Появление в конце мая 1842 года первого тома «Мертвых душ» вновь разделило Россию на два лагеря. Бескомпромиссная сатира Гоголя была встречена злобной хулой реакционной части общества. Ярые реакционеры Полевой, Сенковский и Булгарин всячески старались очернить писателя и доказать, что его произведение не имеет ничего общего с русской действительностью. «Друзья» из либерального славянофильского лагеря — С. Т. Аксаков и С. П. Шевырев — пытались приглушить обличительное социальное звучание поэмы, уверяя, что Гоголь не стремился создавать разоблачительное сатирическое произведение. Белинский, напротив, дал четкую концептуальную трактовку «Мертвых душ». Вслед за ним Герцен писал: «Поэзия Гоголя — это крик ужаса и стыда, который испускает человек, унизившийся от пошлой жизни, когда он вдруг замечает в зеркале свое оскотинившееся лицо». В отличие от героизированного Гоголем украинского народа, народ русский, увиденный им за страшным лицом помещичьей России, — это в большинстве своем либо споенный, деморализованный рабской психологией крепостной, либо те самые умершие крестьяне, которых скупает Чичиков. Лишь в лирических отступлениях и пейзажах поэмы проступает иная Россия — с ее былинным размахом, с неистребимым стремлением вперед, подобно птице-тройке.
В 1843 году в Петербурге вышли «Сочинения» Гоголя в четырех томах, что принесло писателю некоторый доход. Он поручил П. А. Плетневу и С. П. Шевыреву из этих денег создать Фонд помощи нуждающимся талантливым студентам Петербургского и Московского университетов.
С 1845 года произведения Гоголя начинают издавать в Европе: на чешском языке изданы «Старосветские помещики» и «Нос»; на французском — «Тарас Бульба», «Записки сумасшедшего», «Коляска», «Старосветские помещики» и «Вий»; через год на немецком — «Мертвые души», «Повесть о том, как поссорились Иван Иванович с Иваном Никифоровичем», «Тарас Бульба», «Записки сумасшедшего», «Коляска», «Старосветские помещики», «Вий»; в 1847-м — «Тарас Бульба» на датском языке.
Последнее десятилетие жизни Гоголя ознаменовано как тяжелым душевным кризисом, так и мучительными творческими поисками. Он замышляет в последующих частях «Мертвых душ» показать нравственное перерождение своих героев, нарисовать перспективы возрождения общества и государства. Одновременно писатель работает над второй редакцией «Ревизора». Запоздало пытаясь объясниться с публикой, он заканчивает в Риме, куда выехал с поэтом Н. Языковым летом 1842-го, миниатюру «Театральный разъезд», где дает свое обоснование комедии «как зеркала общественной жизни», и приводит взгляд различных слоев общества на свою пьесу.
Поселившись в Риме, он в то же время разъезжает по всей Европе: ездит лечиться в Германию, живет то в Ницце, то в Париже, нигде не находя ни душевного покоя, ни улучшения здоровья. В отсутствие Гоголя в Петербурге 9 декабря 1842 года в Александринке состоялось первое представление комедии «Женитьба». Как писал Белинский, «комедия играна гнусно и подло, Сосницкий (Кочкарёв) не знал даже роли». Гоголя страшно расстроил провал спектакля. 5 февраля 1843 года «Женитьба» с большим успехом была поставлена труппой Малого театра в бенефис М. С. Щепкина, состоявшийся на сцене Большого. Однако московский успех не облегчил душевного кризиса.
Дом семьи Гоголей-Яновских в с. Васильевка (теперь Гоголево).
