В это время греческому миру стала грозить новая опасность, надвигавшаяся из глубины Азии к морю, а именно персы, ставшие на протяжении нескольких веков наиболее опасными врагами греков и оказавшие большое влияние на ход греческой истории. Двигаясь из Лидии, персы должны были, прежде всего, покорить малоазийских греков. Лидийские цари уже со времен первого царя Гига, сделавшего в 690 г. до н. э. страну независимой от ассирийского владычества и создавшего обширное государство, признавали большое значение морских сношений и поэтому стремились к владению гаванями на важном для них малоазийском побережье. Им удалось завладеть местностью Троей, после чего они начали борьбу с греческими государствами; некоторые из них, например, Магнезия и Смирна, были покорены и уничтожены. Милет же успешно выдержал одиннадцатилетнюю осаду, благодаря флоту, позволявшему ему свободу морских сношений, и заключил в 605 г. до н. э. мир с Лидией. В это время распалась Ассирия, и лидийский царь Алиатт (609-561 гг. до н. э.) оказался вынужденным для защиты своего царства на востоке начать войну с мидянами; ему удалось удержать под своей властью земли вплоть до реки Галиса. На западе наступило затишье.

К этому времени греческие малоазийские города, ведя торговлю в Египте, Ливии, на Понте и во всей восточной части Средиземного моря, и вытеснив отовсюду начавших приходить в упадок финикийцев, достигли наибольшего расцвета. Наследовавший Алиатту Крез (560-546 гг. до н. э.) возобновил планомерную борьбу с греками и положил конец их самостоятельности. Очень ценя греческую культуру и желая приобщить к ней лидийцев, он пожертвовал в пользу дельфийского храма необычайно ценные подарки, принимал участие в Олимпийских играх, посылая туда своих представителей, и вел дружбу с Алкмеонидами. Но ему слишком ясны были выгоды обладания малоазийским побережьем, для того чтобы оставить его независимым. Поэтому он силой подчинил своей власти Эфес, лежавший неподалеку от Сард, а затем обложил данью остальные города, но обошелся с ними очень мягко, так что они сохранили свою самостоятельность. В 546 г. до н. э. он был осажден в Сардах персами, взят в плен и свергнут с престола царем персов Киром. Лидия была обращена в персидскую провинцию. Против персов восстали ионийские города, за исключением Милета, который предпочел договориться с персами, остальные же города не соединились для совместной защиты от персидской опасности,и один за другим были завоеваны и подверглись более или менее печальной участи. Фокейцы, желая предотвратить подобный исход, решили покинуть свой город; погрузив имущество и семьи на корабли, в числе пятидесяти пентеконтер, они отправились на поиски новых земель. Не будучи приняты своими соплеменниками на Хиосе, они отправились в Алалию на Корсике и занялись морским разбоем. Это вызвало совместное нападение на них карфагенян и этрусков, результатом чего была битва при Алалии (в 537 г. до н. э.). В этой битве фокейцы, хотя и не были побеждены, но потеряли большую часть своих кораблей и решили не оставаться на острове, а переселиться в Региум (Южная Италия). То же самое произошло с жителями ионического города Теоса, основавшими впоследствии Абдеру во Фракии. Остальные города не последовали этим примерам. Даже некоторые острова подчинились персам, несмотря на отсутствие у тех флота, и только карийские города оказали отчаянное сопротивление.

После смерти Кира, последовавшей в 525 г. до н. э., ему наследовал Камбиз, предпринявший завоевание Египта. Покоренные финикийцы и малоазийские греки были вынуждены предоставить в распоряжение персов свои корабли. При помощи созданного таким путем флота, и при участии предводителя греческих наемников Фанея, Камбиз сделался властителем Египта. После его смерти, последовавшей в 522 г. до н. э., царем Персии сделался Дарий Гистасп.

