Джилмор, принявший 12-го июня командование и получивший еще подкрепления, увеличившие его десантный корпус до 11 000 человек, занял несколько островов на юге. План его был таков: занять остров Моррис, с тыла сломить сопротивление укреплений, а затем разрушить Самтер, действуя по его горже береговыми батареями; аналогично он хотел поступить и на острове Салливан. Первую часть ему удалось выполнить, но на севере Салливана он не мог достичь крупных успехов со своими недостаточными силами.
Дальгрен вступил в командование 6-го июля и с этого момента начались опять совместные действия обоих начальников.
Борегар использовал время для починки всех повреждений, но вместе с тем правительство отняло у него часть войск.
Войска северян, находившиеся на острове Фолли и усиленные до 6500 человек, совершенно незаметно подошли ближе чем на 1 000 метров к самым южным укреплениям острова Моррис и построили там ночью, в полнейшей тишине, сильные батареи, между тем как флот производил диверсию.
Поэтому противник был настолько ошеломлен, когда 10-го июля его 11 орудий, стоявших на южном фронте, были осыпаны снарядами из 47 орудий, что после слабого сопротивления 2000 северян могли высадиться на Моррисе. Искусно произведенной диверсией они захватили одновременно и остров Джэмс. Батареи также действовали с успехом.
К вечеру Джилмор собрал на Моррис уже 8000 человек и из осторожности немедленно окопался там против 2000 противника. Эта часть острова состояла из песчаных холмов; далее к западу почва становилась болотистой.
Борегар великолепно оборудовал форт Вагнер. Валы его были толщиной в 40 фут и представляли надежное закрытие для его гарнизона в 1500 человек. Подход к форту был затруднен разного рода заграждениями.
Однако Борегар не мог рассчитывать со своим слабым гарнизоном, насчитывавшем едва 1500 человек, на большие вылазки, и поэтому он еще больше укрепил свою позицию.
Джилмор атаковал форт Вагнер на следующий день, но был отбит с большим уроном; дальнейшие атаки кончились тем же, так что 19 июля пришлось перейти к правильной осаде. Суда обстреливали укрепления почти ежедневно. Во время одной из последних атак суда заставили форт замолчать и войска пошли в атаку, вследствие чего флот прекратил огонь. Тогда гарнизон форта выскочил из укрытий, бросился к отвезенным назад и заряженным орудиям и встретил атакующих, вошедших уже на бруствер, убийственным картечным огнем, заставившим их отступить с уроном в 1500 человек. Таким образом, им не удалось овладеть фортом несмотря на согласные действия флота и сухопутных войск. Все эти бои носили крайне ожесточенный и кровопролитный характер.
Огонь осадных орудий часто поддерживался флотом; с 17-го по 24-е августа батареи выпустили 5 000 снарядов. Внешние форты вскоре замолчали, так что мониторы могли приблизиться на 3 000 метров к форту Самтер, а 23-го числа даже на 800 метров, для пробития бреши, вследствие чего форт скоро замолчал. Тем временем суда были защищены от других фортов удачно нашедшим туманом.
24-го числа стены Самтера (высотой в 20 метров и толщиной в 2-4 метра) были разрушены и весь форт представлял из себя груду развалин, но не спустил своего флага. В предшествовавшую ночь город обстреливался зажигательными гранатами, что повторялось и в дальнейшем, несмотря на неоднократные протесты.
С 1-го по 7-ое сентября форт Вагнер подвергся особенно сильной бомбардировке. Атака с штурмовыми лестницами на форте Грее была отбита. Гарнизон очистил ночью оба форта, но Самтер оставался в руках южан и вход, как и раньше, был непроходим. Остальные форты держались, несмотря на сильную бомбардировку; действия обеих сторон можно назвать блестящими.
Теперь Дальгрен сделал попытку взять Самтер ночью, через пробитую брешь, отправив для этого 450 человек на 26 шлюпках. В половине второго ночи противник заметил буксируемые шлюпки; семи из них удалось пристать под сильным огнем; остальные обстреливались фортом Малтри и одним монитором. Высаженная команда, в числе 150 человек, не могла однако, влезать на стены в 12 фут высотой и попала в плен; остальным пришлось вернуться. Таким образом, после больших потерь, это крайне рискованное предприятие потерпело неудачу. Дальнейшая бомбардировка флотом и несколько попыток уничтожит заграждения, не дали никаких результатов.
