Тогда Филипп II изъявил согласие на предложение, еще ранее сделанное дон-Хуаном Австрийским, как генерал-губернатором Нидерландов, переправить испанскую армию, находившуюся в Нидерландах, в Англию и завоевать ее. Сам дон-Хуан рано скончался, сокрушенный горем, вследствие лукавой и двоедушной политики Филиппа II, который предательски убил в Мадриде его доверенного и друга Эскоредо. После смерти дон-Хуана, во главе 30-тысячной испытанной армии стал Александр Фарнезе (внебрачный отпрыск Габсбургского дома), выдающийся полководец, который отличился еще при Лепанто, а затем, в качестве главнокомандующего, одержал крупные успехи в Нидерландах, захватив город Антверпен. Англия не могла выставить даже приблизительно таких сил.

Для переправы армии в Англию Испания не могла воспользоваться гаванями Нидерландов, в особенности Антверпеном, так как доступ к ним с моря не был свободен, на море распоряжались гезы, а кроме того, Испания уже в течение 20 лет вела сухопутную войну против Нидерландов, во время которой нидерландское судоходство продолжало процветать и доставлять Нидерландам средства для дальнейшего сопротивления. Если бы испанскому флоту удалось овладеть морем, жизненный нерв восстания был бы перерезан, и оно очень скоро пришло бы к концу, но, по-видимому, это соображение никогда не принималось в расчет Филиппом II. Флиссинген тоже находился в руках неприятеля. Благоразумные советники Филиппа находили важным для успеха обширного плана высадки в Англию, предварительно завладеть этими гаванями, но Филипп, который лично занимался всеми подробностями этого предприятия, не хотел и слышать ни о какой отсрочке. Вследствие этого, для посадки на суда были назначены Ньюпорт и Дюнкирк, два не имевших гаваней города, расположенные на совершенно прямой береговой линии; у городов этих, защищенные до некоторой степени якорные стоянки в открытом море образовывались только песчаными банками. Здесь были сделаны все необходимые приготовления и собраны мелкосидящие суда для посадки войск и погрузки всего обоза. Для переправы оставалось только добиться господства на море, для чего Филипп II приказал снарядить такой флот, который мог бы безусловно преодолеть всякое сопротивление.

Уже в начале 1586 года Филипп поручил составление плана формирования такого флота маркизу де Санта Круз, который при Лепанто командовал резервом и немало способствовал победе; Санта Круз еще в 1583 г. рассматривал, по поручению короля, приблизительно такой же план, но те цифры, которые он тогда приводил, были настолько громадны (он требовал армию в 94000 человек и флот свыше 550 судов, в том числе 150 больших кораблей и 40 галер), что Филипп на них не согласился.

В 1587 году, после казни Марии Стюарт, вопрос об экспедиции был окончательно решен, и приготовления немедленно начались. Все подходящие суда в испанских и португальских гаванях были задержаны и собраны; взяты были, кроме испанских кораблей, еще и португальские, неаполитанские, и венецианские суда, как парусные, так и гребные; среди них оказалось и несколько ганзейских судов. Сборным пунктом был назначен Лиссабон.

Известия об этих приготовлениях возбудили большую тревогу в Англии. Дрэйк, который вместе с Хоукинсом, был наиболее проницательным из английских морских начальников, немедленно предложил напасть на испанцев. Королева согласилась на это, но не желала при этом рисковать большими средствами. В апреле 1587 года Дрэйк вышел из Плимута, имея четыре королевских корабля и 20 вооруженных купеческих судов, поставленных Лондоном и другими городами; 19 апреля он вошел в Кадикс, где стоял герцог Медина Сидония, совершенно не ожидавший нападения и потому не сделавший никаких приготовлений. Дрэйк отбил несколько галер и завладел рейдом; он захватил или уничтожил множество судов, в том числе 6 судов в 100 и более тонн (самые крупные суда, какие тогда существовали) и 21 апреля, с очень ничтожными потерями, но с несколькими ценными призами, снова вышел в море. Медина Сидония счел наиболее подходящим отправиться верхом в Севилью за подкреплениями. После этого Дрэйк подошел к устью Тахо и вызвал находившегося в Лиссабоне испанского генерал-капитана Санта Круза на бой, от чего последний уклонился, так как корабли его еще не были готовы к выходу в море. Тогда Дрэйк пошел к Азорским островам, причем не делал секрета из своего намерения перехватить там возвращавшиеся из Вест-Индии испанские галеоны, что отвлекло испанцев от подготовки Армады и заставило их выделить дополнительные суда для охраны морских путей. Захватив большую испанскую каракку с богатым грузом, Дрэйк в конце июня, пробыв в отсутствии менее трех месяцев, возвратился в Англию. Поход Дрэйка задержал выход Армады в море почти на год, что дало англичанам дополнительное время для подготовки к войне.