Теперь Гоголь все силы отдает только «Мертвым душам». Утопическая идея «светлой России», во имя которой он начал писать вторую часть, видится ему настолько несостоятельной, что в июле 1845 года он сжигает несколько глав готовой рукописи. Под влиянием нарастающих религиозных настроений Гоголь снова и снова пытается переосмысливать свои произведения — пишет в 1846–1847 годах «Развязку „Ревизора“», затем «Дополнение к развязке „Ревизора“». Но его морализаторские потуги встречают отпор со стороны самых близких друзей. Щепкин категорически отказывается от постановки «Развязки» и отговаривает Гоголя печатать ее. Столь же неудачной была попытка написать вторую часть «Портрета» и перевести обличительную идею его в мысли о примиряющей роли искусства… Испуганный выводами, которые неизбежно следовали из его лучших произведений, изолировав себя в Европе от передовой русской мысли, поддерживая переписку с ограниченным кругом друзей, Гоголь в январе 1847-го издает «Выбранные места из переписки з друзьями», предисловием к которым ставит завещание, написанное в Гамбурге в 1845 году — именно тогда, когда сжигал рукопись «Мертвых душ». Новую книгу составили письма, адресованные П. А. Плетневу (ректору Петербургского университета, издателю журнала «Современник»), С. П. Шевыреву (профессору Московского университета, сотруднику реакционного погодинского «Москвитянина»), В. А. Жуковскому, Н. Языкову, А. П. Толстому и другим, а также статьи о Пушкине, Карамзине, о русской поэзии и др. «Душа моя изнемогла… я думал, что в книге моей скорее зерно примирения, а не раздора, — писал Гоголь в „Авторской исповеди“. — Мне показалось только непреложной истиной, что я не знаю вовсе России, что многое изменилось с тех пор, как я в ней не был»…
Осознавая необходимость вернуться на родину и все увидеть собственными глазами, писатель в мае 1848 года, посетив Иерусалим, возвращается через Одессу в Васильевку. А в сентябре приезжает ненадолго в Петербург, где знакомится с Некрасовым, Гончаровым и другими сотрудниками «Современника». Однако эта встреча оставляет у всех какое-то ощущение неловкости, принужденности. Гоголь уезжает в Москву, где живет сначала у Погодина, а затем у А. Толстого — в доме Талызина у Никитских ворот.
Он бесконечно переписывает рукопись, но так и не может дописать «Мертвые души». Летом 1849 года он читал главы второго тома Смирновой и Аксаковым в Абрамцево, но все это выглядело неубедительно. Душевный кризис нарастал.
Не вполне понятна роль графа А. П. Толстого, в семье которого Гоголь жил последние годы. С его слов — в ночь на 11 февраля, за десять дней до смерти, Гоголь сжег второй том «Мертвых душ» и прочие рукописи. Уцелели только письма Пушкина, Жуковского и его личные. Утром Гоголь будто бы сказал графу Толстому: «Вообразите, как силен злой дух! Я хотел сжечь бумаги, давно уже на то определенные, а сжег главы „Мертвых душ“!». Среди бумаг, оставшихся в доме после смерти Гоголя, были обнаружены первые четыре главы черновика «Мертвых душ» и еще одна глава, не обозначенная номером. С. П. Шевырев, литератор и друг Гоголя, переписал подготовил их к печати, и они были изданы в 1855-м — в первый год правления Александра II. Последние две недели Гоголь ничего не ел, только пил воду, разбавленную красным вином. Умер он 21 февраля (4 марта по новому стилю) 1852 года.
Как свидетельствует теща М. Погодина, находившаяся рядом с писателем до самой его кончины, в последние минуты он требовал: «Лестницу! Поскорее лестницу…». Куда спешил подняться Гоголь в последние мгновения жизни, мы никогда не узнаем… Все имущество, оставшееся после кончины Гоголя, не считая разной мелочи, составляли шуба, шинель и часы, а также 170 рублей 10 копеек от продажи книг. Истинным богатством великого писателя был его портфель с рукописями.
Гроб с телом Гоголя был поставлен для прощания в церкви Московского университета. Крышку гроба закрыл Щепкин. Похороны состоялись на третьи сутки — 24 февраля на кладбище Свято-Данилова монастыря, снесенном в 1932 году в связи с реконструкцией Москвы.
Неожиданная, скоропостижная и загадочная смерть Гоголя вызвала много толков и пересудов. Многие современники считали, что писатель умер потому, что хотел умереть. Так, И. С. Тургенев писал С. Т. Аксакову: «… мне, право, кажется, что он умер потому, что решился, захотел умереть, что это самоубийство началось с истребления „Мертвых душ“».
Врачом, который находился возле Гоголя в последний месяц его жизни, был Алексей Терентьевич Тарасенков, известный медик, написавший ряд работ по психиатрии. Он познакомился с Гоголем за месяц до его смерти и принимал участие в последнем врачебном консилиуме. Ни Тарасенков, ни другие врачи не заметили ничего особенного в состоянии организма писателя. Во время перезахоронения в 1931 году его останков на кладбище Новодевичьего монастыря, когда в живых не осталось ни одного из тех, кто знал Гоголя при жизни, возникли слухи о том, что Гоголя похоронили в состоянии летаргического сна… Вызвано это было тем, что череп, когда гроб открыли, лежал повернутым набок. Других изменений положения тела зафиксировано не было. На новой могиле со временем был установлен новый памятник с бюстом писателя, а фрагменты первоначального памятника — крест-Голгофу — разыскала и установила на могиле мужа вдова Михаила Булгакова… Полное собрание сочинений Н. В. Гоголя в 15-ти томах было издано лишь в 1940–1952 годах.