Южане теперь начали ряд атак брандерами и шлюпками, вооруженными минами. В ночь с 5-го на 6-ое октября такая «адская машина» взорвалась под носом «Айронсайда», убив всего трех человек. Эта атака была произведена одним из первых «миноносцев». В 9.15 часов вечера к кораблю приблизился какой-то небольшой темный предмет; часовой выстрелил в него, но немедленно за этим последовал взрыв.
Этот первый миноносец имел форму сигары, длина его была 50 футов, диаметр – 5 футов. Над водой выдавалась только небольшая рубка, длиной в 10 футов и вышиной в 2 фута над поверхностью воды. Но носу находился длинный подвижной шест с миной. Миноносец имел боковые кили, винт и опрокидывающуюся трубу. Взрыв мины, так называемой «шестовой» потушил огонь в топке котла; командир, механик и лоцман бросили судно, одев спасательные пояса. Два проходивших мимо монитора и посланные вдогонку шлюпки, потеряли миноносец из виду.
Командира подобрал угольный транспорт; остальной команде удалось вернуться со своим судном в Чарльстон. Моральный успех был громаден, и отныне блокирующим судам пришлось значительно увеличить свою бдительность.
Благодаря трудности всей обстановки и начавшимся вследствие сильной жары болезням, осада продолжалась лишь с большим трудом. Мониторы находились в ремонте; их посадили при полной воде на мель и затем очистили днища водолазами, так что они вновь приобрели скорость в 10 узлов. 26-го октября они были опять в состоянии возобновить бомбардировку Самтера.
6-го декабря затонул монитор «Уихаукен», стоявший во время сильной зыби на якоре по внутреннюю сторону бара. Несчастье было вызвано тем, что он слишком глубоко сидел носом из-за большого груза снарядов в носовой части, и что забыли задраить якорные клюзы. Так как нос вскоре сильно опустился, то приемные клапаны помп на корме перестали действовать. В виду еще целого ряда других упущений он затонул через 15 минут носом вперед; погибло 4 офицера и 15 нижних чинов.
У Чарльстона вскоре наступило общее затишье; город сдался на капитуляцию только 17 февраля 1865 года, после более чем двухлетнего храброго сопротивления.
В начале 1863 года на севере построили 20 броненосных судов, по типу «Монитора». Водоизмещение этих мониторов доходило до 850 тонн, вооружение состояло из двух 15-дм. пушек во вращающейся башне. Затем приступили к постройке четырех двухбашенных мониторов в 1600 тонн водоизмещения, длиной в 80 метров, шириной в 20 метров и с углублением в 5,5 метров. Броня была толщиной в 11-дм., вооружение состояло из двух 15-дм. пушек.
Юг действовал аналогично и усиленно готовился к борьбе на море. Два броненосных тарана южан сражались с успехом у Чарльстона. Броненосец «Атланта», наоборот, потерпел неудачу в Варзау-Зунде, где он во время боя с монитором «Уихоукен» сел на мель и был разбит последним после 15 выстрелов, из которых только четыре попало в него.
Размеры «Атланты» были: длина – 65 метров, ширина – 13 метров, углубление -5 метров. Он имел 4-дм. броню и был вооружен двумя 6-дм. пушками по бортам и 2-мя 7-дм. нарезными орудиями на поворотных станках; он развивал ход в 10 узлов; команды на нем было 145 человек. Он был переделан из бывшего блокадопрорывателя. Все эти бои произвели большое впечатление в Европе, которая теперь совсем отказалась от мысли о вмешательстве, чему также способствовала постройка югом 11 броненосцев.
В конце 1863 года север располагал почти 600 судами (470 000 тонн; в том числе 75 броненосных судов) с 4400 офицеров и 50 000 нижних чинов. Юг имел, считая и каперов, 28 пароходов со 150 орудиями и свыше 43 000 человек команды. Только в редких случаях теперь удавалось быстрым блокадопрорывателям проскакивать мимо блокирующих судов, но зато юг имел много успеха в каперской войне за границей, от чего немало страдали мореплавание и торговля севера.