Функцию нажима и контроля в интересах нацистов выполняла и организация немецкого меньшинства. После Мюнхена Карпатонемецкая партия во главе с Францем Кармазиным преобразовалась в Немецкую партию (Deutsche Partei — DP), она получила от правительства монополию на организацию и репрезентацию всего немецкого населения. DP создала густую организационную сеть, параллельную Глинковской гвардии организацию ФС (Freiwillige Schutzstaffel)[85], молодежные, женские, профсоюзные, спортивные организации, собственную администрацию школ. Призывы части словацких немцев о присоединении к Германии, раздававшиеся в 1938—1939 гг., в Берлине не получили поддержки; возобладала концепция, что пока, во время войны, словацкие немцы должны стать гарантом великогерманских интересов в словацкой среде и образцом статуса немецкого меньшинства в юго-восточной Европе. Немцы добились создания особых подразделений в рамках словацкой армии, с 1942 года производился массовый набор в СС, с весны 1944 г. они в обязательном порядке проходили действительную военную службу в СС.

Стремление к исключительному положению в государстве, вызывающее поведение Немецкой партии как представителя воли «державы-покровительницы» вели к взаимному, почти неведомому прежде отчуждению и, в конечном счете, — к открытому словацко-немецкому антагонизму. Словацкие приверженцы режима, питавшие свежеприобртенные представления и иллюзии о национальной суверенности и самостоятельности, чувствовали себя оскорбленными непомерными претензиями официальных представителей немецкого меньшинства во главе с Францем Кармазиным, противникам же режима демонстративные действия и публичные выступления кармазинцев напоминали нацизм, Гитлера, насилие, антисемитизм, агрессию. Антифашистски настроенные группки словацких немцев, прежде всего социалистической и коммунистической ориентации, продержались вплоть до конца войны, но не смогли преодолеть это отчуждение, перераставшее в ненависть.

Национализм, один из основных столпов людацкого режима, вступил в конфронтацию со всеми национальными меньшинствами. После Венского арбитража в Словакии осталось около 60 тысяч венгров; в качестве их политического представителя режим разрешил выступать Венгерской партии в Словакии во главе с депутатом Яношем Эстерхази. Венгры на территории Словацкой республики были в значительной степени заложниками политики будапештского правительства по отношению к словацкому меньшинству на оккупированных территориях. Словацкая конституция (параграф 58) предоставляла национальным меньшинствам столько прав, сколько имели словаки на территории «этнической отчизны» этих меньшинств. На практике это приводило к перманентным спорам между Братиславой и Будапештом о разрешении на открытие школ, культурных обществ, газет, спортивных клубов национальных меньшинств, к взаимной травле и преследованиям. Словацкое и венгерское правительства непрестанно жаловались и писали доносы в Берлин, где стремились споры уладить, но без существенного результата.

Русинское меньшинство также было представлено в сейме, хотя и не имело собственной политической организации, как немцы и венгры. Государство поддерживало русинское течение против украинского, а в церковной политике — униатство. Русинская проблематика не была первоочередной в сфере интересов правительства, русинские элиты не представляли в то время серьезного конкурента словацким. Радикальный национализм режима проявлялся особенно в отношении чехов и евреев.

Уже в период автономии братиславское правительство добилось от Праги перемещения в Чехию 9 тысяч государственных служащих. После марта 1939 года наступила очередь и других: военнослужащих, железнодорожников, почтовых служащих, управленческих работников, педагогов, судей, технических служащих, врачей. До лета 1940 г. число чешских государственных служащих сократилось до 2 205, свое положение сохранили незаменимые специалисты, мужья словацких женщин и т. д. Принудительное выселение менее затронуло служащих частных фирм и предпринимателей, общее сокращение числа чехов по сравнению с 1939 г. достигло по примерным оценкам ¹/₃, Из опасения переселения в Протекторат, где жизненные условия были гораздо более неблагоприятны, часть чехов заявила о себе уже при переписи 1938 г. как о словаках или немцах. Чехи были предметов непрестанных нападок со стороны радикалов, которые видели в них пятую колонну, агентов чехословацкого эмигрантского правительства в Лондоне, и периодически выдвигали требование «полного очищения» Словакии. Выселение большинства чехов, хотя и без грубых эксцессов, подпитывало в чешском обществе ощущение словацкой «измены», государственной неблагонадежности, что выразительно проявилось в спорах и рассуждениях о положении Словакии в восстановленной Чехословацкой республике, как во время, так и после войны, и имело отголоски вплоть до 1992 года.

