняет свое «призвание» и что его ожидает в загробной жизни. Таким знаком является успех или неудача человека во всех жизненных начинаниях. Если человек счастлив в браке, имеет детей, здоров, удачлив в профессиональной деятельности, то это и является намеком свыше на то, что ему суждено спасение. Так как успех не приходит сам собой, человек должен всеми силами его добиваться. Кальвин теологически обосновал религиозно-нравственные стимулы энергичной деятельности индивида, что оказало влияние на развитие духа предпринимательства ранней буржуазии и более рационального восприятия жизни: именно трудом достигается успех.
В своем политическом учении Кальвин, подобно Лютеру и Цвингли, рассматривал государство как установление Бога, но подчеркивал и обязанности правителей в служении обществу и даже отстаивал право общины на сопротивление тирании. Кальвинизм отличали строжайший надзор за поведением и образом мыслей граждан, систематические инспекции частных жилищ, суровые наказания за преступления против нравов и веры, нетерпимость к инакомыслящим. Важное значение для Реформации имела новая организация церкви с весомой ролью собрания пасторов (конгрегации) и пресвитерианских консисторий, ведавших делами нравственно-религиозного назидания.
Попытка Кальвина лично распространять свое учение в Германии в 1539-1541 гг. не имела успеха. Однако к 60-м гг. XVI в. кальвинизм превратился в значимую религиозную силу. Носителями кальвинистских убеждений в Германии были мигранты из Голландии, Испанских Нидерландов и предпринимательско-бюргерские круги крупных немецких городов. Тесная взаимосвязь между кальвинистской этикой и раннекапиталистическим сознанием показывает, что в городах западногерманских земель укрепился довольно широкий слой буржуазии.
Решающую роль в утверждении учения Кальвина в Германии играла княжеская власть. С точки зрения прирейнских князей, кальвинизм обладал некоторыми преимуществами перед лютеранством. Он позволял установить контроль за подданными, в том числе и за их повседневной жизнью. Кальвинистское предопределение стимулировало экономическое развитие княжеств, что вело к росту доходов правителей. Распространившийся в Швейцарии, Франции, Англии, Голландии, Восточной Европе кальвинизм давал прочную основу для международной защиты протестантского движения от посягательств императора и папства. Кроме того, он служил интересам мелких княжеств, оберегая их от экспансии со стороны более крупных, делал их независимыми от влияния лютеранских и католических курфюрстов. В связи с успехами кальвинизма в Германии немецким историком X. Шиллингом введено понятие «вторая Реформация», которая характеризуется германскими исследователями как княжеская.
