Но если Тридцатилетняя война подходила к концу, то против Османской империи намечалась новая коалиция, в состав которой должны были войти Испания, Венеция и Австрия. Дипломаты этих стран при содействии папы римского стремились привлечь на свою сторону Речь Посполитую и Запорожскую Сечь, но действовали тайно, опасаясь негативной реакции польского сейма.
В апреле 1646 года по приглашению короля в Варшаву прибыла представительная делегация украинского казачества. На тайном совещании стороны договорились, что запорожцы на 60 кораблях выступят в поход на Черное море. На подготовку им было передано 6 тысяч талеров. Тогда же Владислав IV пообещал расширить казацкий реестр до 12 тысяч. Гетманом предстоящего морского похода король назначил Б. Хмельницкого и вскоре через канцлера Оссолинского, посетившего Запорожскую Сечь, передал ему гетманскую булаву. Однако королю не удалось сохранить в тайне свои планы, и в октябре 1646 года сейм высказался против войны с Турцией.
В начале 1646 года умер коронный гетман Конецпольский, за годы правления сумевший сосредоточить в своих руках обширные земельные владения на Правобережной Украине с Чигирином и его окрестностями. Коронным гетманом в Украине был назначен Николай Потоцкий. Сын Конецпольского Александр, ставший старостой корсунским и Чигиринским, и назначенный им Чигиринским подстаростой Даниэль Чаплинский, — предъявили претензии на принадлежавший Хмельницкому Суботов, воспользовавшись тем, что документы на имение как на наследственную собственность оформлены не были. Летом 1646 года Богдан Хмельницкий поехал в Варшаву и король лично подтвердил его права на Суботов. Тем не менее Конецпольский и Чаплинский не отказались от своих намерений. Во время боя с татарами, напавшими на Чигирин в конце 1646 года, один из солдат Чаплинского ударил Богдана саблей по шее, однако кольчуга выдержала удар. Затем слуги Чаплинского избили до полусмерти несовершеннолетнего сына Хмельницкого. Весной 1647 года, пользуясь отсутствием хозяина, Чаплинский совершил разбойный наезд на Суботов и захватил все имущество Хмельницкого, скот и хлебные запасы.
Это нападение ускорило кончину долго болевшей жены Богдана Анны, урожденной Сомко. Местный суд, куда обратился Хмельницкий, приняв сторону безраздельно хозяйничавших на землях Чигиринщины Конецпольского и Чаплинского, в виде компенсации за потеряный хутор согласился на выплату потерпевшему 150 злотых, что не шло ни в какое сравнение с реальной стоимостью понесенного ущерба. Это стало последней каплей, переполнившей чашу терпения Богдана. На помощь короля надежды не было — Владислав был бессилен против самоуправства магнатов и подвластной им шляхты в Украине. Хмельницкому оставался один путь — на Запорожье.
Осенью 1647 года Хмельницкому хитростью удалось раздобыть у командира реестровых казаков Барабаша королевскую грамоту, обещавшую казакам денежные выплаты и расширение реестра. Узнав об этом, Конецпольский приказал схватить Б. Хмельницкого, надеясь получить от гетмана Потоцкого разрешение на его казнь. Однако Чигиринский полковник Станислав Кричевский, кум Хмельницкого, в середине декабря 1647 года отпустил Богдана из-под стражи. Не желая более искушать судьбу, Богдан с несколькими десятками ближайших сторонников тотчас же отправился на Сечь.
За месяц Б. Хмельницкий сплотил вокруг себя запорожских казаков: 25 января 1648 года началось восстание под его руководством. Большая часть реестровых казаков Сечи перешла на сторону Хмельницкого. Польский гарнизон был выбит с острова Хортица. Тогда же Богдан Хмельницкий был избран гетманом Войска Запорожского.
Тотчас же начались переговоры запорожцев с крымскими татарами о союзе против поляков. Задумывая масштабную войну против Речи Посполитой, необходимо было обезопасить тыл. В противном случае поляки, заплатив хану необходимую сумму, ударили бы казакам в спину.
По договоренности, татарам в ходе войны доставалась добыча (в том числе и пленные, за которых можно было получить выкуп), а казакам — освобожденная территория. Хан Ислам-Гирей, с недоверием относившийся к планам Богдана, поначалу дал ему в помощь лишь несколько слабо вооруженных отрядов. Более существенная помощь из Крыма пришла уже после первых побед запорожцев.
