Падение Центральной Рады и УНР было предрешено. На последнем заседании Малой Рады 29 апреля 1918 года была принята Конституция УНР и земельный закон, а Михаил Грушевский был избран президентом Украины. Однако акции эти были скорее символическими и не могли повлиять на дальнейший ход событий. В этот же день, 29 апреля представители съехавшегося в город крепкого крестьянства избрали гетманом Украины Павла Петровича Скоропадского, генерал-лейтенанта царской армии и прямого потомка гетмана Украины Ивана Скоропадского. Члены Малой Рады, узнав об избрании гетмана, без сопротивления разошлись по домам, уступив власть П. П. Скоропадскому и его приверженцам из организации «Украинская Громада».
Подобно подавляющему большинству украинских социалистов, М. С. Грушевский перешел в непримиримую оппозицию по отношению к гетману, но активного участия в борьбе с ним не принимал. Он отверг предложение Скоропадского возглавить создававшуюся под гетманским патронатом Украинскую Академию наук, мотивируя свой отказ принципиальным неприятием новой власти. Тогда президентом вновь созданной УАН был избран знаменитый ученый-естественник В. И. Вернадский. Утешение М. С. Грушевский в это время, как и влечение почти всей своей жизни, находил в работе над томами своей «Истории Украины-Руси».
Когда в середине декабря 1918 года Киев заняли силы Директории, Грушевский снова рассчитывал выйти на авансцену украинской политической жизни и восстановить Центральную Раду в ее прежнем статусе, но эти инициативы не нашли поддержки. Власть на еще не занятой красными и белыми части Украины оказалась в руках соперничавших между собой В. Винниченко и С. Петлюры.
Стремительное наступление большевиков на Киев вынудило Грушевского с семьей в первых числах февраля 1919 г. покинуть город. На короткое время он задержался в Каменец-Подольском, где редактировал газету «Голос Поділля», работал над учебником по истории Украины. В марте он участвовал в работе совещания представителей украинских социалистических партий, на котором обсуждались меры влияния на Директорию с целью воспрепятствовать подписанию союза с Антантой, войска которой уже высадились на юге Украины. Участники совещания даже создали Комитет по охране республики и предложили Грушевскому войти в его состав. Но Михаил Сергеевич, сославшись на свой предстоящий отъезд за границу, отказался. Комитет просуществовал всего несколько дней. В конце марта 1919 года Грушевский с семьей выехал в Прагу, затем некоторое время жил в Берлине, Вене и Женеве, а в 1922 году поселился в Бадене. Осенью 1919 года он основал Украинский социологический институт, наладил издание журнала «Борітеся — поборете», библиотеки ценных книг. Сотрудники института подготовили к печати серию оригинальных и переводных трудов по социологии, истории культуры и социальному движению. Сам Михаил Сергеевич в это время закончил работать над монографией «Начала гражданства (генетическая социология)», опубликованной в 1921 г.
Одновременно Грушевский фактически возглавлял Заграничную делегацию УПСР, члены которой внимательно следили за развитием событий в Украине. Летом 1920 г. М. Грушевский и А. Жуковский направили письмо в ЦК КП(б)У, в котором, наряду с признанием заслуг большевистской партии в борьбе с империализмом, подчеркивали также, что политическая ситуация в Украине не способствует дальнейшему развитию мировой революции «в результате борьбы, которая возникла между украинским народом и Советской Россией и до сих пор не остановлена вследствие ошибок, допущенных с обеих сторон». Это письмо, адресованное секретарю ЦК КП(б)У С. Косиору, стало первым предложением Заграничной делегации ЦК УПСР о сотрудничестве с правящей большевистской партией, а, по сути, намеком на возможность возвращения эсеров в Украину.
Часть руководителей ЦК КП(б)У одобрительно отнеслась к возможному возвращению М. С. Грушевского, о чем свидетельствовало приглашение приехать на родину, переданное Михаилу Сергеевичу членами делегации УССР на советско-польских переговорах в Риге в феврале 1921 года.