К этим войнам имеет некоторое отношение Поликрат, самосский тиран, заслуживающий упоминания, как представитель греческого морского могущества. Самосцы, достигшие успехов в области кораблестроения, мореплавания, промышленности, земледелия и горного дела, отличались, кроме того, предприимчивостью и изобретательностью. Отец Поликрата, начальник самосского флота, поднял восстание против аристократического правления, свергнул его и сделался тираном. После его смерти власть перешла к трем его сыновьям. Поликрат убил одного брата, изгнал другого и сделался единственным правителем (в 536 г. до н. э.). Обладая выдающимися способностями, честолюбивый и богатый, он в короткий срок построил флот из 100 пятидесятивесельных кораблей, с которыми не мог сравняться никакой другой. С таким флотом, царствуя над морем, он стал вести морской разбой на всем Архипелаге: налагал дань на портовые города, победил милетцев и лесбосцев, разрушил сопротивлявшиеся ему города, завоевал Делос и прилежавшие к нему острова и овладел всем Архипелагом; он даже намеревался основать греко-ионийский морской союз со священным островом Делосом в качестве его центра; однако столицей должен был оставаться город Самос, который он при помощи завоеванных сокровищ сделал красивейшим из городов, привлекавшим ученых, художников и поэтов.

Не имея соперников на море, Поликрат, тем не менее, опасался персидского могущества. Поэтому он предложил Камбизу во время похода против египетского царя Амасиса, своего прежнего друга и союзника, эскадру из сорока кораблей, на которые он посадил своих политических противников, думая избавиться от них. На пути в Египет последние взбунтовались и, вернувшись обратно, разбили Поликрата, вышедшего им навстречу во главе оставшегося флота. Но для взятия Самоса у них не хватало сил, и они обратились в Спарту за помощью против тирана, каковая и была оказана им Спартой и Коринфом. Спартанцы впервые предприняли морской поход, окончившийся неудачей. Союзники осадили Поликрата в его укрепленном городе, прекрасно выдержавшем все их штурмы, и были вынуждены через сорок дней снять осаду. Непосредственная опасность для Поликрата миновала , но у него уже не было ни флота, ни денег на постройку нового. В это время к нему явились послы персидского сатрапа Ороэта, приглашавшего его к себе и предлагавшего поделиться с ним своими сокровищами, так как он, Ороэт, впал в немилость у Камбиза. Поликрат дал себя одурачить и поехал; по прибытии он был схвачен и распят на кресте. Так закончился богатый событиями и блестящий период самосского морского могущества.

Самосская эскадра, отступившая от Самоса вместе с коринфянами и спартанцами, самостоятельно начала заниматься морским разбоем и на награбленную добычу приобрела в собственность остров Гидру, по своему положению очень благоприятный для занятия пиратством. В продолжение пяти лет разбойники появлялись в гавани Кидонии на Крите и грабили суда. Весьма характерным для условий тогдашнего мореплавания можно считать то обстоятельство, что для истребления самосских морских разбойников потребовались соединенные усилия флотов Эгины и Крита.

Дарий вступил на престол в 522 г. до н. э. двадцати восьми лет от роду, устранив предварительно своего соперника. В его распоряжении оказалось необъятное государство, простиравшееся от Кавказа до Эфиопии и от Средиземного моря до Индии; связь между отдельными частями государства была очень слаба, и постоянно, то там, то здесь, вспыхивали восстания. Дарию потребовалось в течение многих лет вести войны, прежде чем он был признан царем повсюду.

Дарий разделил свое царство на 20 областей (сатрапий), по народностям, предоставив им свободу вероисповедания и местное самоуправление. Во главе каждой области стоял наместник (сатрап), которому вменялось в обязанность отражать врагов, выставлять, по требованию царя, известное количество войска и уплачивать дань. Сбором податей ведало специальное учреждение, составленное из чиновников, тщательно подготовленных к административной деятельности. Дарий ввел поземельные налоги и с этой целью велел измерить страну и выяснить доходность земель. Эти поземельные налоги в общем достигали приблизительно 14560 талантов. К этой сумме надо присоединить еще поступления на содержание царского двора, пошлины и т. д. Из остатков Дарий образовал государственный фонд. Заботясь о торговле и сношениях, он распорядился построить целую сеть прекрасных дорог и каналов, упорядочил денежную систему, причем чеканка монеты оставалась монополией правительства. Дорога из столицы Суз до Сард была длиною в 2445 километров, из Суз в Мараканду (Самарканд) – 2500 километров. Через каждые 22 километра находилась почтовая станция с гостиницей и лошадьми для перемены. Дороги служили, главным образом, для почты, а затем уже для перевозки людей и товаров; для проезда из Суз в Сарды требовалось 90 дней. Но курьер делал этот путь, разумеется, много скорей.