В 1604 г. И. Борецкий стал ректором Львовской братской школы, занимая антиуниатскую, но в целом толерантную по отношению к католицизму позицию. Однако после Брестского собора последовали массовые гонения и было ясно — развитие православной культуры на западноукраинских землях на данном этапе усложняется. Притеснения вынуждали преподавателей принимать унию, а то и переходить в католичество, либо уезжать на восток, прежде всего в Киев, где давление было менее сильным. В 1610 г. Борецкий переезжает в Киев, открывая, как священник, приходскую школу. Он быстро входит в круг образованных людей города, связанных с киевским братством, Киево-Печерской лаврой и увлекает их идеей открытия школы высшего типа, по примеру той, которой он руководил во Львове. Эта мысль встретила понимание.

Сразу же возникли основные вопросы — о кадровом обеспечении будущей школы и средствах на ее содержание. Сложнее было решить финансовый вопрос, поскольку к тому времени многие знатные фамилии Украины, в том числе и потомки прославленного мецената Константина-Василия Острожского, уже приняли католицизм.

Источником существования киевского братства были пожертвования в прежде всего мещан — ремесленников, торговцев, промысловиков, а также монастырей, духовенства, зажиточных казаков и верных православию мелкопоместных шляхтичей. Так, состоятельная православная дворянка Галшка Гулевичевна, жена киевского подчашего и мозырского маршалка Стефана Лозки, пожертвовала Киевской братской школе на Подоле свою усадьбу с земельным участком, а также средства на содержание учителей. Благодаря этому братская школа получила собственное помещение.

Первым ректором Киевской братской школы, открытой в 1616 г., стал И. Борецкий, к тому времени уже известный в православных кругах ученый и писатель-полемист. Рядом с ним были такие крупные деятели украинской культуры того времени, как сын бывшего ректора Острожской коллегии Герасима Смотрицкого — Мелетий Смотрицкий, автор известной церковнославянской грамматики, также поэт Кассиан Сакович. Оба они после И. Борецкого руководили организованной им школой: первый в 1619–1620, а второй в 1620–1624 гг.

Деятельность этих первых трех ректоров, прежде всего самого И. Борецкого, определила уровень Киевской братской школы как учебного заведения высшего типа и заложила основы дальнейшего ее подъема. В Киеве в те годы были сосредоточены лучшие культурные и научные силы всего восточнославянского мира — Елисей Плетенецкий, Захарий Копистенский, Тарасий Земка, Лаврентий Зизаний, Памво Беринда. Среди преподавателей преобладали монахи, но были и светские люди.

Иов Борецкий. Служебник. Киев, 1632. Василий Великий. Миниатюра.

В Киевской школе, как это было принято во всех православных братских школах, учились дети разных сословий.

Возглавляемая И. Борецким деятельность братской школы была тесно связана с культурно-просветительским кружком Киево-Печерской лавры, которым руководил высокообразованный архимандрит Елисей Плетенецкий. Именно ему удалось добиться от королевского правительства подтверждения ранее полученных этой обителью прав и привилегий. Е. Плетенецкий собрал богатейшую библиотеку. Ходатайствами этого архимандрита в 1615 г. в лавре была открыта типография, которую возглавил Памво Беринда — лингвист, писатель, переводчик и печатник, получивший почетный титул «архитипографа церкви Российския». Характерно, что первой книгой, которая вышла из типографии Киево-Печерской лавры в декабре 1616 г., было пособие для учеников братских школ — «Часослов».

Подъем образовательной и издательской деятельности в Киеве происходил на фоне обострения социально-церковной борьбы в Польско-Литовском государстве и международной обстановки в Восточной Европе. Поражением закончилась попытка поляков посадить на трон Московского царства сына короля Сигизмунда III королевича Владислава (будущего короля Владислава IV), но последний продолжал бороться за царский венец.

В 1618 г. польские войска подступили к Москве, но оказались в трудном положении. Королевич был спасен только благодаря энергичным действиям запорожского гетмана Петра Сагайдачного. После этого события популярность вождя украинских казаков, прославленного своими победами над татарами и турками, значительно усилилась. Зимой с 1617 на 1618 г. в Киеве были антиуниатские выступления горожан, поддержанные запорожскими казаками.

Эти и другие события заставили Сигизмунда III в 1618 г. выдать грамоту с гарантиями прав православных жителей Киева. Горожане несколько успокоились, однако сама по себе эта грамота мало что значила, поскольку официально православная церковь польскими властями оставалась непризнанной.

В 1618 г. И. Борецкий, передав руководство братской школой М. Смотрицкому, принял монашество и был избран игуменом ведущего в пределах Киева (лавра находилась за чертой города) Михайловского Златоверхого монастыря. Его жена также приняла постриг в одной из расположенных неподалеку от Михайловского монастыря женских обителей. Самые теплые отношения они сохраняли до последних дней своих.

Служебник Иова Борецкого. Фрагмент титульного листа.

Из Москвы через Киев на Ближний Восток возвращался Иерусалимский патриарх Феофан и этим случаем для восстановления Киевской православной митрополии грех было не воспользоваться.

В августе 1620 г. в Киево-Печерской лавре состоялось тайное совещание представителей православных общин и монастырей Польско-Литовского государства, где было решено просить патриарха высвятить И. Борецкого на православного митрополита Киевского. Прибывший в Киев Феофан сначала боялся пойти на такой решительный шаг из страха перед возможной местью со стороны поляков. Но П. Сагайдачный гарантировал патриарху безопасность силами казаков и тот решился на этот акт.

В сентябре 1620 г. патриарх Феофан, с разрешения вселенского патриарха, при участии еще двух высоких иерархов восточной церкви — митрополита Софийского Неофита и епископа Страгонского Авраамия, под охраной казаков в храме Братского монастыря рукоположил на митрополита Киевского и Галицкого Иова Борецкого. Поскольку старейший из сохранившихся в городе после монгольского нашествия киевский Софийский собор находился в руках униатов, местом пребывания митрополита стал расположенный неподалеку Михайловский Златоверхий монастырь.

Возрождение православной Киевской митрополии повысило значение Киева как центра всего украинско-белорусского православия. Именно в то время начала формироваться традиция величать Киев «Вторым Иерусалимом». Одним из первых так стал называть город в своих посланиях И. Борецкий.

Католики и униаты при всем их негодовании не смогли воспрепятствовать восстановлению православной Киевской митрополии. Папа обратился к королю с призывом наказать нового митрополита и епископов, но польские власти не решились предпринять каких-либо действий, зная, что тем самым спровоцируют выступление украинского казачества. А в поддержке Войска Запорожского король остро нуждался в предстоящей широкомасштабной войне с турками. Положение Сигизмунда III усугублялось еще и тем, что в большом сражении на Цецорских полях осенью 1620 г. польские войска потерпели поражение и теперь на карту было поставлено само существование Речи Посполитой.

В июне 1621 г. казаки на своем совете, который проходил с участием православного духовенства во главе с Иовом Борецким, приняли решение выступить на помощь польскому войску против огромной турецкой армии при условии официального признания Польско-Литовским государством восстановленной православной церкви. Сорокатысячное украинское войско во главе с гетманом П. Сагайдачным, соединившись с уступавшей ему численно польской армией, в тяжелых боях под Хотином в сентябре того же года остановило турецкое наступление. Однако эта победа стоила гетману Сагайдачному жизни. Возглавляемая И. Борецким Киевская митрополия осталась без влиятельного заступника и покровителя.