Находясь в эмиграции, Грушевский, в свою очередь, имел возможность убедиться в безразличии руководителей европейских стран к украинским событиям. Поэтому не удивительно, что, не найдя поддержки на Западе, М. Грушевский, начиная с 1920 года, ищет пути сближения с большевистским руководством Украины, пишет письма С. Косиору и Х. Раковскому (тогдашнему председателю СНК УССР), предлагая им сотрудничество в случае, если ему будет разрешено вернуться в Украину для продолжения научной работы. Своей властью большевистские лидеры ни с кем делиться не собирались, тем не менее в возвращении на родину такого авторитетного ученого и общественного деятеля либерально-социалистических взглядов, как Грушевский, они были заинтересованы. В октябре 1922 г. Секретариат ЦК КП(б)У специально рассматривал вопрос «Об украинской эмиграции». С сообщениями выступили представитель УРСР в Чехословакии Н. Левицкий и замнаркома иностранных дел УРСР Я. Яковлев. Они представили общую картину настроений украинской эмиграции, заметив, что Грушевский «теперь остался ни с чем, поскольку все грушенята разбежались». На этом заседании практически был взят курс на разложение эмиграции. Левицкий предлагал: «Отбить большие силы, которые профильтровать и отправить сюда, а интеллигенцию группы сменовеховцев использовать только для разложения эмиграции, пускать их сюда не стоит». Подобную тактику предлагал и Яковлев: «Обещание о возвращении останется обещанием, психологически мы всегда сумеем выкрутиться».
Грушевский тем временем полностью сосредоточился на научной работе и руководстве Украинским социологическим институтом. Ситуация усложнилась тем, что многие украинские деятели, оказавшиеся рядом с ним в эмиграции, не поддерживали желания ученого вернуться на родину, где хозяйничали большевики. Непростое моральное состояние Грушевского усугублялось и материальными трудностями. Сотрудники увольнялись из его института, а некоторые начали в открытую нападать на него. Неутешительными были и дела УПСР. Часть членов Заграничной делегации (Н. Шаповал, Н. Григорьев и др.), заняв антисоветскую позицию, сблизилась с Винниченко. Все более ощутимой становилась изоляция Грушевского.
В конце 1922 года М. С. Грушевский получил от большевистских лидеров Украины заверение в готовности пойти навстречу ученому. В ноябре 1922 года Грушевский порывает с руководством УПСР и принимает решение вернуться в Киев, поверив в искренность намерений большевиков содействовать развитию украинской национальной культуры и поддерживать украинскую науку. 31 декабря 1923 года, предварительно заручившись согласием ученого, его избрали действительным членом ВУАН. 2 марта 1924 года Грушевский с семьей выехал из Вены и пять дней спустя прибыл в Киев. Здесь он снова энергично берется за научную и организационную деятельность: возглавляет кафедру истории украинского народа в рамках исторической секции историко-филологического отделения ВУАН и археографическую и историческую комиссии этой секции, участвует в подготовке к публикации многочисленных изданий. Вокруг патриарха украинской историографии объединяются талантливые ученики. Но основное внимание Михаила Сергеевича приковано к работе над «Историей Украины-Руси».
Между тем плодотворной работе общественно-гуманитарных секций ВУАН ощутимо мешал обострившийся антагонизм между М. С. Грушевским и С. А. Ефремовым, корни которого уходили во времена Центральной Рады. Это противостояние было выгодно большевикам, стремившимся держать Академию наук под своим полным контролем.
Общественно-политические взгляды М. С. Грушевского для новой власти были более приемлемы. В 1929 году он был избран академиком АН СССР. Но после судебного процесса над «Союзом освобождения Украины» в 1930-м году, на котором главным обвиняемым оказался С. Ефремов, власть взялась и за Грушевского, отказавшегося давать показания против последнего.
23 марта 1931 года в Москве, где Грушевский находился в командировке, он был арестован. Ордер на арест подписал заместитель председателя ОГПУ Г. Ягода. Грушевского обвиняли в том, что он возглавлял «Украинский национальный центр», контрреволюционную организацию, против которой была направлена очередная акция «разоблачений». Несмотря на плохое самочувствие ученого, его допросы длились с 28 марта по 3 апреля 1931 г. На завершающем этапе следствия он отказался от вырванных под давлением показаний и был освобожден из-под стражи. По делу «УНЦ» проходило более 50 человек. Все они получили разные сроки (от высылки до 6 лет тюремного заключения), но сталинские времена пережили единицы. Грушевский, оказавшись на свободе, был снят со всех должностей и вынужден был жить в Москве под надзором НКВД. Вскоре к нему перебрались жена Мария Сильвестровна и дочь Екатерина. Академик тихо жил в столице, пытаясь найти отдушину в научной работе. Его нередко можно было встретить в московских архивах и библиотеках.