Диктатура, агрессивная атмосфера и политические условия, созданные в ходе войны нацистской Германией, содействовали переходу традиционного людацкого антисемитизма к жестоким, систематическим и определяемым государством формам, которые в конечном счете вели к уничтожению большинства словацких граждан иудейского вероисповедания.

В 1939 г. на территории Словацкой республики проживало около 90 тысяч евреев, в том числе несколько тысяч беженцев из Германии, Австрии и иностранных граждан. Иммигрантов прежде всего постигли преследования и насильственное выселение уже автономного словацкого правительства. Пропаганда обвиняла евреев в том, что они стали причиной Венского арбитража, кампания, проводимая в прессе и посредством листовок, подготавливала почву для акций, которые начали проводиться после марта 1939 г.

18 апреля 1939 г. вышло распоряжение правительства, которое давало дефиницию «еврей» на религиозной основе. Таким образом выделенная группа граждан подвергалась все большей дискриминации. Им были запрещены некоторые профессии, получение высшего образования как основного, их предприятия, земельная собственность, магазины были постепенно «аризованы» в пользу словацких и немецких заинтересованных лиц, сторонников режима. Евреи постепенно были лишены гражданских прав, низведены до положения людей второго сорта. Различные направленные против евреев меры и ограничения были прописаны в 270 параграфах распоряжения правительства № 198/1941, так называемом Еврейском кодексе, который давал определение «еврей» на расовом принципе, аналогично Нюрнбергским законам в Германии. Евреи должны были носить пятиконечную желтую звезду, такое же обозначение должны были иметь их почтовые отправления, они были ограничены в поездках, не имели права владеть средствами транспорта, радиоприемниками, фотоаппаратами, имели ограниченный доступ в парки, кинотеатры, рестораны, плавательные бассейны, кафе, для них было четко определено время покупок и свободного передвижения по городу. Евреи должны были выселяться с некоторых улиц, против них велась систематическая полная ненависти пропаганда, совершалось физическое насилие со стороны членов Глинковской гвардии и ФС.

Самой действенной защитой против антисемитской волны была эмиграция, однако многие страны не проявляли желания принимать еврейских эмигрантов, некоторые транспорты, в начале войны следовавшие в Палестину, застряли в пути. Еврейские организации и противники антисемитизма могли его последствия только сглаживать, создавая рабочие места для евреев в специальных трудовых лагерях, добиваясь исключений под предлогом «хозяйственной необходимости», прибегая к обряду крещения.

В конце 1941 г. государство начало воспринимать евреев, лишенных собственности, возможности трудиться и оттесненных на периферию общества, как обузу. Подготавливалось создание гетто, что, однако, в определенных для этого местах встречало сопротивление местных функционеров. В это время пришло предложение нацистов определить словацких евреев «на работу» в оккупированных Германией областях. 25 марта 1942 г. из Попрада был отправлен первый эшелон с тысячью молодых женщин и девушек, на следующий день в нем уже была проведена селекция на платформе концентрационного лагеря Освенцим. С 25 марта по 20 октября 1942 г. в нацистские лагеря было отправлено 57 628 евреев, Особым законом они были лишены остатков собственности, гражданства, а словацкое правительство обязалось заплатить Германии за каждого еврея 500 марок в качестве «переселенческого сбора». Из депортированных этой первой волны в живых осталось только несколько сот людей.