Поляки, не придавшие особого значения уходу Б. Хмельницкого на Сечь, серьезно обеспокоились, узнав о соглашении казаков с татарами. Коронный гетман Потоцкий отправил на Сечь послов во главе с полковником Кричевским, обещая предоставить казакам ряд прав и свобод, а Хмельницкому — возвратить Суботов. Но теперь остановить ход событий было уже невозможно. Ничего не добившись переговорами, Потоцкий стал собирать силы для подавления восстания в самом его начале.
Известие о том, что Потоцкий концентрирует войска, ускорило выступление запорожцев. В апреле 1648 года Хмельницкий устремился к Чигирину. У Каменного Затона он привлек на свою сторону высланных против него реестровых казаков и в конце апреля окружил и атаковал вторую часть высланных против него сил при Желтых Водах. В ходе боев под Желтыми Водами 5–6 мая польские войска потерпели поражение. Захваченных в плен поляков с их командиром Шемберком восставшие передали татарам.
Узнав о разгроме под Желтыми Водами, спешивший на помощь Шемберку Потоцкий повернул от Чигирина назад. Однако Хмельницкий, без труда овладев родным городом, вскоре настиг его у Корсуня. Потоцкий решил без боя незаметно отойти к Богуславу, но Хмельницкий, разгадав его планы, поставил на пути поляков засаду. Утром войска Потоцкого, растянувшиеся в окруженной лесом балке в урочище Ореховая Дубрава, были атакованы и разбиты. В плен попали гетманы Потоцкий и Калиновский. Развивая наступление, запорожцы в ближайшие дни овладели хорошо укрепленной Белой Церковью, отрезав от Польши все Среднее Поднепровье с Левобережьем — владениями ярого католика и непримиримого врага казаков князя Иеремии Вишневецкого, предок которого, легендарный Байда, по иронии судьбы был основателем первой Запорожской Сечи.
По всей Украине разгоралось пламя казацко-крестьянских восстаний. Поляки массово бежали к укрепленным замкам Волыни и Подолии. Православный воевода Киевский Адам Кисель, не надеясь удержаться в городе, покинул свой замок и отступил с гарнизоном на запад. Иеремия Вишневецкий со своими силами направился на Волынь в обход Киева, через Чернигов и Гомель.
Слава о Хмельницком как народном освободителе разлетелась по всем уголкам Украины, и к нему потянулись многочисленные отряды крестьян и мещан, плохо вооруженные и не имевшие боевого опыта, но готовые продолжать борьбу за свободу. Во всем этом хаосе нужно было срочно разобраться, назначить командиров, обеспечить новоприбывших оружием и амуницией. Быстро менялись и задачи борьбы. Восстание запорожцев, преследовавших свои сословные интересы и ратующих за искоренение унии, теперь превращалось в общенародную освободительную войну. Повсеместно вводилось народное самоуправление, ликвидировалось помещичье землевладение, отменялась крепостная зависимость. Первоначальные требования о расширении казачьего реестра теряли свою актуальность. Казаками провозглашали себя десятки тысяч людей. Из Приднепровья восстание ширилось на запад. На Подолии успешно действовали отряды полковника Ивана Богуна. 16–18 июля полковник Максим Кривонос разбил собравшего для военного реванша остатки польских сил в Украине князя И. Вишневецкого на Волыни под Староконстантиновом. К середине лета 1648 года Украина от рубежей татарских и московских владений до Подолии и Волыни превратилась в готовую продолжать борьбу казацкую республику.
В ходе ожесточенной борьбы не обходилось без кровавых эксцессов и гибели тысяч невинных людей. Восставшие казаки и крестьяне избивали польских помещиков и военных, управляющих поместьями, арендаторов и мелких торговцев-перекупщиков. В свою очередь, отряды шляхты сжигали украинские села и хутора, истязали казаков и крестьян. Зверства чинились с обеих сторон. Но в отличие от И. Вишневецкого, призывавшего к массовым пыткам и казням для народа, Б. Хмельницкий никогда не отдавал приказов о расправах над мирным населением.