Эту экспедицию сами англичане считали такой безумно смелой, что капитан одного из самых крупных кораблей, участвовавший в ней, со страху вернулся с дороги назад, и сама Елизавета отдала приказ о возвращении экспедиции, но приказ этот застал ее уже в пути.

По мнению Санта Круза, потеря такого большого числа судов в Кадиксе делала поход в этом году невозможным, несмотря на то, что Филипп настаивал на нем. Санта Круз, однако, продолжал уклоняться, за что подвергся такому дурному обращению со стороны короля, что все приписали именно этой причине ту болезнь, которая его постигла зимой и окончилась его смертью. В его лице Испания потеряла единственного человека, способного командовать подобной экспедицией.

После его смерти выбор Филиппа II пал не на кого иного, как на того самого герцога Медина Сидония, который только что перед тем доказал в Кадиксе свою полную растерянность и неспособность, не имел никакого понятия о морском деле и никакого военного опыта. К тому же он вовсе не был честолюбив и противился своему назначению, но король настоял на своем желании.

Согласно предположениям Санта Круза, Армада должна была выйти в море не позднее марта месяца 1588 года, чтобы избежать северных ветров, которые после этого времени постоянно дуют у берегов Португалии, и чтобы прийти к берегам Англии раньше, чем ее флот будет готов; однако смена главнокомандующего и неисполнительность интендантского ведомства, привели к тому, что эскадра была кое-как готова к выходу в море только к маю месяцу.

В эскадре было 130 судов, общим водоизмещением около 62300 тонн, с 2430 орудиями и 30500 людьми, в том числе 8050 матросов (т. е. около 1/4), 18 973 солдат и 2088 рабов-гребцов; остальные, около 1400 человек, были офицеры, большое число молодых людей знатного происхождения, которые записались добровольцами (146 дворян и 728 человек прислуги), и множество священников (180) и монахов, между тем, как врачей было всего только 12.

Заготовленные для Армады припасы включали миллионы фунтов галет, по 600000 фунтов солонины и соленой рыбы, 300000 фунтов сыра, 400000 фунтов риса, 6000 мешков бобов, 40000 галлонов оливкового масла, 14000 бочек вина, 124000 ядер и пороха на 500000 зарядов.

Экспедиции этой был придан характер крестового похода, и все его участники перед отправлением совершили покаяние и приняли причастие. Во время похода были запрещены азартные игры, дуэли, на суда не были допущены женщины. На кораблях развевалось множество хоругвей, вымпелов и церковных знамен.

Главные силы флота были разделены на шесть эскадр, сообразно числу областей: Португалии (Медина Сидония), Бискайи (Хуан Мартинез де Рекальдо), Кастили (Диего Флорес де Вальдес, Андалузии (Педро де Вальдес), Гвипуско (Мигель де Окендо) и Леванта (Мартин де Бертендона); в каждой эскадре было по 10-14 кораблей от 1250 до 166 тонн, с 52-12 орудиями на каждом, и 500-110 членами экипажа; к эскадрам этим были добавлены еще несколько легких судов, в качестве посыльных. В числе 75 военных кораблей было только 19, имевших менее 300 тонн, при чем 56 имело 500 и более тонн, а в их числе 7 имело от 1000 до 1250 тонн; это были самые большие корабли, которые вообще существовали в те времена. Медина Сидония командовал португальской эскадрой на флагманском корабле «Сан Мартин», лучшем корабле во всем мире; главным советником и ментором при нем состоял опытный в морском деле кастилец Диего Вальдес, по профессии судостроитель, человек недоверчивый и осторожный. Кроме того, во флоте состояли: