В этих нелегких походах Петр проявлял незаурядные мужество и военно-организационный талант. Его авторитет неизменно возрастал, и в 1605 году он был впервые избран гетманом Войска Запорожского. Тогда же запорожские казаки во главе с Сагайдачным совершили блестящий морской рейд в Черное море и взяли на болгарском побережье турецкий город-крепость Варну, а в следующем году нанесли болезненные для турок и татар удары по Очакову и Перекопу, опустошив прилегающие к ним районы.

Эти успехи принесли Сагайдачному общеевропейскую славу. Запорожские казаки, как и во времена Байды-Вишневецкого, переломили ход борьбы с турецко-татарскими силами в Северном Причерноморье в свою пользу. С того времени, вплоть до смерти прославленного гетмана, военная инициатива неизменно принадлежала запорожцам. В 1609 году запорожцы во главе с Сагайдачным на своих «чайках» снова вышли в Черное море и сожгли мощные турецкие города-крепости Измаил, Килию и Аккерман, освободив, как обычно, многих томившихся в плену христианских невольников.

Однако Петр Конашевич не смог воспользоваться плодами своих побед в полной мере. В эти годы, в связи с неурядицами и смутами в Московском царстве, многие запорожские, как и донские или терские казаки, искали себе добычи и славы в войсках самозванцев — Лжедмитрия I и Лжедмитрия II, выступали в союзе с предводителем повстанческих сил Болотниковым, казачьими атаманами типа «царевича Петра» или Заруцкого.

Участие в этих, по сути, грабительских операциях отвлекало значительную часть украинских казаков от закрепления достигнутого Сагайдачным успеха в Северном Причерноморье. Сам Сагайдачный в эти аферы не ввязывался. Более того, руководимые им действия против татар и турок объективно шли на пользу Московскому государству, поскольку обостряли отношения между Османской империей и Речью Посполитой. Однако каждый казак на свой страх и риск выбирал, где, за что и с кем воевать.

Польский король Сигизмунд III, стоявший за всеми этими авантюрами, хотел подчинить Московское царство и посадить на трон в Кремле своего сына королевича Владислава. Опасаясь войны с Турцией, он решительно выступал против действий запорожских казаков в Причерноморье. Однако его приказы и угрозы уже мало волновали казачество. Украинский народ в лице сечевого рыцарства (а запорожские казаки себя в официальных документах нередко называли именно «лыцарями» — рыцарями) сформировал собственные, вполне самостоятельные вооруженные силы.

В 1612 году Сагайдачный снова вторгся в Крымское ханство, разорил Козлов (Гизлеу, нынешняя Евпатория), затем, обогнув полуостров, нанес удар по принадлежавшей туркам Кафе (Феодосии). Однако в это время он получил известие о том, что татарская орда вторглась на земли Подолии. Запорожский гетман повернул свои войска на север, подстерег возвращавшихся с Украины татар и внезапно напал на них у Конских Вод. В результате победы запорожцы завладели имуществом, награбленным ханскими войсками, и освободили множество пленных.

Запорожские удары по турецким твердыням Причерноморья с новой силой возобновились после окончания Смутного времени в Московском государстве и притока с севера на Сечь новых масс казаков. Подлинным триумфом Войска Запорожского был морской поход 1614 года на южный берег Черного моря. Сагайдачному удалось взять один из крупнейших турецких портовых городов — Синоп, истребить местный гарнизон, освободить христианских невольников и с богатой добычей, почти без потерь вернуться в Украину.

За этим успехом в следующем году последовал дерзкий и не менее удачный налет 80 запорожских «чаек» на Стамбул. Казакам удалось стремительно сжечь две столичные пристани, а затем в сражении с турецкой эскадрой захватить несколько галер и обратить в бегство (а по некоторым данным даже пленить) турецкого военачальника.

Но Сагайдачный не останавливался на достигнутом и не давал врагам передышки. В 1616 году он возглавил морской поход на Кафу, где находился крупнейший в Северном Причерноморье невольничий рынок и в ожидании своей судьбы томились тысячи христианских невольников. Стремительно ворвавшись в гавань, казаки сожгли стоявший там турецкий флот и овладели крепостью. А освобожденные пленники разнесли славу о доблестном гетмане во все концы Восточной и Центральной Европы.

Последним из взятых запорожским отаманом турецких портов Причерноморья стал город Трапезунд (Трабзон) на южном побережье Черного моря. После его разорения казаками взбешенный султан приказал казнить великого визиря и многих своих военачальников. Завершающим аккордом в этой победоносной борьбе стал поход 1619 года под предводительством Сагайдачного против Крымского хана.

Главные силы запорожцев в течение 20 лет направлялись, как видим, на борьбу с Османской империей и Крымским ханством. Король Сигизмунд III часто был этим крайне недоволен, однако воспрепятствовать действиям казаков не мог. Но при всей самостоятельности запорожцев по отношению к польским властям, они официально не отказывались от подданства Речи Посполитой, и им приходилось считаться с интересами Кракова. Ведь для борьбы с турками казаки нуждались в налаженном поступлении продовольствия, оружия и боеприпасов из украинских городов, где были размещены королевские гарнизоны. Кроме того, в случае тотальной войны с Османской империей (которая вскоре и началась) остановить врага можно было лишь совместными польско-украинскими силами.

Поэтому Сагайдачный, как и командовавший польскими войсками в Украине коронный гетман Станислав Жолкевский, в случае поднимавшихся казацких восстаний стремился найти мирное решение и не доводить ситуацию до открытой войны с Речью Посполитой. Такой войной незамедлительно воспользовалась бы имевшая огромный военный потенциал Турция.

Один из компромиссов был достигнут при переговорах Сагайдачного и коронного гетмана в октябре 1617 года при их встрече в урочище Сухая Ольшанка около Белой Церкви. Поляки согласились расширить казацкий реестр, а в ответ на это запорожцы взяли обязательство самовольно не нападать на Крым и турецкие владения.

Более того, польские власти, нуждавшиеся в поддержке украинского казачества в продолжавшейся войне с Московским государством, вынуждены были пойти на существенные уступки в религиозном вопросе. Король в принципе дал согласие официально признать в пределах Польско-Литовского государства юридически упраздненную и замененную униатским духовенством Православную Церковь с ее иерархией и земельными владениями.

А вот отношения запорожцев с правительством царя Михаила Федоровича Романова складывались не лучшим образом. Кремлевская администрация, считая своим главным врагом Речь Посполитую, после изгнания поляков из Москвы вошла в дружеские отношения с турками и крымскими татарами, намереваясь привлечь их к войне с королем Сигизмундом III. Однако возобновление такой широкомасштабной операции ставило под удар полчищ султана прежде всего украинские земли. Поэтому запорожцы во главе с Сагайдачным в первые годы правления царя Михаила оказались в лагере его противников.

В таком сложном контексте международных отношений становятся понятными причины совместного похода польской армии под командованием королевича Владислава (ставшего впоследствии королем Речи Посполитой) и запорожских казаков во главе с Сагайдачным на Москву (1618 год). Королевич, двигаясь на российскую столицу кратчайшим путем от удерживаемого поляками Смоленска, явно поторопился. Подступив к стенам города, он оказался в окружении. Однако подоспевшему Сагайдачному (взявшему по пути Елец, Ливны и ряд других городов) удалось спасти польскую армию.

Этот эпизод имел далекоидущие последствия для развития украинско-польских отношений. Ярый католик Сигизмунд III, при всей его колонизаторской по отношению к Украине политике, испытывая чувство благодарности к Сагайдачному за спасение сына, официально утвердил его гетманское достоинство по отношению к украинскому казачеству (тем самым фактически признав его реальную власть над большей частью Приднепровской Украины). Соглашение с коронным гетманом Жолкевским в октябре 1619 года на реке Раставице у городка Паволочь еще более укрепило положение лидера запорожцев.